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- PDB-4wqn: Crystal structure of N6-methyladenosine RNA reader YTHDF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wqn
タイトルCrystal structure of N6-methyladenosine RNA reader YTHDF2
要素YTH domain-containing family protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / N6-methyladenosine RNA reader
機能・相同性
機能・相同性情報


C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / organelle assembly / spermatogonial cell division / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / regulation of rRNA processing / positive regulation of cap-independent translational initiation / endothelial to hematopoietic transition / gamete generation / embryonic morphogenesis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity ...C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / organelle assembly / spermatogonial cell division / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / regulation of rRNA processing / positive regulation of cap-independent translational initiation / endothelial to hematopoietic transition / gamete generation / embryonic morphogenesis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / oocyte maturation / hematopoietic stem cell proliferation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / mRNA destabilization / negative regulation of Notch signaling pathway / mRNA catabolic process / humoral immune response / centriolar satellite / regulation of neurogenesis / regulation of cell adhesion / stress granule assembly / regulation of mRNA stability / P-body / cytoplasmic stress granule / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / innate immune response / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ph1033 like fold / ph1033 like domains / YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YTH domain-containing family protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.121 Å
データ登録者Zhu, T. / Roundtree, I.A. / Wang, P. / Wang, X. / Wang, L. / Sun, C. / Tian, Y. / Li, J. / He, C. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the YTH domain of YTHDF2 reveals mechanism for recognition of N6-methyladenosine.
著者: Zhu, T. / Roundtree, I.A. / Wang, P. / Wang, X. / Wang, L. / Sun, C. / Tian, Y. / Li, J. / He, C. / Xu, Y.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing family protein 2
B: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1915
ポリマ－39,9752
非ポリマー2163
水3,153175
1
A: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0802
ポリマ－19,9881
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8190 Å2
手法PISA
2
B: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1123
ポリマ－19,9881
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.689, 76.689, 131.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B).

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要素

#1: タンパク質 YTH domain-containing family protein 2 / N6-methyladenosine RNA reader YTHDF2 / CLL-associated antigen KW-14 / High-glucose-regulated ...N6-methyladenosine RNA reader YTHDF2 / CLL-associated antigen KW-14 / High-glucose-regulated protein 8 / Renal carcinoma antigen NY-REN-2


分子量: 19987.609 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 383-553 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF2, HGRG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5A9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 0.1M phosphate-citric pH 4.3, 0.2M Lithium Sulfate, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月23日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 24685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 39.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 1.095 / Net I/av σ(I): 21.857 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 259897
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.12-2.29.50.89824470.8930.3020.9491.055100
2.2-2.2810.10.76124480.9110.250.8021.143100
2.28-2.3910.70.62324820.9480.2010.6551.102100
2.39-2.5110.90.47324290.9790.1510.4971.15100
2.51-2.6710.90.35524720.9830.1130.3731.118100
2.67-2.88110.2324780.9930.0730.2421.212100
2.88-3.17110.14224680.9960.0450.1491.081100
3.17-3.6210.80.09624650.9970.0310.1011.006100
3.62-4.5710.10.07724810.9980.0260.0821.059100
4.57-5010.40.05925150.9980.0190.0621.01499.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YU6

2yu6


解像度: 2.121→38.344 Å / FOM work R set: 0.8294 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 1261 5.12 %
Rwork0.186 23368 -
obs0.1878 24629 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.46 Å2 / Biso mean: 47.1 Å2 / Biso min: 28.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.121→38.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 14 175 2667
Biso mean--53.33 48.87 -
残基数----302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0433439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.463946
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1206-2.20550.27761610.2242452261396
2.2055-2.30580.27341050.215826422747100
2.3058-2.42740.29381420.218125922734100
2.4274-2.57940.24221460.223525932739100
2.5794-2.77850.32131380.21426172755100
2.7785-3.0580.25961580.199325922750100
3.058-3.50030.21121370.187426132750100
3.5003-4.4090.20621290.164126262755100
4.409-38.35080.17241450.169526412786100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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