[日本語] English
万見
- PDB-4wgx: Crystal Structure of Molinate Hydrolase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wgx
タイトルCrystal Structure of Molinate Hydrolase
要素Molinate hydrolase
キーワードHYDROLASE / Amidohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Molinate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Gulosibacter molinativorax (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Sugrue, E. / Carr, P.D. / Fraser, N.J. / Hopkins, D.H. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Evolutionary Expansion of the Amidohydrolase Superfamily in Bacteria in Response to the Synthetic Compounds Molinate and Diuron.
著者: Sugrue, E. / Fraser, N.J. / Hopkins, D.H. / Carr, P.D. / Khurana, J.L. / Oakeshott, J.G. / Scott, C. / Jackson, C.J.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Derived calculations
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Molinate hydrolase
B: Molinate hydrolase
C: Molinate hydrolase
D: Molinate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,93215
ポリマ－203,9284
非ポリマー1,00411
水13,799766
1
A: Molinate hydrolase
B: Molinate hydrolase
ヘテロ分子

A: Molinate hydrolase
B: Molinate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,22718
ポリマ－203,9284
非ポリマー1,29914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455-x-1/2,y,-z1
Buried area15040 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area59950 Å2
手法PISA
2
C: Molinate hydrolase
D: Molinate hydrolase
ヘテロ分子

C: Molinate hydrolase
D: Molinate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,63712
ポリマ－203,9284
非ポリマー7088
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y,-z+1/21
Buried area13890 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area60140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.429, 226.317, 265.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-630-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Molinate hydrolase


分子量: 50982.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gulosibacter molinativorax (バクテリア)
遺伝子: molA / プラスミド: pETcc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G2XLB0
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.5 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Microcrystals obtained in 45 % MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-Tris pH 6 were used as microseeds to create larger crystals in 48 % MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-Tris pH 6.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→63.165 Å / Num. all: 170085 / Num. obs: 170085 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.29→41.621 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 8551 5.03 %
Rwork0.176 161383 -
obs0.1774 169934 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.56 Å2 / Biso mean: 51.0019 Å2 / Biso min: 15.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→41.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14296 0 137 766 15199
Biso mean--84.18 41.02 -
残基数----1860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18819987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4165417
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.29-2.3160.33312910.29835230552199
2.316-2.34330.30762800.289253205600100
2.3433-2.37180.33962890.287853255614100
2.3718-2.40190.30862780.27353155593100
2.4019-2.43350.28723000.257953555655100
2.4335-2.46680.27822910.248753045595100
2.4668-2.5020.28212980.246753565654100
2.502-2.53940.27452820.232653565638100
2.5394-2.5790.26622840.235253725656100
2.579-2.62130.26462540.228953295583100
2.6213-2.66650.26792610.224253515612100
2.6665-2.7150.24773180.218553325650100
2.715-2.76720.26742630.214654055668100
2.7672-2.82370.23772990.212653355634100
2.8237-2.88510.24422870.20953365623100
2.8851-2.95220.2442710.202954025673100
2.9522-3.0260.23742540.199653775631100
3.026-3.10780.23192980.194953435641100
3.1078-3.19920.21723110.189553805691100
3.1992-3.30240.242920.194653695661100
3.3024-3.42040.21092930.183953715664100
3.4204-3.55720.2072700.167653855655100
3.5572-3.7190.17942990.156954025701100
3.719-3.9150.17692750.147553955670100
3.915-4.16010.1572610.137254305691100
4.1601-4.48090.1552970.127754015698100
4.4809-4.93120.1432940.124754405734100
4.9312-5.64320.14752470.140355115758100
5.6432-7.10410.17382950.166955135808100
7.1041-41.62830.16793190.147356435962100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る