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- PDB-4x0q: Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x0q
タイトルTernary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddGTP opposite dCMP
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
  • DNA polymerase theta
キーワードTransferase/DNA / DNA polymerase / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / mitochondrial nucleoid / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / error-prone translesion synthesis / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / mitochondrial nucleoid / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / error-prone translesion synthesis / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / DNA helicase activity / RNA-directed DNA polymerase activity / base-excision repair / protein homooligomerization / RNA-directed DNA polymerase / site of double-strand break / double-strand break repair / DNA helicase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / magnesium ion binding / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / Domain of unknown function (DUF7898) / DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / Alpha-Beta Plaits - #370 / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site ...: / : / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / Domain of unknown function (DUF7898) / DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / Alpha-Beta Plaits - #370 / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase theta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zahn, K.E. / Doublie, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA052040 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Human DNA polymerase theta grasps the primer terminus to mediate DNA repair.
著者: Zahn, K.E. / Averill, A.M. / Aller, P. / Wood, R.D. / Doublie, S.
履歴
登録2014年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase theta
B: DNA polymerase theta
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,18214
ポリマ－191,7836
非ポリマー1,3998
水00
1
A: DNA polymerase theta
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5917
ポリマ－95,8913
非ポリマー7004
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area33740 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase theta
G: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5917
ポリマ－95,8913
非ポリマー7004
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.704, 135.392, 159.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase theta / DNA polymerase eta


分子量: 86735.461 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1815-2590 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLQ, POLH / プラスミド: pSUMO3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O75417, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 5157.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3998.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-DG3 / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddGTP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, TRIS buffer, glycerol
PH範囲: 8-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→40 Å / Num. obs: 31372 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 22.6 % / Net I/σ(I): 12.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
DENZOデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XOP

