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- PDB-4wgi: A Single Diastereomer of a Macrolactam Core Binds Specifically to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wgi
タイトルA Single Diastereomer of a Macrolactam Core Binds Specifically to Myeloid Cell Leukemia 1 (MCL1)
要素Maltose-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードapoptosis/inhibitor / Fusion protein / MBP / transport protein / transport protein-inhibitor complex / apoptosis-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / carbohydrate transmembrane transporter activity ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / outer membrane-bounded periplasmic space / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-3M6 / FORMIC ACID / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Clifton, M.C. / Fairman, J.W. / Fang, C. / D'Souza, B. / Fulroth, B. / Leed, A. / McCarren, P. / Wang, L. / Wang, Y. / Kaushik, V. ...Clifton, M.C. / Fairman, J.W. / Fang, C. / D'Souza, B. / Fulroth, B. / Leed, A. / McCarren, P. / Wang, L. / Wang, Y. / Kaushik, V. / Palmer, M. / Wei, G. / Golub, T.R. / Hubbard, B.K. / Serrano-Wu, M.H.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Single Diastereomer of a Macrolactam Core Binds Specifically to Myeloid Cell Leukemia 1 (MCL1).
著者: Fang, C. / D'Souza, B. / Thompson, C.F. / Clifton, M.C. / Fairman, J.W. / Fulroth, B. / Leed, A. / McCarren, P. / Wang, L. / Wang, Y. / Feau, C. / Kaushik, V.K. / Palmer, M. / Wei, G. / ...著者: Fang, C. / D'Souza, B. / Thompson, C.F. / Clifton, M.C. / Fairman, J.W. / Fulroth, B. / Leed, A. / McCarren, P. / Wang, L. / Wang, Y. / Feau, C. / Kaushik, V.K. / Palmer, M. / Wei, G. / Golub, T.R. / Hubbard, B.K. / Serrano-Wu, M.H.
履歴
登録2014年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,80414
ポリマ－57,3111
非ポリマー1,49313
水8,701483
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.300, 135.870, 37.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 57310.883 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 27-392,unp residues 173-291 / 変異: K194A, K197A, R201A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q07820
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 495分子

#3: 化合物 ChemComp-3M6 / (2S)-2-[(2S,3R)-10-{[(4-fluorophenyl)sulfonyl]amino}-3-methyl-2-[(methyl{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}amino)methyl]-6-oxo-3,4-dihydro-2H-1,5-benzoxazocin-5(6H)-yl]propanoic acid


分子量: 666.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H30F4N4O7S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 % / 解説: rods
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 MG/ML MBP-MCL1 VCID 9272, 200MM MG FORMATE, 20% PEG3350, 0.5M BRD-0611, 1MM MALTOSE, CRYOPROTECTANT 20% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 44522 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19.76 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 196275
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.85-1.90.7490.5082.129994328232780.62299.9
1.9-1.950.7860.42.759793312931240.48899.8
1.95-2.010.8690.3013.7910040311631090.36499.8
2.01-2.070.9030.2444.929871296729620.29399.8
2.07-2.140.9150.2175.889831289328870.2699.8
2.14-2.210.950.1857.359833285428380.2299.4
2.21-2.290.9660.1529.629991268626720.17899.5
2.29-2.390.9760.13211.4110503264326260.15399.4
2.39-2.490.9810.11713.0710416251825030.13599.4
2.49-2.620.9880.10514.6110404240523880.1299.3
2.62-2.760.9910.0917.4710711229722810.10299.3
2.76-2.930.9940.0819.3810924221122030.0999.6
2.93-3.130.9960.06723.2210960207020670.07599.9
3.13-3.380.9980.05330.2311528191119080.05899.8
3.38-3.70.9990.04338.6812005177717750.04799.9
3.7-4.140.9990.03842.5911029163316310.04199.9
4.14-4.780.9990.03245.729691144814440.03599.7
4.78-5.850.9990.03343.758457123312320.03699.9
5.85-8.270.9990.02943.0467019949940.032100
8.270.9990.02648.3835936086000.02898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1675)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WIX

3wix


解像度: 1.85→41.206 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2126 2167 4.87 %
Rwork0.1772 42295 -
obs0.179 44462 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.28 Å2 / Biso mean: 23.4035 Å2 / Biso min: 9.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→41.206 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3904 0 100 483 4487
Biso mean--30.12 29.69 -
残基数----513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8765588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8521454
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.89310.29211390.266828212960100
1.8931-1.94040.30321260.241127602886100
1.9404-1.99290.28251390.208227902929100
1.9929-2.05150.24521450.203327662911100
2.0515-2.11770.22881580.206827802938100
2.1177-2.19340.25781450.19162774291999
2.1934-2.28120.21891500.18742747289799
2.2812-2.3850.221600.17882797295799
2.385-2.51070.21521490.17712796294599
2.5107-2.6680.22451340.172797293199
2.668-2.8740.2241430.1792810295399
2.874-3.16310.19481560.176128262982100
3.1631-3.62060.18621220.161828702992100
3.6206-4.56060.19551350.147529153050100
4.5606-41.21670.1741660.165730463212100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9301-0.75030.2010.78660.0070.3295-0.1204-0.1094-0.14730.16920.08930.16850.0067-0.07610.01650.17610.01750.0580.13780.00610.152310.244319.635252.455
22.1874-0.6205-0.00212.119-0.05561.3227-0.05880.11960.13940.1208-0.0110.03490.0032-0.0555-0.00550.1259-0.00780.00930.1135-0.00350.133325.705331.7245.8017
31.1675-0.1548-0.91112.2619-0.10061.102-0.0095-0.0147-0.0544-0.03010.05420.14790.0155-0.0823-0.00560.13270.0002-0.01940.13640.00690.11816.502457.516547.7644
42.0819-1.07270.01392.1865-0.29731.14650.01710.0489-0.0708-0.2223-0.0130.02910.0878-0.07120.03260.14020.01420.00270.13220.01020.102117.98453.513144.2115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -196 through 137 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 138 through 172 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 253 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 254 through 321 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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