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万見
- PDB-4wor: Staphylococcal nuclease in complex with Ca2+ and thymidine-3'-5'-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wor
タイトルStaphylococcal nuclease in complex with Ca2+ and thymidine-3'-5'-diphosphate (pdTp) at room temperature
要素Thermonuclease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


micrococcal nuclease / : / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / Thermonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.596 Å
データ登録者Wall, M.E. / Ealick, S.E. / Gruner, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional diffuse x-ray scattering from crystals of Staphylococcal nuclease.
著者: Wall, M.E. / Ealick, S.E. / Gruner, S.M.
履歴
登録2014年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月20日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.id / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._atom_site.id / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2863
ポリマ－16,8431
非ポリマー4422
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.499, 48.499, 63.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Thermonuclease / TNase / Micrococcal nuclease / Staphylococcal nuclease


分子量: 16843.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: nuc / プラスミド: pFOG405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-THP / THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / チミジン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 % / 解説: 2.0 mm x 0.4 mm x 0.4 mm rod
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.15
詳細: 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), potassium phosphate, thymidine-3',5'-diphosphate (pdTp), Ca2+

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 Å
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1995年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.596→24.25 Å / Num. all: 37237 / Num. obs: 19093 / % possible obs: 97.59 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.07585 / Net I/σ(I): 8.22
反射 シェル解像度: 1.596→1.653 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5368 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 96.06

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1779) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SNC

1snc


解像度: 1.596→24.249 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2042 1880 5.13 %Random selection
Rwork0.1799 ---
obs0.1811 36626 95.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.596→24.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1037 0 26 79 1142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2841466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.22400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5961-1.63920.36251230.32462606X-RAY DIFFRACTION93
1.6392-1.68740.28951480.28422500X-RAY DIFFRACTION90
1.6874-1.74190.29561600.25342632X-RAY DIFFRACTION93
1.7419-1.80410.25761560.23082621X-RAY DIFFRACTION93
1.8041-1.87630.2411620.22252615X-RAY DIFFRACTION94
1.8763-1.96170.23931780.20082633X-RAY DIFFRACTION96
1.9617-2.0650.28591320.18662676X-RAY DIFFRACTION96
2.065-2.19430.17281300.17232762X-RAY DIFFRACTION97
2.1943-2.36360.22231120.17152771X-RAY DIFFRACTION97
2.3636-2.60130.22541400.17452718X-RAY DIFFRACTION97
2.6013-2.97710.20271480.17432738X-RAY DIFFRACTION98
2.9771-3.74860.15921540.15812753X-RAY DIFFRACTION98
3.7486-24.25220.17641370.16622721X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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