4xop


解像度: 3.9→29.927 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 40.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3163 1581 5.04 %Random selection
Rwork0.2575 ---
obs0.2605 31372 82.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→29.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9926 890 86 0 10902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01411202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16915284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5154250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-4.02560.45351070.34991987X-RAY DIFFRACTION60
4.0256-4.16910.37151160.3352109X-RAY DIFFRACTION65
4.1691-4.33560.37151160.28692226X-RAY DIFFRACTION67
4.3356-4.53220.34541270.2912386X-RAY DIFFRACTION72
4.5322-4.77030.33741260.26822466X-RAY DIFFRACTION76
4.7703-5.06780.3861470.27012674X-RAY DIFFRACTION81
5.0678-5.45690.3341580.27692947X-RAY DIFFRACTION90
5.4569-6.00210.36121700.30533225X-RAY DIFFRACTION98
6.0021-6.86150.38391720.28033254X-RAY DIFFRACTION99
6.8615-8.61050.34011710.23513277X-RAY DIFFRACTION99
8.6105-29.92830.19591710.19063240X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53990.7131-0.9031.3621-1.81242.0652-0.09460.3922-0.6336-1.4068-0.037-0.12170.42060.32790.01281.78780.1578-0.07421.0867-0.66991.069121.0249147.42949.8917
20.3677-0.5881-0.36481.06980.01553.43360.00550.0888-0.02-0.0832-0.1950.14331.2828-0.24180.44871.15380.19390.44040.6246-0.92881.3259112.7352143.994225.5981
38.1172.8210.44292.91590.48882.8298-0.5874-2.3994-2.31461.29470.1973-1.4370.11171.29750.0891.18340.37520.03191.94560.17811.5914137.5036132.156652.8357
40.74490.1806-1.25251.92440.02232.2007-0.2338-0.0632-1.2053-0.6406-2.3176-0.7711.22161.80522.18692.530.44960.61851.89190.54613.1575135.9555113.335153.8259
53.910.8906-0.79462.6907-1.24992.26060.4321-0.6164-0.01460.0848-0.16180.0928-0.49610.5156-0.3060.6478-0.1039-0.02091.1013-0.52971.0451125.9817141.85243.1798
62.84571.295-1.33553.7203-0.70273.03450.7398-0.1225-0.17390.4378-0.38430.80990.4695-0.0682-0.34540.76520.08430.06540.7126-0.18051.7788106.0261120.411543.8894
73.23330.18581.02613.3865-0.61980.87480.69850.5927-1.2035-0.36920.3743-0.7793-0.35560.21190.81820.77550.59280.5411-0.0744-1.3151.4807108.2147133.990132.5505
83.7925-0.2873-0.76510.54570.56981.85560.83470.99550.0362-0.9705-0.6813-0.7868-0.9149-0.7897-0.12961.62890.3938-0.23730.848-0.29292.287120.9606161.737131.5176
91.6240.79121.28982.9021-0.55091.5020.2197-1.33690.26381.29830.3650.9725-0.53960.0419-0.43150.70750.03310.14210.9468-0.71731.9779109.2709146.634544.4681
100.67830.602-0.36452.29051.69462.45740.31470.40440.2713-1.525-0.6457-0.65820.4195-0.11390.28711.85250.15620.1541.1065-0.05010.4231117.32655.664110.0144
111.21830.6056-0.09850.93180.50263.42680.39180.2346-0.0138-0.9848-0.3499-0.3101-0.89830.3779-0.67540.73180.60340.34171.0931-0.42750.8919125.718159.042525.7985
120.1672-0.150.64141.1329-1.53583.17460.0217-0.87480.9770.7488-0.38421.1866-1.082-1.44120.40791.3035-0.22230.36631.7083-1.6491.8443100.646571.136452.5013
130.04080.0384-0.05980.8306-0.79860.7569-0.4033-1.27071.19431.2378-1.96441.1728-0.4339-1.51391.7661.7138-0.1317-0.51041.9517-1.00763.1079101.794189.85453.8116
142.76150.00730.90633.5241-1.2471.1618-0.8478-0.5626-0.00730.5502-0.61220.2288-0.1753-0.4148-0.09080.41190.14660.04711.1395-1.21261.0049112.165961.282343.2006
150.86160.0920.67973.74960.19232.1726-0.0213-0.32240.38110.786-0.65020.1871-0.17610.2120.37250.9582-0.06980.0651.0431-0.75092.3412132.102582.736344.1009
164.1140.6162-0.26052.74-0.11072.4960.3053-0.12091.72350.09090.5406-0.26630.43190.3282-0.37741.00390.10450.35740.7557-0.42621.121130.061469.069832.7952
173.9479-0.29410.5113.0786-0.13751.98020.82510.8846-0.7519-1.2097-0.5246-0.38211.70410.3989-0.25681.1434-0.1687-0.22210.8095-0.78071.9651117.376141.306831.6883
181.75460.5361-1.83832.3423-1.15622.28840.0618-1.2440.29290.8209-0.6315-0.63770.61530.05410.03591.19510.0448-0.70790.9693-0.47880.7535128.918256.536344.6419
190.12470.38170.1131.6604-1.21553.79430.6263-0.2352-1.193-0.0802-0.1923-1.19150.75361.4603-0.3591.09470.2095-0.23381.1395-0.55962.889126.2396119.759335.1935
200.66570.8446-0.92725.24754.17779.86180.75810.7068-0.3735-1.67571.2412-0.75761.49270.4119-2.06781.9601-0.2597-0.41261.2714-0.06541.5647127.7813122.804136.8922
210.49210.8559-1.26182.8499-1.65743.40180.80180.27072.18780.0518-0.131.2857-0.1739-0.8405-0.10060.92520.3216-0.17521.1916-0.82132.2272112.047583.371235.0476
222.83721.5644-2.15844.5155-2.2353.15280.3990.2227-0.4238-1.88540.7171.22970.04750.1357-0.37861.46340.0784-0.28580.7159-0.86471.9099110.39880.394236.7368
230.0881-0.22410.17942.32671.3092.1425-0.6007-0.986-0.0528-0.01140.11720.23261.0441-0.00080.61070.80380.35020.19690.7130.11952.235112.3228130.756246.1083
240.39240.0964-0.20111.01670.18140.75560.2297-0.1667-0.01470.2589-0.29550.0375-0.5903-0.0560.18750.96620.0384-0.73420.8876-0.74360.7984126.193372.578245.895
25-0.0258-0.00480.0446-0.0079-0.0021-0.06790.16160.24590.44280.30990.3604-0.020.23930.2956-0.20630.77840.12280.31970.8739-0.47040.792119.721101.832931.5301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1824:2068 )A1824 - 2068
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 2069:2092 )A2069 - 2092
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 2093:2124 OR RESID 2192:2217 ) )A2093 - 2124
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 2093:2124 OR RESID 2192:2217 ) )A2192 - 2217
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 2125:2191 )A2125 - 2191
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 2218:2323 )A2218 - 2323
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 2332:2459 )A2332 - 2459
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 2460:2495 )A2460 - 2495
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 2496:2532 )A2496 - 2532
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND ( RESID 2324:2331 OR RESID 2533:2590 ) )A2324 - 2331
11X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND ( RESID 2324:2331 OR RESID 2533:2590 ) )A2533 - 2590
12X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 1824:2068 )B1824 - 2068
13X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 2069:2092 )B2069 - 2092
14X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND ( RESID 2093:2124 OR RESID 2192:2217 ) )B2093 - 2124
15X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND ( RESID 2093:2124 OR RESID 2192:2217 ) )B2192 - 2217
16X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 2125:2191 )B2125 - 2191
17X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 2218:2323 )B2218 - 2323
18X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 2332:2459 )B2332 - 2459
19X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 2460:2495 )B2460 - 2495
20X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 2496:2532 )B2496 - 2532
21X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND ( RESID 2324:2331 OR RESID 2533:2590 ) )B2324 - 2331
22X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND ( RESID 2324:2331 OR RESID 2533:2590 ) )B2533 - 2590
23X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 1:13 )E1 - 13
24X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN F AND RESID 5:13 )F5 - 13
25X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN G AND RESID 1:13 )G1 - 13
26X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN H AND RESID 5:13 )H5 - 13
27X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN A AND ( RESID 2604:2604 OR RESID 2603:2603 ) )A2604
28X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN A AND ( RESID 2604:2604 OR RESID 2603:2603 ) )A2603
29X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN B AND ( RESID 2604:2604 OR RESID 2603:2603 ) )B2604
30X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN B AND ( RESID 2604:2604 OR RESID 2603:2603 ) )B2603
31X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN A AND RESID 2601:2602 ) OR ( CHAIN B AND RESID 2601:2602 )A2601 - 2602
32X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN A AND RESID 2601:2602 ) OR ( CHAIN B AND RESID 2601:2602 )B2601 - 2602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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