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- PDB-4wzh: Dihydroorotate dehydrogenase from Leishmania Viannia braziliensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wzh
タイトルDihydroorotate dehydrogenase from Leishmania Viannia braziliensis
要素Dihydroorotate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dihydroorotate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania braziliensis (ブラジルリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Reis, R.A.G. / Lorenzato, E. / Silva, V.C. / Nonato, M.C.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/25075-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/01257-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/23504-9 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)159061/2012-1 ブラジル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Recombinant production, crystallization and crystal structure determination of dihydroorotate dehydrogenase from Leishmania (Viannia) braziliensis.
著者: Reis, R.A. / Lorenzato, E. / Silva, V.C. / Nonato, M.C.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase
B: Dihydroorotate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0476
ポリマ－74,8042
非ポリマー1,2434
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.160, 105.690, 106.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase


分子量: 37401.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania braziliensis (ブラジルリーシュマニア)
遺伝子: DHODH, LBRM_16_0550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: E9AI53, dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.6 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45866 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→40.1 Å / Num. all: 39526 / Num. obs: 39159 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.231 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.12→2.23 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.233 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GYE

3gye


解像度: 2.12→33.579 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 1975 5.04 %Random selection
Rwork0.1765 ---
obs0.1789 39159 98.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→33.579 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4558 0 83 267 4908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1016451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6711693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.1730.32271420.28012530X-RAY DIFFRACTION95
2.173-2.23180.34671320.30422352X-RAY DIFFRACTION89
2.2318-2.29740.29991350.25672547X-RAY DIFFRACTION96
2.2974-2.37150.25711510.22412626X-RAY DIFFRACTION99
2.3715-2.45630.24241340.21022661X-RAY DIFFRACTION99
2.4563-2.55460.28831260.21142673X-RAY DIFFRACTION100
2.5546-2.67080.27411370.20772673X-RAY DIFFRACTION100
2.6708-2.81160.25731340.19452673X-RAY DIFFRACTION100
2.8116-2.98760.22181430.18472700X-RAY DIFFRACTION100
2.9876-3.21810.24021640.18292697X-RAY DIFFRACTION100
3.2181-3.54160.19081300.15892693X-RAY DIFFRACTION100
3.5416-4.05340.18241510.13872731X-RAY DIFFRACTION100
4.0534-5.10390.17421490.12332740X-RAY DIFFRACTION100
5.1039-33.58270.21041470.16632888X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.2198 Å / Origin y: 20.3973 Å / Origin z: 31.2305 Å
111213212223313233
T0.2056 Å2-0.0502 Å20.0102 Å2-0.2551 Å2-0.0118 Å2--0.2206 Å2
L0.4969 °2-0.3455 °20.1532 °2-1.5958 °20.5248 °2--0.7455 °2
S0.0461 Å °0.1188 Å °-0.0907 Å °-0.1511 Å °0.0995 Å °-0.1855 Å °-0.0086 Å °0.1334 Å °-0.1435 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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