PDB-4wwh: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wwh

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (MSMEG_1704, TARGET EFI-510967) WITH BOUND D-GALACTOSE

要素

ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (MSMEG_1704, TARGET EFI-510967) WITH BOUND D-GALACTOSE
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R. ...

履歴

登録	2014年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Data collection
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wwh.cif.gz	385.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wwh.ent.gz	322.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/4wwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/4wwh	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2gbv-1 3uug-1 3urm-1 1ozt-1 2nnx-1 2gbv-2 4oh2-1 6a9o-1 6spi-3 1uxl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510967

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
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#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
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DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
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光化学系I (Photosystem I)
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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter

B: ABC transporter

ヘテロ分子

78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ABC transporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.045, 83.617, 100.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質

ABC transporter / ABC transporter sugar-binding protein

分子量: 39128.242 Da / 分子数: 2 / 断片: ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: (MSE)HHHHHHSSG VDLGTENLYF QS(MSE)AEGGGGG DGDAKGTVGI A(MSE)PTKSSERW VADGQN(MSE)VDQ FKAFGYDTDL QYGDDVVQNQ VSQIEN(MSE)ITK GVKLLVIAPI DGSSLTNTLQ HAADLKIPVI SYDRLIKGTP NVDYYATFDN TKVGVLQANY ...
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_1704, MSMEI_1664 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QT42, monosaccharide-transporting ATPase

#2: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム

分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (31.9 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-galactose); Reservoir (0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30 %(w/v) PEG 4000); Cryoprotection (80% Peg3350 + 20% Reservoir

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月20日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→100.24 Å / Num. obs: 176088 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 7.46 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 2440330 / Scaling rejects: 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.2-1.22	9.1	0.854	2.7	67043	7342	0.759	0.288	84.3
6.57-100.24	12.9	0.047	57.1	16225	1254	0.999	0.013	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.2→35.622 Å / FOM work R set: 0.9254 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1537	8807	5.01 %
R_work	0.1385	167151	-
obs	0.1392	175958	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 43.98 Å² / B_iso mean: 11.16 Å² / B_iso min: 2.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→35.622 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4976	0	68	1143	6187
B_iso mean	-	-	8.87	22.08	-
残基数	-	-	-	-	658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5220
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.256	7135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	938
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.584	1899

