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万見
- PDB-4wsl: Crystal structure of designed cPPR-polyC protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsl
タイトルCrystal structure of designed cPPR-polyC protein
要素Pentatricopeptide repeat protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / designer RNA-binding proteins / pentatricopeptide repeat / synthetic biology / RNA-protein interactions
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Coquille, S.C. / Filipovska, A. / Chia, T.S. / Rajappa, L. / Lingford, J.P. / Razif, M.F.M. / Thore, S. / Rackham, O.
資金援助 スイス, オーストラリア, 9件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation316030-128787 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_140924 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_124909 スイス
Novartis Foundation for medical-biological research09A07 スイス
Australian Research CouncilFT0991008 オーストラリア
Australian Research CouncilFT0991113 オーストラリア
Australian Research CouncilDP140104111 オーストラリア
National Health and Medical Research CouncilAPP1058442 オーストラリア
National Health and Medical Research CouncilAPP1045677 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: An artificial PPR scaffold for programmable RNA recognition.
著者: Coquille, S. / Filipovska, A. / Chia, T. / Rajappa, L. / Lingford, J.P. / Razif, M.F. / Thore, S. / Rackham, O.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.src_method
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentatricopeptide repeat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7511
ポリマ－32,7511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.300, 119.300, 55.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Pentatricopeptide repeat protein


分子量: 32750.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 28% PEG4000_Glycerol mix, MES/Imidazole pH 6.7, 0.03M calcium chloride, 0.03M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 4569 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 15.78
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.381 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PJR

4pjr


解像度: 3.7→9.965 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.51 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3088 216 4.99 %Random selection
Rwork0.2584 ---
obs0.2613 4332 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→9.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 0 0 2229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0362222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3832937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.292831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7003-4.58510.40161050.33382012X-RAY DIFFRACTION99
4.5851-9.96540.26981110.22662104X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01150.0403-0.02870.03110.01160.05861.04720.0937-0.0237-0.72010.82550.8774-0.7555-1.0181234.15291.1180.0130.45952.0351-0.54361.842610.790735.6034-3.3031
21.447-0.29530.54450.58630.49990.1124-0.72940.6381-0.15220.00110.744-0.0014-0.17650.9461-0.34350.8303-0.26940.0590.948-0.12450.566527.816556.76920.397
31.22340.7099-0.2571-0.09260.22250.3638-0.21520.45260.7053-0.45780.10650.0648-0.09780.1297-13.35780.7373-0.1445-0.46630.91740.41441.254611.688688.83028.202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 172 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 285 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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