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- PDB-4wju: Crystal structure of Rsa4 from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wju
タイトルCrystal structure of Rsa4 from Saccharomyces cerevisiae
要素Ribosome assembly protein 4
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ribosome biogenesis ribosome assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex remodeling / ribosomal large subunit assembly / nucleolus
類似検索 - 分子機能
NLE / NLE (NUC135) domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat ...NLE / NLE (NUC135) domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome assembly protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Holdermann, I. / Bassler, J. / Hurt, E. / Sinning, I.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2014
タイトル: A network of assembly factors is involved in remodeling rRNA elements during preribosome maturation.
著者: Baler, J. / Paternoga, H. / Holdermann, I. / Thoms, M. / Granneman, S. / Barrio-Garcia, C. / Nyarko, A. / Stier, G. / Clark, S.A. / Schraivogel, D. / Kallas, M. / Beckmann, R. / Tollervey, D. ...著者: Baler, J. / Paternoga, H. / Holdermann, I. / Thoms, M. / Granneman, S. / Barrio-Garcia, C. / Nyarko, A. / Stier, G. / Clark, S.A. / Schraivogel, D. / Kallas, M. / Beckmann, R. / Tollervey, D. / Barbar, E. / Sinning, I. / Hurt, E.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22014年12月10日Group: Database references
改定 1.32015年1月14日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome assembly protein 4
B: Ribosome assembly protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3063
ポリマ－114,2142
非ポリマー921
水00
1
A: Ribosome assembly protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1992
ポリマ－57,1071
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosome assembly protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1071
ポリマ－57,1071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.870, 108.470, 261.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome assembly protein 4 / Notchless protein homolog 1 / Ribosome biogenesis factor RSA4 / Ribosome assembly protein 4


分子量: 57106.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RSA4, YCR072C, YCR72C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25382
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RSA4, YCR072C, YCR72C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.5M NaHCO2, 2.25M NH4Ac

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.61 Å / Num. obs: 33508 / % possible obs: 97.26 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 7.68
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WJS

4wjs


解像度: 2.8→43.609 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1999 5.97 %
Rwork0.2034 --
obs0.206 33498 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7055 0 6 0 7061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8619792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1612600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.36571420.31462242X-RAY DIFFRACTION98
2.87-2.94760.33551440.30092256X-RAY DIFFRACTION98
2.9476-3.03430.34791420.28732245X-RAY DIFFRACTION98
3.0343-3.13220.33491410.2692229X-RAY DIFFRACTION98
3.1322-3.24410.2981430.25172246X-RAY DIFFRACTION98
3.2441-3.3740.30061410.22792226X-RAY DIFFRACTION97
3.374-3.52750.23891420.20132234X-RAY DIFFRACTION98
3.5275-3.71330.25051420.19032247X-RAY DIFFRACTION98
3.7133-3.94590.21661430.17962260X-RAY DIFFRACTION98
3.9459-4.25030.21751430.16322241X-RAY DIFFRACTION97
4.2503-4.67760.17961420.13752239X-RAY DIFFRACTION97
4.6776-5.35340.1611440.14682266X-RAY DIFFRACTION97
5.3534-6.74070.23411440.19782264X-RAY DIFFRACTION96
6.7407-43.61410.23521460.20792304X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.54921.24650.60933.7545-0.33426.2242-0.52430.4050.2107-0.7484-0.0316-0.0629-0.2527-0.31590.45221.1467-0.1898-0.11271.0720.08880.584-24.3346-30.1688-54.9978
21.89850.1718-1.4191.2483-0.03052.32840.03260.80330.194-0.5529-0.00610.0613-0.7532-0.0702-0.05810.5869-0.1103-0.10760.7370.1430.4151-34.6287-26.1207-39.4115
31.6688-0.4171-0.10180.88560.16741.4445-0.02630.2876-0.0355-0.08410.03210.03330.0217-0.1393-0.01610.1533-0.0570.00830.21250.03520.1999-34.4573-44.8037-14.2002
43.2109-0.49580.3841.1075-0.70511.73780.01440.37230.258-0.09220.0537-0.0022-0.14080.1561-0.03950.2563-0.0976-0.00750.34920.07690.2461-24.976-30.0334-23.3436
52.86141.01440.38560.9680.32990.1182-0.3575-0.425-0.46730.15330.1-0.1432-0.39890.03660.17551.1726-0.19790.16761.2672-0.06910.5669-25.8638-26.074757.2774
61.09640.55550.66882.572-1.06261.21180.1632-0.60040.00970.7582-0.11050.1613-0.3482-1.3534-0.05831.0235-0.09580.15541.1331-0.27550.513-26.5747-20.455149.1377
71.91850.1680.03721.70440.09842.91590.0512-0.21540.25980.11830.0735-0.1303-0.27750.4223-0.09730.2642-0.02050.0220.2701-0.12560.278-9.1471-27.759318.6233
85.00730.8008-0.39545.95031.0122.4957-0.1022-0.5118-0.21960.36960.17690.6764-0.17-0.66350.00320.2540.03780.03030.5042-0.05410.3118-28.9064-30.583824.723
92.43370.2749-0.04061.20990.1091.26180.1856-0.4760.64840.0573-0.20910.3155-0.7102-0.27010.04060.57540.03590.05950.4662-0.21440.4981-21.6716-12.851127.6586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 102 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 103 through 145 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 146 through 364 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 365 through 515 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 30 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 77 through 133 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 134 through 364 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 365 through 410 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 411 through 515 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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