PDB-4wh8: Crystal Structure of HCV NS3/4A protease in complex with an Asuna...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wh8

タイトル

Crystal Structure of HCV NS3/4A protease in complex with an Asunaprevir P1-P3 macrocyclic analog.

要素

Genome polyprotein

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HCV Drug resistance / protease-inhibitor complex / Asunaprevir / macrocycle / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / lipid droplet / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity ...
類似検索 - 分子機能

Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / : / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Hepatitis C virus NS3 protease / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 2.703 Å

データ登録者

Soumana, D.I. / Ali, A. / Schiffer, C.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	RO1-AI085051	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F31-GM103259	米国

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Analysis of Asunaprevir Resistance in HCV NS3/4A Protease.
著者: Soumana, D.I. / Ali, A. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2014年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月3日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 2.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.0	2022年10月26日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 3.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wh8.cif.gz	148.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wh8.ent.gz	116.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wh8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wh8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4wh8_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	4wh8_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/4wh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/4wh8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4wf8C 4wh6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cvy-d 6vdm-d 6cvw-d 3sug-d 3sv9-d 3m5l-d 3su1-d 4wh6-d 6vdl-d 6piw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (34)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

B: Genome polyprotein

ヘテロ分子

43.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Genome polyprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Genome polyprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.412, 54.975, 59.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.090, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 21017.877 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1030-1205 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8DG50
#2: 化合物	ChemComp-3M7 / tert-butyl {(2R,4S,6S,12Z,13aS,14aR,16aS)-2-[(7-chloro-4-methoxyisoquinolin-1-yl)oxy]-14a-[(cyclopropanesulfonyl)carbamoyl]-5,16-dioxo-1,2,3,5,6,7,8,9,10,11,13a,14,14a,15,16,16a-hexadecahydrocyclopropa[e]pyrrolo[1,2-a][1,4]diazacyclopentadecin-6-yl}carbamate 分子量: 760.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₆ClN₅O₉S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20 to 26% PEG-3350, 0.1 M sodium MES buffer at pH 6.5, and 4% ammonium sulfate PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 26199 / Num. obs: 6134 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.703→24.871 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2387	488	4.74 %
R_work	0.1712	-	-
obs	0.1744	6134	97.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.45 Å² / B_iso mean: 16.0907 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.703→24.871 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2784	0	208	60	3052
B_iso mean	-	-	21.63	14.29	-
残基数	-	-	-	-	396

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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