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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wfg | ||||||
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タイトル | Human TRAAK K+ channel in a Tl+ bound conductive conformation | ||||||
要素 |
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キーワード | METAL TRANSPORT / Mechanosensitive ion channel / two-pore domain potassium ion channel / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mechanosensitive potassium channel activity / TWIK related potassium channel (TREK) / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / sensory perception of temperature stimulus / temperature-gated cation channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / potassium channel complex / cellular response to alkaline pH / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity ...mechanosensitive potassium channel activity / TWIK related potassium channel (TREK) / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / sensory perception of temperature stimulus / temperature-gated cation channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / potassium channel complex / cellular response to alkaline pH / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / cellular response to temperature stimulus / outward rectifier potassium channel activity / cellular response to fatty acid / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / potassium ion transport / cellular response to mechanical stimulus / memory / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Brohawn, S.G. / MacKinnon, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Physical mechanism for gating and mechanosensitivity of the human TRAAK K+ channel. 著者: Brohawn, S.G. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wfg.cif.gz | 548.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wfg.ent.gz | 454.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wfg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32569.650 Da / 分子数: 2 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NYG8 |
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-抗体 , 2種, 4分子 DFEG
#2: 抗体 | 分子量: 23038.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 23474.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-非ポリマー , 3種, 201分子
#4: 化合物 | ChemComp-TL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.86 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 50 MM TRIS PH 8.8, 200 MM CA(NO3)2, 27-30%(VOL/VOL) PEG400, 52 MM TRICHLOROETHANOL PH範囲: 8-9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9781 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9781 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→48 Å / Num. obs: 40099 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4I9w 解像度: 3→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 43.04 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 108.712 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→48 Å
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拘束条件 |
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