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- PDB-4woq: Crystal Structures of CdNal from Clostridium difficile in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4woq
タイトルCrystal Structures of CdNal from Clostridium difficile in complex with ketobutyric
要素N-acetylneuraminate lyase
キーワードLYASE / aldolase / thermostable
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-KETOBUTYRIC ACID / N-acetylneuraminate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile NAP08 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, W.D. / Guo, R.T. / Cui, Y.F. / Chen, X. / Wu, Q.Q. / Zhu, D.M.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21072151 中国
National Natural Science Foundation of China21102100 中国
National Basic Research Program of China2011CB710801 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structures of CdNal from Clostridium difficile in complex with ketobutyric
著者: Liu, W.D. / Guo, R.T. / Cui, Y.F. / Chen, X. / Wu, Q.Q. / Zhu, D.M.
履歴
登録2014年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylneuraminate lyase
B: N-acetylneuraminate lyase
C: N-acetylneuraminate lyase
D: N-acetylneuraminate lyase
E: N-acetylneuraminate lyase
F: N-acetylneuraminate lyase
G: N-acetylneuraminate lyase
H: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,77316
ポリマ－274,9568
非ポリマー8178
水28,7881598
1
A: N-acetylneuraminate lyase
D: N-acetylneuraminate lyase
F: N-acetylneuraminate lyase
H: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8868
ポリマ－137,4784
非ポリマー4084
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area39360 Å2
手法PISA
2
B: N-acetylneuraminate lyase
C: N-acetylneuraminate lyase
E: N-acetylneuraminate lyase
G: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8868
ポリマ－137,4784
非ポリマー4084
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area39360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.875, 122.612, 122.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid ...N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid aldolase / Sialic acid lyase


分子量: 34369.492 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile NAP08 (バクテリア)
遺伝子: CdNal / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D5Q364, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物
ChemComp-2KT / 2-KETOBUTYRIC ACID / 2-OXOBUTANOIC ACID / α-ケト酪酸


分子量: 102.089 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: NaAc, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.6 % / 数: 556743 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 0.91 / D res high: 2.2 Å / D res low: 25 Å / Num. obs: 120931 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.732510.0330.9954.7
3.764.7310.0541.554.7
3.283.7610.081.2964.7
2.983.2810.1140.8534.8
2.772.9810.1780.7884.8
2.612.7710.2760.744.8
2.482.6110.3570.7174.8
2.372.4810.4740.6914.7
2.282.3710.50.6894.3
2.22.2810.4960.6793.7
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 120931 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.907 / Net I/av σ(I): 16.527 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 556743
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.283.70.496118630.8440.2870.5760.67998.4
2.28-2.374.30.5120800.8680.2710.5720.68999.9
2.37-2.484.70.474120620.8960.2440.5340.691100
2.48-2.614.80.357121060.9470.1810.4020.717100
2.61-2.774.80.276120930.9590.140.310.74100
2.77-2.984.80.178120970.9820.090.20.788100
2.98-3.284.80.114121050.9920.0580.1290.853100
3.28-3.764.70.08121130.9950.0410.0911.29699.8
3.76-4.734.70.054121430.9970.0280.0611.5599.9
4.73-254.70.033122690.9990.0170.0370.99599.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f74

1f74


解像度: 2.2→25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 5782 4.8 %Random selection
Rwork0.1838 108961 --
obs-114743 94.4 %-
溶媒の処理Bsol: 58.0432 Å2
原子変位パラメータBiso max: 90.75 Å2 / Biso mean: 37.0326 Å2 / Biso min: 16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.025 Å2-0 Å210.817 Å2
2--8.236 Å20 Å2
3----1.211 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18568 0 56 1598 20222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1452
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1652.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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