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.2732	231	0.2221	4665	4896	83
1.2136-1.2279	0.2121	264	0.2152	4884	5148	88
1.2279-1.2429	0.2267	264	0.2155	5105	5369	91
1.2429-1.2586	0.2106	292	0.2083	5380	5672	96
1.2586-1.2752	0.2069	294	0.1888	5588	5882	100
1.2752-1.2927	0.1934	290	0.1742	5604	5894	100
1.2927-1.3111	0.1968	280	0.1676	5617	5897	100
1.3111-1.3307	0.174	303	0.1627	5632	5935	100
1.3307-1.3515	0.1992	288	0.1595	5568	5856	100
1.3515-1.3737	0.1757	304	0.1549	5619	5923	100
1.3737-1.3973	0.1904	271	0.153	5617	5888	100
1.3973-1.4227	0.1687	292	0.1443	5636	5928	100
1.4227-1.4501	0.1614	299	0.142	5614	5913	100
1.4501-1.4797	0.1703	320	0.1403	5600	5920	100
1.4797-1.5119	0.1634	303	0.1335	5587	5890	100
1.5119-1.5471	0.1499	298	0.1288	5641	5939	100
1.5471-1.5857	0.1604	296	0.1271	5639	5935	100
1.5857-1.6286	0.1399	316	0.1209	5600	5916	100
1.6286-1.6765	0.1502	332	0.1224	5575	5907	100
1.6765-1.7307	0.1463	301	0.1251	5650	5951	100
1.7307-1.7925	0.147	279	0.1253	5692	5971	100
1.7925-1.8643	0.1486	313	0.1244	5631	5944	100
1.8643-1.9491	0.14	316	0.1276	5651	5967	100
1.9491-2.0519	0.1263	276	0.123	5691	5967	100
2.0519-2.1804	0.1272	293	0.1179	5664	5957	100
2.1804-2.3487	0.1314	302	0.1215	5718	6020	100
2.3487-2.585	0.1316	279	0.1254	5741	6020	100
2.585-2.9589	0.1383	301	0.1341	5746	6047	100
2.9589-3.7273	0.1458	297	0.1324	5798	6095	100
3.7273-35.6375	0.1492	313	0.1406	5998	6311	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.305	-0.1363	0.0507	0.4667	-0.0566	0.5296	0.0284	0.0556	-0.0462	-0.2262	-0.0083	0.0234	0.2551	-0.02	-0.028	0.1537	-0.0192	-0.0246	0.0695	0.001	0.0538	62.8982	21.7185	-1.0769
2	0.1845	0.1078	-0.001	0.3811	0.0507	0.4534	0.0162	-0.0163	0.041	0.0309	0.0083	0.0198	-0.0222	-0.0448	-0.0233	0.0393	-0.0008	0.0014	0.0508	-0.0022	0.0463	63.8389	43.7509	18.4573
3	0.2905	0.021	0.1552	0.8497	0.3406	0.6947	0.0255	-0.025	-0.0097	0.0395	-0.0057	0.0006	0.073	-0.0012	-0.0197	0.0465	-0.0015	-0.0098	0.0472	0.0026	0.0417	70.7868	28.2244	16.2767
4	0.663	-0.0011	0.1062	0.4255	0.102	0.4838	0.0461	-0.0029	-0.0748	0.0328	0.0021	-0.024	0.1758	-0.0602	-0.0297	0.0764	-0.0327	-0.0126	0.0795	0.0173	0.0513	65.6368	24.0098	18.1198
5	0.6406	-0.071	-0.1378	1.3226	0.186	0.7844	-0.0046	-0.0066	0.0835	0.0425	-0.0026	0.0215	-0.1057	0.0581	0.0075	0.0677	-0.0072	0.0001	0.0631	-0.0007	0.0706	66.5418	67.1956	-4.212
6	0.2559	0.0156	-0.0143	0.9241	-0.2203	0.248	0.0255	-0.0563	0.0618	0.1576	-0.0027	0.1027	-0.1167	0.0252	-0.0222	0.1016	0.0071	0.0189	0.0693	-0.0018	0.0717	62.0144	63.7747	4.705
7	0.2328	0.024	-0.1247	0.5053	0.0727	0.5036	0.0088	0.0087	0.0262	0.0144	-0.0014	0.1078	-0.0354	-0.0644	-0.0115	0.0283	0.0058	0.0099	0.0456	0.0025	0.0697	55.534	59.4097	-7.7613
8	0.3482	-0.214	-0.146	0.563	0.4504	0.8623	0.0016	0.0416	-0.029	-0.0928	-0.0054	0.0221	-0.0224	0.0212	-0.0178	0.0599	-0.007	0.0002	0.0469	-0.0042	0.0411	63.7005	40.367	-23.6301
9	0.1033	0.1442	0.2803	1.2411	1.2579	1.4752	-0.0018	0.0426	-0.0779	0.0278	-0.0137	0.0595	0.153	-0.0431	0.0185	0.0719	-0.0056	-0.0101	0.07	-0.0038	0.0743	56.0746	45.2583	-21.8643
10	0.3872	0.146	0.2235	0.6533	0.5367	0.7976	0.0028	0.0058	-0.032	0.0044	-0.0092	0.0286	0.0451	-0.0447	0.0081	0.047	-0.0063	-0.0002	0.049	0.0021	0.0485	60.908	38.2794	-16.2036
11	0.4869	-0.0305	-0.0396	0.405	0.3317	1.1997	0.0083	-0.0016	-0.1033	0.0116	0.0427	-0.0567	0.1814	0.092	-0.0454	0.066	0.0064	0.0018	0.0541	-0.0086	0.0633	70.0106	35.3198	-16.411
12	0.3933	-0.4625	-0.3421	0.5444	0.4067	0.5209	-0.0213	0.0285	-0.0573	-0.0156	0.0124	-0.1269	0.0494	0.0857	0.0018	0.043	0.0123	0.0183	0.0583	-0.0132	0.0816	77.5108	38.912	-18.2072
13	0.2832	-0.0054	-0.0448	0.5039	0.1772	0.3265	0.0006	0.0211	0.0242	-0.0585	0.0052	-0.0152	-0.0469	0.0122	-0.0063	0.0416	-0.0057	0.0076	0.0473	-0.0006	0.0436	68.8495	59.7626	-16.1452
14	0.6175	0.2253	-0.1979	0.9413	-0.182	0.5839	-0.0113	-0.0028	0.0229	-0.074	0.0379	0.1713	-0.0194	-0.0922	-0.0067	0.0386	0.0088	-0.0018	0.0749	0.0094	0.1031	48.9971	63.455	-14.0498
15	1.1648	-0.0017	0.129	0.7043	0.1465	0.6969	-0.0226	0.0516	-0.0025	-0.0506	0.0144	-0.1575	0.0034	0.1078	0.0118	0.0764	-0.0105	0.023	0.075	0.0098	0.0801	77.078	61.0012	-22.3363

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 125 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 126 through 270 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 271 through 314 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 315 through 365 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 37 through 66 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 67 through 92 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 93 through 158 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 159 through 178 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 179 through 197 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 198 through 219 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 220 through 247 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 248 through 270 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 271 through 315 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 316 through 339 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 340 through 365 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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