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万見
- PDB-4x1h: Opsin/G(alpha) peptide complex stabilized by nonyl-glucoside -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x1h
タイトルOpsin/G(alpha) peptide complex stabilized by nonyl-glucoside
要素
  • C-terminal derived peptide of guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
  • Rhodopsin
キーワードSIGNALING PROTEIN / rhodopsin / GPCR / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly / G protein-coupled photoreceptor activity / 11-cis retinal binding / rod photoreceptor outer segment / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / response to light intensity / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction, visible light / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / phototransduction / G-protein alpha-subunit binding / sperm midpiece / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / microtubule cytoskeleton organization / photoreceptor disc membrane / cell-cell junction / gene expression / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Blankenship, E. / Lodowski, D.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY019718 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The High-Resolution Structure of Activated Opsin Reveals a Conserved Solvent Network in the Transmembrane Region Essential for Activation.
著者: Blankenship, E. / Vahedi-Faridi, A. / Lodowski, D.T.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
C: C-terminal derived peptide of guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5558
ポリマ－40,2562
非ポリマー2,2996
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.136, 242.136, 109.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Rhodopsin


分子量: 39031.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: retina / 参照: UniProt: P02699
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal derived peptide of guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


分子量: 1224.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)

-
糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-2DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 2種, 67分子

#6: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The C-terminal derived peptide of guanine nucleotide-binding protein G(t) is derived from 340-350 ...The C-terminal derived peptide of guanine nucleotide-binding protein G(t) is derived from 340-350 positions in the transducin alpha subunit utilizing a phage display library derived from the C terminal region of transducin (Aris, L, et al 2001) with sequence "IKENLKDCGLF". The construct in this structure has the following sequence: "VLEDLKSCGLF." Hence there are the following mutations I340V, K341L, N342D, and D346S.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3.1M ammonium sulfate, 100mM citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月7日
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→39.91 Å / Num. all: 193355 / Num. obs: 57205 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 56.7
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CAP

3cap


解像度: 2.29→39.907 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 2554 5.04 %Derived from 3CAP, extended to higher resolution
Rwork0.2171 ---
obs0.2177 50642 91.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→39.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2677 0 144 65 2886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8784046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.421082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004488
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.33410.34051170.36722346X-RAY DIFFRACTION81
2.3341-2.38170.34251310.33862577X-RAY DIFFRACTION89
2.3817-2.43350.37431460.33692587X-RAY DIFFRACTION90
2.4335-2.49010.34741370.31642603X-RAY DIFFRACTION90
2.4901-2.55240.27261550.28152574X-RAY DIFFRACTION90
2.5524-2.62140.29081210.2782607X-RAY DIFFRACTION90
2.6214-2.69850.31641140.28522613X-RAY DIFFRACTION89
2.6985-2.78560.34271350.26292496X-RAY DIFFRACTION86
2.7856-2.88510.27291250.2372515X-RAY DIFFRACTION85
2.8851-3.00060.27131390.22622703X-RAY DIFFRACTION94
3.0006-3.13710.24931580.22132745X-RAY DIFFRACTION95
3.1371-3.30240.24321420.21572775X-RAY DIFFRACTION96
3.3024-3.50920.22881790.21672766X-RAY DIFFRACTION96
3.5092-3.77990.21121530.19412697X-RAY DIFFRACTION93
3.7799-4.160.19441550.19082857X-RAY DIFFRACTION98
4.16-4.76110.1871580.18782884X-RAY DIFFRACTION99
4.7611-5.99520.20391430.18772882X-RAY DIFFRACTION98
5.9952-39.91350.17991460.19452861X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3454-3.7707-1.16879.41115.41673.6838-0.08990.1805-0.1110.44860.11611.10120.6999-0.2875-0.01740.5952-0.0511-0.00940.30350.18780.913719.7998-65.4033-38.4804
21.3209-0.8568-0.02392.37690.14241.224-0.0543-0.0749-0.03580.27660.0101-0.38660.0365-0.01350.02540.34870.00850.05160.24480.07140.61219.7868-38.1699-40.1027
35.83540.46220.60782.77070.1154.3955-0.3995-0.66580.41050.72930.14180.6164-0.5508-0.22010.21630.60980.09610.11780.35570.02220.40047.5914-25.9207-24.6398
42.9529-1.8031-2.24043.27212.81122.6611-0.6457-0.1799-0.59550.6260.29940.22850.3123-0.20010.23380.63070.11550.12580.35540.16740.774918.7642-51.7568-31.3877
53.8289-0.9699-1.21470.40760.87762.8306-0.2181-0.3094-0.92320.34260.10430.07960.8015-0.1626-0.04130.71970.01880.20010.4380.19650.870610.2418-52.5469-29.1612
63.9705-4.38283.32237.7854-5.86346.3582-0.3453-0.32350.42240.40630.35850.7425-0.3517-0.7067-0.06940.38190.060.15380.4732-0.00060.7845-8.581-25.413-36.9252
75.7948-5.02131.2676.4099-1.13362.9001-0.1855-0.13890.07040.04770.124-0.23630.1319-0.3690.08380.3277-0.00220.11610.3766-0.03940.6612-0.204-35.4983-42.5854
80.7960.31291.27970.29440.20592.5966-0.0355-0.1077-1.15660.84170.01540.37361.0210.0694-0.15850.7080.03910.19330.35190.04521.102410.729-46.3657-43.7458
95.76086.3862-4.49938.9413-2.40539.02820.15320.07680.1745-0.03880.12510.0566-0.35620.0972-0.39730.52370.09140.0550.34210.07460.812514.6797-16.953-48.2677
109.9619-2.95194.9014.1923-0.09292.9687-0.26390.30750.82620.92780.24870.9118-1.4576-0.77780.17420.61740.19550.14190.50030.13750.8582-0.6051-14.9053-38.9274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 140 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 168 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 169 through 185 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 186 through 212 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 213 through 240 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 241 through 277 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 278 through 306 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 307 through 326 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 340 through 350 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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