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- PDB-4wum: X-ray crystal structure of Chalcone Synthase from Freesia hybrida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wum
タイトルX-ray crystal structure of Chalcone Synthase from Freesia hybrida
要素Chalcone synthase
キーワードTRANSFERASE / Chalon Synthase 2 / Polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Freesia hybrid cultivar (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Almqvist, J. / Jiang, W.S. / Wang, L. / Huang, Y.
引用ジャーナル: Plos One / : 2015
タイトル: Molecular and Biochemical Analysis of Chalcone Synthase from Freesia hybrid in Flavonoid Biosynthetic Pathway.
著者: Sun, W. / Meng, X. / Liang, L. / Jiang, W. / Huang, Y. / He, J. / Hu, H. / Almqvist, J. / Gao, X. / Wang, L.
履歴
登録2014年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chalcone synthase
B: Chalcone synthase
C: Chalcone synthase
D: Chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5644
ポリマ-170,5644
非ポリマー00
32,3551796
1
A: Chalcone synthase
B: Chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2822
ポリマ-85,2822
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27930 Å2
手法PISA
2
C: Chalcone synthase
D: Chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2822
ポリマ-85,2822
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.430, 79.510, 232.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid A
31chain C and segid A
41chain D and segid A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid AB0
311chain C and segid AC0
411chain D and segid AD0

-
要素

#1: タンパク質
Chalcone synthase


分子量: 42641.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Freesia hybrid cultivar (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FJ87, chalcone synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1796 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.81 %
結晶化温度: 302 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 143780 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16 % / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.63 / Num. measured all: 1012203
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.77-1.820.6240.9181.664614210534104491.04299.2
1.82-1.870.7270.7792.295454210191101850.86499.9
1.87-1.920.8540.6943.16961110023100230.75100
1.92-1.980.9190.5394.2573149972797270.579100
1.98-2.040.9380.455.1270938943694360.483100
2.04-2.120.9530.376.1568504910691040.398100
2.12-2.20.9710.2987.4766291880888080.321100
2.2-2.290.9790.2468.8963736847484730.264100
2.29-2.390.9830.2289.4461235813481330.245100
2.39-2.50.9860.19211.0258842782578240.207100
2.5-2.640.9910.16612.455665739873980.179100
2.64-2.80.9930.14114.3952730704370420.152100
2.8-2.990.9950.11716.8149457662766270.126100
2.99-3.230.9970.09220.0646113622262210.099100
3.23-3.540.9980.06825.0642018569656950.073100
3.54-3.960.9980.05628.9238045520852070.06100
3.96-4.570.9990.04732.4533253460045990.051100
4.57-5.60.9990.04732.1328369394239420.051100
5.6-7.920.9990.05129.1221919310130990.05599.9
7.920.9990.03634.9211644180017880.03999.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.37 Å46.9 Å
Translation8.37 Å46.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BI5
解像度: 1.77→46.903 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 7191 5 %
Rwork0.1857 136546 -
obs0.1878 143737 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.94 Å2 / Biso mean: 20.0176 Å2 / Biso min: 4.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→46.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11956 0 0 1796 13752
Biso mean---29.1 -
残基数----1556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27516444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9424580
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A7488X-RAY DIFFRACTION4.211TORSIONAL
12B7488X-RAY DIFFRACTION4.211TORSIONAL
13C7488X-RAY DIFFRACTION4.211TORSIONAL
