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- PDB-4wyk: Structure of the LRR and NTF2-like domains of NXF1 complexed with NXT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wyk
タイトルStructure of the LRR and NTF2-like domains of NXF1 complexed with NXT1
要素
  • NTF2-related export protein 1
  • Nuclear RNA export factor 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nuclear export
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear pore central transport channel / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore ...nuclear RNA export factor complex / nuclear pore central transport channel / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / protein export from nucleus / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / Nuclear transport factor 2/Mtr2 / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. ...Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / Nuclear transport factor 2/Mtr2 / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear RNA export factor 1 / NTF2-related export protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Aibara, S. / Valkov, E. / Stewart, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105178939 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: The principal mRNA nuclear export factor NXF1:NXT1 forms a symmetric binding platform that facilitates export of retroviral CTE-RNA.
著者: Aibara, S. / Katahira, J. / Valkov, E. / Stewart, M.
履歴
登録2014年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear RNA export factor 1
B: NTF2-related export protein 1
C: Nuclear RNA export factor 1
D: NTF2-related export protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,6284
ポリマ－135,6284
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13990 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area44250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.046, 83.972, 108.233
Angle α, β, γ (deg.)108.69, 99.76, 97.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Nuclear RNA export factor 1 / Tip-associated protein / Tip-associating protein / mRNA export factor TAP


分子量: 52085.277 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 96-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NXF1, TAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBU9
#2: タンパク質 NTF2-related export protein 1 / Protein p15


分子量: 15728.561 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NXT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKK6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 9 % PEG 6000, 1 M LiCl, 0.1 M sodium citrate buffer pH 5.1 See publication for full details.
PH範囲: 5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→46.411 Å / Num. obs: 19892 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 6.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化解像度: 3.4→46.411 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 1014 5.11 %
Rwork0.2131 --
obs0.2158 19852 93.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→46.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7679 0 0 0 7679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79110579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3572933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.57920.39491270.3152661X-RAY DIFFRACTION93
3.5792-3.80330.33961420.28642785X-RAY DIFFRACTION96
3.8033-4.09680.30341650.24532716X-RAY DIFFRACTION95
4.0968-4.50880.25821470.19872692X-RAY DIFFRACTION94
4.5088-5.16050.24191410.17682517X-RAY DIFFRACTION87
5.1605-6.49890.24971530.20962806X-RAY DIFFRACTION97
6.4989-46.41570.21091390.17062661X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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