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- PDB-4x09: Structure of human RNase 6 in complex with sulphate anions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x09
タイトルStructure of human RNase 6 in complex with sulphate anions
要素Ribonuclease K6
キーワードHYDROLASE / RNase k6 / pancreatic ribonuclease / RNase 7
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / Antimicrobial peptides / RNA nuclease activity / defense response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / endonuclease activity / defense response to Gram-negative bacterium ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / Antimicrobial peptides / RNA nuclease activity / defense response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / endonuclease activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / nucleic acid binding / lysosome / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.722 Å
データ登録者Prats-Ejarque, G. / Arranz-Trullen, J. / Blanco, J.A. / Pulido, D. / Moussaoui, M. / Boix, E.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2012-38965 スペイン
Generalitat de Catalunya2009 SGR 795 スペイン
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: The first crystal structure of human RNase 6 reveals a novel substrate-binding and cleavage site arrangement.
著者: Prats-Ejarque, G. / Arranz-Trullen, J. / Blanco, J.A. / Pulido, D. / Nogues, M.V. / Moussaoui, M. / Boix, E.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2007
タイトル: The flexible and clustered lysine residues of human ribonuclease 7 are critical for membrane permeability and antimicrobial activity.
著者: Huang, Y.C. / Lin, Y.M. / Chang, T.W. / Wu, S.J. / Lee, Y.S. / Chang, M.D. / Chen, C. / Wu, S.H. / Liao, Y.D.
履歴
登録2014年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease K6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2836
ポリマ－14,8071
非ポリマー4765
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area7640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.733, 38.860, 97.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease K6 / RNase K6


分子量: 14807.069 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASE6, RNS6 / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93091, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM, CACODYLATE, 0.05M SODIUM CHLORIDE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen flow
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月24日
詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR (VFM) AND A HORIZONTAL FOCUSING MIRROR (HFM), MANUFACTURED BY IRELEC
放射モノクロメーター: Channel-cut double crystal monochromator (CINEL), cryocooled, 6mm gap
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→48.982 Å / Num. obs: 11717 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 1.96 % / Biso Wilson estimate: 24.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Coot0.8.1モデル構築
PHENIX1.9_1692位相決定
Aimless0.3.11データスケーリング
XDS20140110データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HKY

2hky


解像度: 1.722→36.122 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 580 4.95 %Random selection
Rwork0.1928 ---
obs0.1944 11710 99.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.722→36.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 26 124 1186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9081532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.782419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.722-1.89530.35831320.28762708X-RAY DIFFRACTION99
1.8953-2.16950.27181540.22262759X-RAY DIFFRACTION100
2.1695-2.73320.24291480.21762741X-RAY DIFFRACTION99
2.7332-36.12980.18871460.16352922X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2489-0.17770.04670.1424-0.0570.2848-0.92610.46932.101-0.383-0.1293-0.1436-0.11240.1739-0.48390.195-0.0528-0.20950.33250.00520.879610.64076.9461-16.5106
20.59360.1469-0.06640.44510.28480.0737-0.0952-0.2136-0.16750.234-0.04440.0188-0.2177-0.0087-0.0090.21130.01860.00640.19850.0060.18283.7138-2.0059-9.3181
31.0976-0.7592-0.4940.3686-0.15640.5981-0.0808-0.04560.26860.13750.1178-0.2357-0.16540.18660.00450.1916-0.0147-0.02560.167-0.01950.1759-2.09343.1687-10.0445
41.0717-0.0159-1.33720.61620.13281.1321-0.16150.0678-0.38030.05280.0691-0.0086-0.1263-0.0899-0.00440.16710.01440.03690.1373-0.00860.16194.2535-17.026-16.8747
50.49570.10420.14290.31460.27670.5705-0.4874-0.48920.24240.43610.6293-0.0435-0.336-0.22030.02190.23490.0548-0.00160.18920.0090.2106-8.28192.4616-8.1908
60.48340.4869-0.14280.3763-0.080.3698-0.0857-0.0885-0.01870.15420.15370.1782-0.026-0.07250.05950.17210.05190.0270.16080.01950.1526-5.6279-8.5466-7.4701
70.6706-0.15890.24620.60280.17940.673-0.24570.4291-0.02450.030.11290.0085-0.01840.0716-0.04090.1435-0.00920.04030.1712-0.01720.17829.5793-9.7787-17.6988
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 6 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 7 through 22 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 23 through 47 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 48 through 75 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 76 through 91 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 92 through 105 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 106 through 127 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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