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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wro | |||||||||
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タイトル | Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with C-A mismatch in the second position in the A-site | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translation / mismatch | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Rozov, A. / Demeshkina, N. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Structural insights into the translational infidelity mechanism. 著者: Rozov, A. / Demeshkina, N. / Westhof, E. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wro.cif.gz | 6.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wro.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4wro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wro_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wro_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4wro_validation.xml.gz | 429.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wro_validation.cif.gz | 668.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wro | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4wq1C 4wqrC 4wr6C 4wraC 4wsdC 4wsmC 4wt1C 4wu1C 4wzdC 4wzoC 3tve 3tvf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 7種, 14分子 131G1L3L3K2L2K4L4K141H1K1J16
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076 #2: RNA鎖 | 分子量: 24635.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) #3: RNA鎖 | 分子量: 24849.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) #4: RNA鎖 | 分子量: 9802.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) #5: RNA鎖 | 分子量: 948539.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 48268 #26: RNA鎖 | | 分子量: 24633.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) #27: RNA鎖 | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 55771382 |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 23分子 1E122E223E324E5E6E7E8E1I2I3I4I5I6I7I8I9IAIBI1F
#6: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371 #7: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372 #8: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373 #9: タンパク質 | | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #10: タンパク質 | | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8 #11: タンパク質 | | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291 #12: タンパク質 | | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS #13: タンパク質 | | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374 #14: タンパク質 | | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7 #15: タンパク質 | | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376 #16: タンパク質 | | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3 #17: タンパク質 | | 分子量: 14352.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377 #18: タンパク質 | | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS #19: タンパク質 | | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76 #20: タンパク質 | | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJH3 #21: タンパク質 | | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS #22: タンパク質 | | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #23: タンパク質 | | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP2 #24: タンパク質 | | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380 #25: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 1121314151615868788898A8B8C8D8E8F8G8H8I8J8K8L8M8N8O8P8Q8
-非ポリマー , 3種, 3797分子
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-ZN / #58: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.05→200 Å / Num. obs: 1092032 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 63.8 % / Biso Wilson estimate: 96.907 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.325 / Rrim(I) all: 0.327 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 14.16 / Num. measured all: 69639588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TVF, 3TVE 解像度: 3.05→151.956 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→151.956 Å
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