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- PDB-4wwx: Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wwx
タイトルCrystal structure of the core RAG1/2 recombinase
要素
  • V(D)J recombination-activating protein 1
  • V(D)J recombination-activating protein 2
キーワードHydrolase / Ligase / V(D)J recombination / RAG1/2 / Recombination Activating Gene 1/2 / Crystal structure.
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell differentiation involved in immune response / B cell homeostatic proliferation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / DN2 thymocyte differentiation / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of organ growth / regulation of behavioral fear response / V(D)J recombination / negative regulation of T cell apoptotic process / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding ...mature B cell differentiation involved in immune response / B cell homeostatic proliferation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / DN2 thymocyte differentiation / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of organ growth / regulation of behavioral fear response / V(D)J recombination / negative regulation of T cell apoptotic process / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / histone H3K4me3 reader activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / organ growth / T cell lineage commitment / B cell lineage commitment / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / T cell homeostasis / T cell differentiation / protein autoubiquitination / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phosphatidylinositol binding / thymus development / B cell differentiation / visual learning / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / T cell differentiation in thymus / chromatin organization / endonuclease activity / histone binding / DNA recombination / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / chromatin binding / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #510 / Recombination-activating protein 1 zinc-finger domain / V(D)J recombination-activating protein 1, Zinc finger / RAG nonamer-binding domain / NBD domain profile. / Zinc finger RAG1-type profile. / V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding / RAG1 importin binding / Recombination-activation protein 1 (RAG1), recombinase ...Helix Hairpins - #510 / Recombination-activating protein 1 zinc-finger domain / V(D)J recombination-activating protein 1, Zinc finger / RAG nonamer-binding domain / NBD domain profile. / Zinc finger RAG1-type profile. / V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding / RAG1 importin binding / Recombination-activation protein 1 (RAG1), recombinase / Recombination activating protein 2 / RAG2 PHD domain / V-D-J recombination activating protein 2 / Recombination activating protein 2, PHD domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Kelch-type beta propeller / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helix Hairpins / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Ring finger / Helix non-globular / Special / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
V(D)J recombination-activating protein 1 / V(D)J recombination-activating protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2001 Å
データ登録者Kim, M.S. / Lapkouski, M. / Yang, W. / Gellert, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the V(D)J recombinase RAG1-RAG2.
著者: Kim, M.S. / Lapkouski, M. / Yang, W. / Gellert, M.
履歴
登録2014年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: V(D)J recombination-activating protein 1
X: V(D)J recombination-activating protein 2
E: V(D)J recombination-activating protein 1
Y: V(D)J recombination-activating protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,7226
ポリマ－219,5914
非ポリマー1312
水00
1
B: V(D)J recombination-activating protein 1
X: V(D)J recombination-activating protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,8613
ポリマ－109,7962
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area44090 Å2
手法PISA
2
E: V(D)J recombination-activating protein 1
Y: V(D)J recombination-activating protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,8613
ポリマ－109,7962
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area42640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.760, 180.050, 200.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B and segid B
21chain E and segid E
12chain X and segid X
22chain Y and segid Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain B and segid BB0
211chain E and segid EE0
112chain X and segid XX0
212chain Y and segid YY0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG-1


分子量: 70923.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 391-1008 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rag1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P15919, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質 V(D)J recombination-activating protein 2 / RAG-2


分子量: 38872.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rag2, Rag-2 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21784
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 49907 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 12.75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.2001→43.742 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 1978 3.97 %
Rwork0.2055 47885 -
obs0.2077 49863 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.67 Å2 / Biso mean: 106.3628 Å2 / Biso min: 45.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2001→43.742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14976 0 2 0 14978
Biso mean--84.96 --
残基数----1876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11420654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4855751
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B5776X-RAY DIFFRACTION9.876TORSIONAL
12E5776X-RAY DIFFRACTION9.876TORSIONAL
21X3018X-RAY DIFFRACTION9.876TORSIONAL
22Y3018X-RAY DIFFRACTION9.876TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2001-3.28010.42531450.351734153560100
3.2801-3.36870.34251350.304434223557100
3.3687-3.46780.33811470.277334053552100
3.4678-3.57970.31331350.266634263561100
3.5797-3.70760.31411470.262134173564100
3.7076-3.85590.29141530.242134613614100
3.8559-4.03130.29841260.226234103536100
4.0313-4.24370.31811390.2153435357499
4.2437-4.50930.26731450.20213415356099
4.5093-4.8570.22931500.1933404355499
4.857-5.3450.27571350.19313435357099
5.345-6.11670.24481450.20723415356098
6.1167-7.69950.25291450.19283418356397
7.6995-43.74650.17931310.15183407353894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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