14D7488X-RAY DIFFRACTION4.211TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7699-1.790.29592290.26454397462698
1.79-1.81110.31842370.25474504474199
1.8111-1.83320.27092290.234244744703100
1.8332-1.85640.28722350.22945034738100
1.8564-1.88080.27482320.230145114743100
1.8808-1.90660.28862450.221345164761100
1.9066-1.93380.24622420.195745464788100
1.9338-1.96270.25022350.184544594694100
1.9627-1.99340.25232420.189545504792100
1.9934-2.0260.23862350.186344994734100
2.026-2.0610.24612380.190345154753100
2.061-2.09840.25642320.188945584790100
2.0984-2.13880.22132370.177744904727100
2.1388-2.18250.24992390.182645224761100
2.1825-2.22990.19562380.172445134751100
2.2299-2.28180.18952390.176245724811100
2.2818-2.33880.22522420.181745624804100
2.3388-2.40210.24152370.186145154752100
2.4021-2.47280.20172390.179645254764100
2.4728-2.55260.2332420.18245754817100
2.5526-2.64380.22832430.184645394782100
2.6438-2.74960.21842420.180345534795100
2.7496-2.87480.23182430.187945584801100
2.8748-3.02630.20042390.185745994838100
3.0263-3.21590.24712400.180345674807100
3.2159-3.46410.21092460.176946024848100
3.4641-3.81260.20412440.166746084852100
3.8126-4.36390.21192530.166746414894100
4.3639-5.49670.22082440.164746954939100
5.4967-46.9190.192530.20184878513199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9858-0.06-0.19690.57180.3121.53710.00280.2501-0.0818-0.07680.0259-0.15490.03570.17670.02810.0725-0.0077-0.00120.08850.0020.113635.6384-10.0146-62.0257
20.5837-0.0286-0.09060.4483-0.22431.64660.02780.0843-0.1109-0.08-0.0275-0.01090.150.06150.01770.09980.0184-0.010.0597-0.01540.093222.7734-14.6289-63.1362
31.11430.93970.83943.42120.15231.82780.0537-0.0281-0.0416-0.0147-0.02760.21230.2799-0.1668-0.12270.0694-0.02840.00860.064-0.04590.130111.6095-11.8042-49.1712
40.3348-0.00430.36090.36760.13630.45170.00190.0920.00570.00970.0021-0.0515-0.12050.1159-0.01520.0890.004-0.01420.06920.00760.08124.5045-3.6354-49.7913
50.52310.1424-0.19382.6171-0.04221.422-0.004-0.0606-0.01870.2079-0.00050.2208-0.0214-0.05230.11760.1625-0.02590.03450.05120.00830.073119.2385-12.9563-40.2154
60.5591-0.06540.23880.490.48950.6563-0.00320.1087-0.0049-0.03570.0131-0.1173-0.09110.16610.01380.0848-0.01540.01270.1015-0.00330.096432.6915-3.8573-59.6522
70.9346-0.0569-0.0710.6145-0.11971.2808-0.0016-0.0362-0.04850.08830.0367-0.23640.01240.20540.01350.08170.0092-0.03070.0984-0.00950.147643.066-5.2288-48.0479
80.56-0.144-0.02220.62070.0540.58380.00780.06420.0714-0.0813-0.04750.0358-0.1208-0.04320.03280.11130.0153-0.00910.0521-0.00620.084710.718310.0642-62.1026
94.95033.0117-0.85046.41730.80551.9812-0.04190.00640.1803-0.0810.0267-0.2628-0.17890.2527-0.16540.0676-0.037-0.02490.10350.03510.110528.18719.0809-48.8907
100.1183-0.0725-0.0770.2333-0.00360.06530.00220.05030.0091-0.0327-0.02030.06280.08410.04120.01520.10750.0036-0.00920.07710.00360.078815.25860.9218-49.629
111.4272-0.32710.16662.9822-0.42521.1064-0.0113-0.25170.14010.07290.0168-0.1313-0.08750.09990.00380.1253-0.0201-0.04420.1148-0.02770.081320.65629.9302-39.8783
120.4346-0.05140.06420.579-0.22710.546500.0113-0.0054-0.0032-0.03570.07430.0108-0.08620.04710.08130.0161-0.01690.059-0.01860.07756.89694.233-56.0568
133.10390.811-1.58351.5073-1.52581.7631-0.03010.0488-0.3052-0.081-0.10030.27250.364-0.2692-0.0670.1264-0.07080.01750.1563-0.02420.15387.1703-6.8621-69.1181
140.74150.02770.28950.69850.11641.2281-0.0055-0.09320.09280.1139-0.02430.2158-0.0527-0.15850.0190.0860.01270.02790.0842-0.01980.1307-3.3362.4039-47.6671
150.3817-0.01120.12120.5475-0.18730.8351-0.01010.0579-0.0704-0.13450.02130.10160.1457-0.02440.01910.0873-0.0162-0.01250.0963-0.00320.09787.4248-8.9567-4.5424
163.1559-1.572-0.29931.86-1.51082.5869-0.02010.01220.17860.00580.04660.2216-0.2887-0.2051-0.05060.0930.022-0.04190.0637-0.03130.14888.07758.26578.8835
