[日本語] English
万見
- PDB-4wvd: Identification of a novel FXR ligand that regulates metabolism -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvd
タイトルIdentification of a novel FXR ligand that regulates metabolism
要素
  • Bile acid receptor
  • Nuclear receptor corepressor 1
キーワードTRANSCRIPTION / AF-2 helix / ligand binding pocket / three-layer helical sandwich / TRANSCRIPTION REGULATOR FXR / BAR / NR1H4 / bile acid receptor / NHR / nuclear receptor / corepressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid ...: / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / toll-like receptor 9 signaling pathway / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / bile acid metabolic process / bile acid binding / cell-cell junction assembly / cellular response to fatty acid / negative regulation of glycolytic process / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of JNK cascade / regulation of cholesterol metabolic process / negative regulation of interleukin-2 production / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of fatty acid metabolic process / bile acid and bile salt transport / Notch-HLH transcription pathway / intracellular glucose homeostasis / locomotor rhythm / positive regulation of interleukin-17 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / histone deacetylase complex / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor production / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / fatty acid homeostasis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / nuclear retinoid X receptor binding / Nuclear signaling by ERBB4 / Recycling of bile acids and salts / spindle assembly / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / Notch signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription repressor complex / negative regulation of miRNA transcription / cholesterol homeostasis / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / HDACs deacetylate histones / SUMOylation of intracellular receptors / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Heme signaling / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / euchromatin / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear receptor activity / : / HCMV Early Events / mitotic spindle / transcription corepressor activity / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-IVM / Nuclear receptor corepressor 1 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, R. / Li, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China973 Program: 2012CB910104 中国
National Natural Science Foundation of China81273567 中国
National Natural Science Foundation of China31270776 中国
Programme of Introducing Talents of Discipline to UniversitiesB12001 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: The antiparasitic drug ivermectin is a novel FXR ligand that regulates metabolism.
著者: Jin, L. / Feng, X. / Rong, H. / Pan, Z. / Inaba, Y. / Qiu, L. / Zheng, W. / Lin, S. / Wang, R. / Wang, Z. / Wang, S. / Liu, H. / Li, S. / Xie, W. / Li, Y.
履歴
登録2014年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年2月11日ID: 4II6
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Data collection
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Nuclear receptor corepressor 1
A: Bile acid receptor
D: Nuclear receptor corepressor 1
B: Bile acid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,05914
ポリマ－52,9414
非ポリマー2,11810
水19811
1
C: Nuclear receptor corepressor 1
A: Bile acid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5307
ポリマ－26,4702
非ポリマー1,0595
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
2
D: Nuclear receptor corepressor 1
B: Bile acid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5307
ポリマ－26,4702
非ポリマー1,0595
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.008, 161.759, 169.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.998958, -0.037084, -0.026618), (0.032136, -0.157183, -0.987046), (0.03242, -0.986873, 0.158211)-14.3448, -40.819679, -34.91283
3given(1), (1), (1)
4given(-0.993996, -0.098282, -0.048084), (0.061121, -0.134271, -0.989058), (0.090751, -0.986059, 0.139472)-14.90824, -40.129929, -33.526199
詳細biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D)

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR1


分子量: 1866.189 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2259-2275 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75376
#2: タンパク質 Bile acid receptor / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 24604.262 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain, UNP residues 244-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, BAR, FXR, HRR1, RIP14 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96RI1
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-IVM / (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside / 22,23-DIHYDROAVERMECTIN B1A / IVERMECTIN


分子量: 875.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H74O14 / コメント: 抗寄生虫剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
配列の詳細THIS SEQUENCE CORRESPONDS TO THE ISOFORM 4 FOUND IN UNP 075376.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50mM HEPES pH7.0, 3.5M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月9日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20898 / % possible obs: 64.1 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.878 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 17.293 / SU ML: 0.345 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.28 / ESU R Free: 0.427 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30221 819 5 %RANDOM
Rwork0.27741 ---
obs0.27872 15531 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.502 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å2-0 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3484 0 148 11 3643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193562
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.731.9694809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04337652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3785445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.28525.247162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.30415607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9871514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.9667.8241798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9647.821799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.94611.7242237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.94611.7252238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.6858.0881762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.6928.0971749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.83911.9612572
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.61263.1924220
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.61863.1994215
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 53 -
Rwork0.281 1048 -
obs--90.62 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る