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- PDB-4wh2: N-acetylhexosamine 1-kinase in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wh2
タイトルN-acetylhexosamine 1-kinase in complex with ADP
要素N-acetylhexosamine 1-kinase
キーワードTRANSFERASE / NahK / anomeric kinase / APH / open conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylhexosamine 1-kinase / homoserine kinase activity / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / threonine biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / N-acetylhexosamine 1-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 1217 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.847 Å
データ登録者Sato, M. / Arakawa, T. / Nam, Y.W. / Nishimoto, M. / Kitaoka, M. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries 日本
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Open-close structural change upon ligand binding and two magnesium ions required for the catalysis of N-acetylhexosamine 1-kinase
著者: Sato, M. / Arakawa, T. / Nam, Y.W. / Nishimoto, M. / Kitaoka, M. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2007
タイトル: Identification of N-acetylhexosamine 1-kinase in the complete lacto-N-biose I/galacto-N-biose metabolic pathway in Bifidobacterium longum.
著者: Nishimoto, M. / Kitaoka, M.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylhexosamine 1-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,86610
ポリマ－40,9981
非ポリマー8689
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.079, 88.220, 105.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 N-acetylhexosamine 1-kinase / N-acetylgalactosamine/N-acetylglucosamine 1-kinase


分子量: 40997.895 Da / 分子数: 1 / 変異: D7V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 1217 (バクテリア)
遺伝子: nahK, lnpB, BLLJ_1622 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: E8MF12, N-acetylhexosamine 1-kinase

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非ポリマー , 5種, 322分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG8000, magnesium acetate, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月15日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.847→50 Å / Num. obs: 36058 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000data processing
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.847→45.399 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1998 5.56 %
Rwork0.1942 --
obs0.1968 35960 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.847→45.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2777 0 55 313 3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0163910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1761034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004510
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8466-1.89280.29841300.24522196X-RAY DIFFRACTION91
1.8928-1.94390.29991410.24862409X-RAY DIFFRACTION100
1.9439-2.00110.28871430.23422420X-RAY DIFFRACTION100
2.0011-2.06570.28741420.21442396X-RAY DIFFRACTION100
2.0657-2.13960.24911400.21742395X-RAY DIFFRACTION100
2.1396-2.22520.27421420.20712429X-RAY DIFFRACTION100
2.2252-2.32650.25281420.20722418X-RAY DIFFRACTION100
2.3265-2.44920.27411440.20512446X-RAY DIFFRACTION100
2.4492-2.60260.29791430.20352438X-RAY DIFFRACTION100
2.6026-2.80350.23711420.19812406X-RAY DIFFRACTION100
2.8035-3.08560.21271450.20262465X-RAY DIFFRACTION100
3.0856-3.53190.24331460.19292482X-RAY DIFFRACTION100
3.5319-4.44920.21521480.16742497X-RAY DIFFRACTION100
4.4492-45.41230.21421500.17282565X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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