170.08760.0154-0.11710.3777-0.24480.290.01270.0125-0.0727-0.07110.0361-0.09520.09310.064-0.06880.0611-0.0052-0.00660.09860.01960.086616.4693-5.4086.3854
184.3833-0.0361-0.24342.8155-1.03541.7924-0.0442-0.30910.16670.43070.07260.2609-0.2061-0.0976-0.0650.08530.01430.04090.1445-0.03710.079412.34271.676222.0944
190.64510.14110.54230.7634-0.0060.4736-0.028-0.0072-0.1215-0.06420.00570.04280.09490.07970.0570.07310.01230.00150.07770.00110.076812.6166-12.21132.4671
200.6064-1.53271.45623.8801-3.68543.49850.09970.1453-0.0926-0.331-0.2489-0.11310.33380.37560.10090.14590.04850.00310.1336-0.00880.164725.4941-16.0368-6.9434
210.60080.1302-0.0241.02480.15881.40040.0499-0.0821-0.22410.0598-0.00060.05320.2180.00240.00480.0976-0.0062-0.00650.07660.03410.143513.6524-23.14110.5769
220.59210.14020.06750.6766-0.02280.6739-0.04610.08030.034-0.07020.0029-0.0578-0.03520.11640.0430.05-0.0131-0.00460.10170.00640.079429.9269.1576-4.0054
235.8108-2.68760.06173.73661.17340.73660.04280.127-0.2541-0.0719-0.0808-0.20960.32420.1578-0.08370.10780.04490.02310.08490.03290.109428.926-8.36339.2018
240.09810.0013-0.02880.07560.07150.1211-0.03560.04650.0572-0.03290.02320.02960.0041-0.11640.01460.0804-0.00860.00010.1170.00920.094420.77584.60568.4594
252.0506-0.2013-0.36110.9015-0.00182.86980.0243-0.1019-0.13670.19360.0409-0.11920.12940.0189-0.02560.0990.0248-0.02520.12130.04660.075829.7498-0.798618.2203
260.49260.1156-0.24680.50340.0830.5294-0.0341-0.01940.0496-0.00760.00510.007-0.1099-0.00440.04280.0612-0.012-0.01590.08010.0130.074824.078312.96942.0326
272.011-1.248-1.55493.46421.73151.4213-0.10010.01740.2463-0.0691-0.00360.2518-0.317-0.4099-0.04160.16360.081-0.03170.15160.0060.140613.059812.7759-11.1026
280.63760.08650.00850.7018-0.2261.1212-0.0445-0.11020.22030.10830.0088-0.0834-0.16460.0520.00890.0963-0.0079-0.02950.0841-0.02990.138322.260323.230810.4164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:69)A1 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 70:151)A70 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 152:156)A152 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 157:181)A157 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 182:187)A182 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 188:270)A188 - 270
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 271:389)A271 - 389
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 1:151)B1 - 151
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 152:156)B152 - 156
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 157:181)B157 - 181
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 182:187)B182 - 187
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 188:250)B188 - 250
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 251:270)B251 - 270
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 271:389)B271 - 389
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 1:151)C1 - 151
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 152:156)C152 - 156
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 157:178)C157 - 178
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 179:183)C179 - 183
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 184:250)C184 - 250
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 251:279)C251 - 279
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 280:389)C280 - 389
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 1:151)D1 - 151
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 152:156)D152 - 156
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 157:181)D157 - 181
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 182:187)D182 - 187
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 188:250)D188 - 250
27X-RAY DIFFRACTION27(chain D and resid 251:270)D251 - 270
28X-RAY DIFFRACTION28(chain D and resid 271:389)D271 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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