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万見
- PDB-4x01: S. pombe Ctp1 tetramerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x01
タイトルS. pombe Ctp1 tetramerization domain
要素DNA binding ctp1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Homologous Recombination / DNA Double-strand break repair / DNA Binding / Four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand/single-strand DNA junction binding / DNA-DNA tethering activity / endodeoxyribonuclease activator activity / stalled replication fork localization to nuclear periphery / meiotic DNA double-strand break processing / gene conversion at mating-type locus / flap-structured DNA binding / mitotic recombination-dependent replication fork processing / DNA end binding / Y-form DNA binding ...double-strand/single-strand DNA junction binding / DNA-DNA tethering activity / endodeoxyribonuclease activator activity / stalled replication fork localization to nuclear periphery / meiotic DNA double-strand break processing / gene conversion at mating-type locus / flap-structured DNA binding / mitotic recombination-dependent replication fork processing / DNA end binding / Y-form DNA binding / double-strand break repair involved in meiotic recombination / DNA double-strand break processing / bubble DNA binding / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replication fork processing / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA endonuclease activator Ctp1, C-terminal / DNA endonuclease activator SAE2/CtIP C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA endonuclease ctp1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Andres, S.N. / Williams, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1Z01ES102765 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Tetrameric Ctp1 coordinates DNA binding and DNA bridging in DNA double-strand-break repair.
著者: Andres, S.N. / Appel, C.D. / Westmoreland, J.W. / Williams, J.S. / Nguyen, Y. / Robertson, P.D. / Resnick, M.A. / Williams, R.S.
履歴
登録2014年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22015年2月18日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen ...diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _diffrn_detector.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_detector.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.version / _struct_keywords.text
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA binding ctp1
B: DNA binding ctp1
C: DNA binding ctp1
D: DNA binding ctp1
E: DNA binding ctp1
F: DNA binding ctp1
G: DNA binding ctp1
H: DNA binding ctp1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,61521
ポリマ－54,8088
非ポリマー80713
水2,846158
1
A: DNA binding ctp1
B: DNA binding ctp1
C: DNA binding ctp1
D: DNA binding ctp1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,08715
ポリマ－27,4044
非ポリマー68311
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA binding ctp1
F: DNA binding ctp1
G: DNA binding ctp1
H: DNA binding ctp1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5286
ポリマ－27,4044
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.071, 156.677, 48.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA binding ctp1 / Double-strand break repair protein ctp1 / Meiotically up-regulated gene 38 protein / Nbs1- ...Double-strand break repair protein ctp1 / Meiotically up-regulated gene 38 protein / Nbs1-interacting protein 1 / Sporulation in the absence of SPO11 protein 2 homolog / SAE2


分子量: 6850.998 Da / 分子数: 8 / 変異: L51M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ctp1, mug38, nip1, slr9, SPCC338.08 / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O74986, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Precipitant: 0.2M sodium acetate, 0.1M Tris pH 8.5 16% PEG 4000, with 0.4 uL of 0.1M barium chloride dihydrate additive. Cryoprotection in 25% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 32678 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 20.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1T6F

1t6f


解像度: 2.201→40.676 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 1660 5.08 %
Rwork0.1979 --
obs0.2004 32678 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→40.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3214 0 52 158 3424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9524368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6451305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2013-2.26610.35851280.27722526X-RAY DIFFRACTION98
2.2661-2.33920.32411380.25382613X-RAY DIFFRACTION100
2.3392-2.42280.29291350.23042551X-RAY DIFFRACTION100
2.4228-2.51980.24951410.22342581X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.63450.26651510.22662579X-RAY DIFFRACTION100
2.6345-2.77330.29321380.22722595X-RAY DIFFRACTION100
2.7733-2.9470.29861610.22662556X-RAY DIFFRACTION100
2.947-3.17450.27551260.22482597X-RAY DIFFRACTION100
3.1745-3.49380.24011420.2152621X-RAY DIFFRACTION100
3.4938-3.9990.21281390.18022571X-RAY DIFFRACTION100
3.999-5.03680.20631290.15952614X-RAY DIFFRACTION100
5.0368-40.68320.22721320.17862614X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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