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万見
- PDB-4x1d: Ytterbium-bound human serum transferrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x1d
タイトルYtterbium-bound human serum transferrin
要素Serotransferrin
キーワードMETAL TRANSPORT / Transferrin / ytterbium / ferric / malonate
機能・相同性
機能・相同性情報


iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / positive regulation of phosphorylation / clathrin-coated pit / ERK1 and ERK2 cascade ...iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / positive regulation of phosphorylation / clathrin-coated pit / ERK1 and ERK2 cascade / ferric iron binding / osteoclast differentiation / actin filament organization / basal plasma membrane / cellular response to iron ion / Post-translational protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Iron uptake and transport / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / ferrous iron binding / regulation of protein stability / recycling endosome / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / antibacterial humoral response / late endosome / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Platelet degranulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / vesicle / blood microparticle / transmembrane transporter binding / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin ...Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / YTTERBIUM (III) ION / Serotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, M. / Zhang, H. / Sun, H.
資金援助 香港, 中国, 2件
組織認可番号国
Research Grant Council705310P 香港
Shenzhen Municipal governmentZDSYS20140509142721429 中国
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2015
タイトル: "Anion clamp" allows flexible protein to impose coordination geometry on metal ions
著者: Wang, M. / Lai, T.P. / Wang, L. / Zhang, H. / Yang, N. / Sadler, P.J. / Sun, H.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_nat / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serotransferrin
B: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,3038
ポリマ－150,5692
非ポリマー7346
水2,504139
1
A: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6524
ポリマ－75,2841
非ポリマー3673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area28690 Å2
手法PISA
2
B: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6524
ポリマ－75,2841
非ポリマー3673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area28670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.502, 136.863, 107.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 679 / Label seq-ID: 3 - 679

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological unit is a monomer. And there are 2 biological units in the asymmetric unit (chain A and chain B).

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要素

#1: タンパク質 Serotransferrin / Yb-hTF / Transferrin / Beta-1 metal-binding globulin / Siderophilin


分子量: 75284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: serum / 参照: UniProt: P02787
#2: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS SEQUENCE IS NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M PIPES, 17% PEG3350, 18% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月15日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 56472 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.817 / Net I/av σ(I): 13.992 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 235196
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.94.10.76356440.7750.4270.8760.88399.9
2.9-3.024.10.57356280.8510.3210.6580.88199.8
3.02-3.154.20.41756320.8920.2330.4780.92199.9
3.15-3.324.20.24456170.9540.1370.2810.90299.9
3.32-3.534.20.16656400.9710.0930.1910.96599.9
3.53-3.84.20.11456610.980.0630.131.02599.9
3.8-4.184.10.07356700.990.0410.0830.83999.8
4.18-4.7940.04856160.9930.0270.0550.64899.4
4.79-6.034.30.04156950.9940.0230.0470.52100
6.03-504.20.03856690.9950.0210.0430.59898.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QYT

3qyt


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / WRfactor Rfree: 0.2167 / WRfactor Rwork: 0.1876 / FOM work R set: 0.8281 / SU B: 11.801 / SU ML: 0.221 / SU R Cruickshank DPI: 0.6082 / SU Rfree: 0.3018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.608 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 2627 4.9 %RANDOM
Rwork0.1983 50792 --
obs0.1998 50792 95.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.65 Å2 / Biso mean: 53.457 Å2 / Biso min: 17.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10214 0 28 139 10381
Biso mean--43.76 40.25 -
残基数----1316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.95714204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.867322828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61551310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49324.419473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.209151785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7361551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1075.0885258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1015.0875257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0347.626559
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 41308 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 105 -
Rwork0.278 2331 -
all-2436 -
obs--59.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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