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- PDB-4wsg: Crystal Structure of Soluble WR PIV5 F-GCNt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsg
タイトルCrystal Structure of Soluble WR PIV5 F-GCNt
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral fusion protein / trimer / parainfluenza virus 5 (PIV5) / paramyxovirus / ectodomain / F protein / stability / fusion / prefusion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Newcastle disease virus like domain / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich ...Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Newcastle disease virus like domain / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Parainfluenza virus 5 (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Poor, T.A. / Song, A.S. / Welch, B.D. / Kors, C.A. / Jardetzky, T.S. / Lamb, R.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Soluble WR PIV5 F-GCNt
著者: Poor, T.A. / Song, A.S. / Welch, B.D. / Kors, C.A. / Jardetzky, T.S. / Lamb, R.A.
履歴
登録2014年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_detector / entity ...diffrn_detector / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description ..._diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,6097
ポリマ－160,7243
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18550 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area62390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.528, 155.523, 157.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 53574.691 Da / 分子数: 3 / 断片: Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parainfluenza virus 5 (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9YZA2, UniProt: P04849*PLUS
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.09 M Carboxylic acids (Na-Formate, NH4-Acetate, Na3-Citrate, NaK-Tartrate (racemic), Na-Oxamate); 0.09 M Tris/Bicine; and 27% wt/vol Glycerol/PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07808 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. obs: 41057 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.302 / Net I/av σ(I): 14.641 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 209764
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.114.80.6137211.02990.8
3.11-3.234.90.49138761.07294.3
3.23-3.3850.38840581.18398.7
3.38-3.565.20.32741141.273100
3.56-3.785.30.23141471.347100
3.78-4.075.30.15741431.343100
4.07-4.485.20.10241561.356100
4.48-5.135.20.08841871.591100
5.13-6.455.20.08542331.369100
6.45-354.90.04444221.365100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B9B

2b9b


解像度: 3→34.853 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2813 1995 4.87 %
Rwork0.2304 38974 -
obs0.2329 40969 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.934 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 172.38 Å2 / Biso mean: 83.3827 Å2 / Biso min: 43.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-61.6557 Å2-0 Å2-0 Å2
2---32.9326 Å20 Å2
3----28.7231 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→34.853 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10680 0 56 0 10736
Biso mean--83.51 --
残基数----1435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31714863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3553931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9812-3.05570.49571110.39172189X-RAY DIFFRACTION77
3.0557-3.13820.42351350.34772598X-RAY DIFFRACTION93
3.1382-3.23050.40641390.33282701X-RAY DIFFRACTION95
3.2305-3.33470.36451400.29852770X-RAY DIFFRACTION99
3.3347-3.45380.32081460.27442848X-RAY DIFFRACTION100
3.4538-3.5920.32621440.25542806X-RAY DIFFRACTION100
3.592-3.75520.29771470.23612842X-RAY DIFFRACTION100
3.7552-3.9530.27931430.21712831X-RAY DIFFRACTION100
3.953-4.20030.24421450.19012840X-RAY DIFFRACTION100
4.2003-4.52390.2561470.16572846X-RAY DIFFRACTION100
4.5239-4.9780.19761450.17162852X-RAY DIFFRACTION100
4.978-5.69560.28481500.2242888X-RAY DIFFRACTION100
5.6956-7.16570.33281500.25382924X-RAY DIFFRACTION100
7.1657-34.8550.2091530.20223039X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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