[日本語] English
万見
- PDB-4wjl: Structure of human dipeptidyl peptidase 10 (DPPY): a modulator of... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wjl
タイトルStructure of human dipeptidyl peptidase 10 (DPPY): a modulator of neuronal Kv4 channels
要素Inactive dipeptidyl peptidase 10
キーワードMEMBRANE PROTEIN / inactive dipeptidyl peptidase 10 / DPP4 structure homologue / alpha/beta hydrolase / beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of potassium ion transmembrane transport / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / serine-type peptidase activity / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / transmembrane transporter binding / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactive dipeptidyl peptidase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bezerra, G.A. / Dobrovetsky, E. / Seitova, A. / Fedosyuk, S. / Dhe-Paganon, S. / Gruber, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structure of human dipeptidyl peptidase 10 (DPPY): a modulator of neuronal Kv4 channels.
著者: Bezerra, G.A. / Dobrovetsky, E. / Seitova, A. / Fedosyuk, S. / Dhe-Paganon, S. / Gruber, K.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Inactive dipeptidyl peptidase 10
B: Inactive dipeptidyl peptidase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,72611
ポリマ－165,2332
非ポリマー3,4939
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area60840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.910, 143.730, 176.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 67:407 or resseq 412:782 )
211chain B and (resseq 67:407 or resseq 412:782 )

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999919, -0.003172, 0.012346), (0.006281, 0.720166, 0.693774), (-0.011091, 0.693795, -0.720087)
ベクター: -40.510399, 36.554501, -90.827202)

-
要素

#1: タンパク質 Inactive dipeptidyl peptidase 10 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 3 / DPRP-3 / Dipeptidyl peptidase X / DPP X / Dipeptidyl ...Dipeptidyl peptidase IV-related protein 3 / DPRP-3 / Dipeptidyl peptidase X / DPP X / Dipeptidyl peptidase-like protein 2 / DPL2


分子量: 82616.289 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 65-783 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP10, DPRP3, KIAA1492
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q8N608
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystals formed within 2-4 weeks using 100 micrometers of reservoir solution consisting of 20%(w/v) PEG 1500, 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97943 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→111.388 Å / Num. all: 29019 / Num. obs: 29019 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 74.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.251 / Rsym value: 0.226 / Net I/av σ(I): 3.096 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 149063
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-3.5850.7750.92063041500.3780.7752.399.9
3.58-3.850.5761.21979439350.2790.5763.199.9
3.8-4.065.10.4051.71902337250.1950.4054.299.9
4.06-4.395.20.2792.71811534730.1320.2795.9100
4.39-4.815.30.2033.61709532280.0960.2038100
4.81-5.385.30.1694.41548329200.080.1698.7100
5.38-6.215.30.1744.21361825880.0830.1748.1100
6.21-7.65.20.1375.31149022180.0660.1379.4100
7.6-10.755.10.05710.7895517590.0280.05715.9100
10.75-66.5464.80.0539.2486010230.0260.05318.299.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 50.99 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å66.55 Å
Translation3.5 Å66.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XFD

1xfd


解像度: 3.4→66.546 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 1476 5.1 %
Rwork0.2074 --
obs0.2092 28967 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.006 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2794 Å20 Å20 Å2
2--9.6109 Å2-0 Å2
3----5.3315 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→66.546 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11600 0 229 0 11829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36216474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.864530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1021856
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072053
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B5752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.50980.31341160.28042462X-RAY DIFFRACTION100
3.5098-3.63520.29221310.25522425X-RAY DIFFRACTION100
3.6352-3.78070.30781330.252470X-RAY DIFFRACTION100
3.7807-3.95280.26021320.21792458X-RAY DIFFRACTION100
3.9528-4.16110.24421360.20742490X-RAY DIFFRACTION100
4.1611-4.42180.24011290.18012480X-RAY DIFFRACTION100
4.4218-4.76310.17921460.1632489X-RAY DIFFRACTION100
4.7631-5.24230.21691370.16542479X-RAY DIFFRACTION100
5.2423-6.00040.24991500.19422512X-RAY DIFFRACTION100
6.0004-7.55820.22791260.22412560X-RAY DIFFRACTION100
7.5582-66.55850.23631400.21762666X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る