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万見
- PDB-4wsp: Racemic crystal structure of Rv1738 from Mycobacterium tuberculos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsp
タイトルRacemic crystal structure of Rv1738 from Mycobacterium tuberculosis (Form-I)
要素protein DL-Rv1738
キーワードDE NOVO PROTEIN / hypoxic response
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rv1738 / Rv2632c-like / Rv2632c-like superfamily / Rv2632c-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein Rv1738
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bunker, R.D. / Mandal, K. / Kent, S.B.H. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: A functional role of Rv1738 in Mycobacterium tuberculosis persistence suggested by racemic protein crystallography.
著者: Bunker, R.D. / Mandal, K. / Bashiri, G. / Chaston, J.J. / Pentelute, B.L. / Lott, J.S. / Kent, S.B. / Baker, E.N.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein DL-Rv1738
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6602
ポリマ－10,6241
非ポリマー351
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.130, 32.401, 58.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.060, 90.000
Int Tables number15
Space group name H-MC12/c1
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 protein DL-Rv1738


分子量: 10624.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: P9WLS3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 26 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1 microlitre of protein solution containing 9 mg/ml L-Rv1738 and 9 mg/ml D-Rv1738 in water was mixed with 1 microlitre of well solution containing 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 0.2 M NaCl, 25 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-BM-B / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.65 Å / Num. obs: 17584 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 49.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 49522
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.65-1.682.80.846123518420.8690.59796.6
9.04-47.652.20.03820.82171000.9960.03475.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
XDSJanuary 10, 2014データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIXdev_1833精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WPY

4wpy


解像度: 1.65→39.344 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2644 1239 7.33 %Random selection
Rwork0.25 15675 --
obs0.2511 16914 97.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.13 Å2 / Biso mean: 49.4724 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→39.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数621 0 1 18 640
Biso mean--45.5 46 -
残基数----79
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.067884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.454248
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6502-1.71630.46031360.38871745188198
1.7163-1.79440.40321450.32271760190599
1.7944-1.8890.26651260.27551747187398
1.889-2.00730.27391340.23391753188798
2.0073-2.16230.26711410.21491748188998
2.1623-2.37990.2611600.20981741190199
2.3799-2.72420.23381330.22361766189999
2.7242-3.43190.26021300.24321758188898
3.4319-39.35480.25241340.26631657179193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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