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万見
- PDB-4woy: Crystal structure and functional analysis of MiD49, a receptor fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4woy
タイトルCrystal structure and functional analysis of MiD49, a receptor for the mitochondrial fission protein Drp1
要素Mitochondrial dynamics protein MID49
キーワードTRANSFERASE / MID49 / Mitochondrial Fission / Nucleotidyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrion organization / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein targeting to membrane / mitochondrion organization / mitochondrial outer membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial dynamics protein MID49/MID51 / : / Mitochondrial dynamics protein MID51-like, C-terminal domain / Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain ...Mitochondrial dynamics protein MID49/MID51 / : / Mitochondrial dynamics protein MID51-like, C-terminal domain / Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial dynamics protein MID49
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Loson, O.C. / Meng, S. / Ngo, H.B. / Liu, R. / Kaiser, J.T. / Chan, D.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure and functional analysis of MiD49, a receptor for the mitochondrial fission protein Drp1.
著者: Loson, O.C. / Meng, S. / Ngo, H. / Liu, R. / Kaiser, J.T. / Chan, D.C.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial dynamics protein MID49
B: Mitochondrial dynamics protein MID49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1602
ポリマ－73,1602
非ポリマー00
水3,153175
1
A: Mitochondrial dynamics protein MID49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5801
ポリマ－36,5801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitochondrial dynamics protein MID49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5801
ポリマ－36,5801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Mitochondrial dynamics protein MID49

B: Mitochondrial dynamics protein MID49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1602
ポリマ－73,1602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_774-x+5/2,-y+5/2,z-1/21
Buried area2060 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.674, 153.390, 109.015
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-531-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial dynamics protein MID49 / Mitochondrial dynamics protein of 49 kDa homolog / Mitochondrial elongation factor 2 / Smith- ...Mitochondrial dynamics protein of 49 kDa homolog / Mitochondrial elongation factor 2 / Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 7 protein homolog


分子量: 36580.070 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 126-454 / 変異: R218A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mief2, Gm11, Mid49, Smcr7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5NCS9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.0), 20 mM MgCl2, 20% polyacrylic acid 5,100 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→36.98 Å / Num. all: 32951 / Num. obs: 32951 / % possible obs: 98.92 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.51

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1760) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→36.98 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 903 2.74 %
Rwork0.2057 --
obs0.2067 32951 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5162 0 0 175 5337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3557220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1921916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007928
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.55040.35991500.30435310100
2.5504-2.74720.29331470.2812524899
2.7472-3.02360.3331510.25755348100
3.0236-3.46080.26171490.2297528298
3.4608-4.35910.231530.1807540699
4.35910.19261530.17545498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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