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- PDB-4whb: Crystal structure of phenylurea hydrolase B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4whb
タイトルCrystal structure of phenylurea hydrolase B
要素Phenylurea hydrolase B
キーワードHYDROLASE / Amidohydrolase / diuron hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenylurea hydrolase B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium brisbanense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.958 Å
データ登録者Sugrue, E. / Carr, P.D. / Khurana, J.L. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Evolutionary Expansion of the Amidohydrolase Superfamily in Bacteria in Response to the Synthetic Compounds Molinate and Diuron.
著者: Sugrue, E. / Fraser, N.J. / Hopkins, D.H. / Carr, P.D. / Khurana, J.L. / Oakeshott, J.G. / Scott, C. / Jackson, C.J.
履歴
登録2014年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32017年9月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source ...diffrn_detector / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Phenylurea hydrolase B
A: Phenylurea hydrolase B
B: Phenylurea hydrolase B
C: Phenylurea hydrolase B
D: Phenylurea hydrolase B
F: Phenylurea hydrolase B
G: Phenylurea hydrolase B
H: Phenylurea hydrolase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,0569
ポリマ－397,9918
非ポリマー651
水34219
1
B: Phenylurea hydrolase B
G: Phenylurea hydrolase B

E: Phenylurea hydrolase B
D: Phenylurea hydrolase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,9954
ポリマ－198,9954
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area10450 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area60980 Å2
手法PISA
2
A: Phenylurea hydrolase B
F: Phenylurea hydrolase B
ヘテロ分子

C: Phenylurea hydrolase B
H: Phenylurea hydrolase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,0615
ポリマ－198,9954
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area10190 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area60600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.374, 100.526, 238.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phenylurea hydrolase B


分子量: 49748.871 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium brisbanense (バクテリア)
遺伝子: puhB / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8R4K0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.02% (v/v) sodium azide, 0.2 M MgCl, 8% (v/v) PEG MME 550, 8% w/v PEG 20000, 0.05 MES at ph 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.958→40.12 Å / Num. all: 75147 / Num. obs: 75147 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.96→3.02 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WGX

4wgx


解像度: 2.958→39.595 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3091 3766 5.02 %
Rwork0.2524 71286 -
obs0.2552 75052 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 235.4 Å2 / Biso mean: 41.0211 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.958→39.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27904 0 1 19 27924
Biso mean--72.3 20.81 -
残基数----3672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01528504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.76938890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0914498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.68610174
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.958-2.99540.48281430.38932622276599
2.9954-3.03480.48361490.394126192768100
3.0348-3.07640.44021590.36326592818100
3.0764-3.12030.37851360.32182618275499
3.1203-3.16690.43051320.322926642796100
3.1669-3.21640.41580.33452612277099
3.2164-3.26910.37661400.32072634277499
3.2691-3.32540.43951380.30926542792100
3.3254-3.38580.34841340.28252630276499
3.3858-3.45090.32771370.255526352772100
3.4509-3.52130.34531530.24512665281899
3.5213-3.59790.27611200.23792646276699
3.5979-3.68150.30961380.22712662280099
3.6815-3.77350.31651310.22582615274699
3.7735-3.87540.30361420.22812662280499
3.8754-3.98940.27991200.22262650277099
3.9894-4.1180.25551520.21662627277999
4.118-4.2650.28481340.21852659279399
4.265-4.43560.24951490.21942590273999
4.4356-4.63710.24141220.21962679280199
4.6371-4.88120.2461620.21122651281399
4.8812-5.18640.27631220.21992643276599
5.1864-5.58580.24641430.22922654279799
5.5858-6.14610.29591450.24042614275998
6.1461-7.03110.28371270.2482677280498
7.0311-8.84220.25441420.22392618276098
8.8422-39.59870.2441380.2292627276594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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