PDB-4wff: Human TRAAK K+ channel in a K+ bound nonconductive conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wff

タイトル

Human TRAAK K+ channel in a K+ bound nonconductive conformation

要素

(ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT ...) x 2
Potassium channel subfamily K member 4

キーワード

METAL TRANSPORT / Mechanosensitive ion channel / two-pore domain potassium ion channel / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

mechanosensitive potassium channel activity / TWIK related potassium channel (TREK) / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / sensory perception of temperature stimulus / temperature-gated cation channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / potassium channel complex / cellular response to alkaline pH / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Brohawn, S.G. / MacKinnon, R.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Physical mechanism for gating and mechanosensitivity of the human TRAAK K+ channel.
著者: Brohawn, S.G. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.

履歴

登録	2014年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月31日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wff.cif.gz	546.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wff.ent.gz	452.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wff_validation.pdf.gz	488.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wff_full_validation.pdf.gz	514 KB	表示
XML形式データ	4wff_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	4wff_validation.cif.gz	69.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wff	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4wfeC 4wfgC 4wfhC 4i9wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wfe-d 4i9w-d 4wfg-d 4e3c-2 4wfh-d 1ko7-2 5vrv-d 2cge-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (7) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Potassium channel subfamily K member 4

B: Potassium channel subfamily K member 4

D: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

E: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

F: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

G: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

159 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.666, 138.891, 96.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	D
2	2	F
1	3	E
2	3	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	28 - 284	28 - 284
2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	28 - 284	28 - 284
1	2	GLN	GLN	ASN	ASN	D	C	1 - 211	1 - 211
2	2	GLN	GLN	ASN	ASN	F	E	1 - 211	1 - 211
1	3	GLU	GLU	PRO	PRO	E	D	1 - 215	1 - 215
2	3	GLU	GLU	PRO	PRO	G	F	1 - 215	1 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium channel KT4.1 / Two pore K(+) channel KT4.1 分子量: 32569.650 Da / 分子数: 2 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NYG8

#1: タンパク質

Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...

分子量: 32569.650 Da / 分子数: 2 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NYG8

-
抗体 , 2種, 4分子 DFEG

#2: 抗体	ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN 分子量: 23038.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN 分子量: 23474.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 192分子

#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-D10 / DECANE / デカン分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 50 mM TRIS PH 8.8, 200 mM CaCl2, 27-30% (vol/vol) PEG400 PH範囲: 8-9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.1 Å / Num. obs: 68997 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.1 % / Net I/σ(I): 34.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I9W

4i9w

解像度: 2.5→48.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 29.468 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24492	3631	5 %	RANDOM
R_work	0.21311	-	-	-
obs	0.21473	68997	98.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 98.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.39 Å²	0 Å²	3.5 Å²
2-	-	-6.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→48.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10384	0	18	183	10585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	10665
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.002	1.951	14522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.63	3	22950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.936	5	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.203	23.704	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.55	15	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.143	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11889
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.569	4.529	5386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.569	4.528	5385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.698	6.788	6715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.697	6.789	6716
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.514	4.921	5279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.514	4.922	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.016	7.227	7808
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.357	43.642	44522
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.356	43.643	44523
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12727	0.15
1	2	B	12727	0.15
2	1	D	11202	0.1
2	2	F	11202	0.1
3	1	E	11467	0.1
3	2	G	11467	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.536	203	-
R_work	0.551	4553	-
obs	-	-	87.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1854	-0.8124	-3.2178	0.176	0.5702	4.2211	0.2498	0.3846	0.1765	-0.1217	-0.0452	-0.0236	-0.3869	0.2363	-0.2047	0.5937	-0.0465	0.0335	0.5784	0.0361	0.1158	44.264	-5.835	10.095
2	0.1667	-0.0649	0.5234	0.1105	-0.6525	7.5682	0.0026	0.3814	-0.1192	-0.2596	-0.0702	0.1214	0.9981	0.2642	0.0676	1.2789	0.0497	0.0567	1.1333	-0.1427	0.6529	49.951	-20.415	-20.775
3	7.8961	-0.7616	-1.6858	8.2754	-0.4617	3.9953	-0.4676	0.6975	-1.0391	-0.581	0.1411	-0.0202	0.6657	-0.4354	0.3265	0.8223	0.0812	-0.0722	0.9257	-0.122	0.1782	45.668	-16.753	-6.594
4	3.6422	-0.5478	-2.8656	0.5672	-0.1926	4.4749	0.2279	0.4681	0.1306	-0.2305	-0.1263	-0.198	-0.3917	0.2788	-0.1016	0.5774	-0.0249	0.0543	0.6528	-0.0066	0.159	47.875	-10.155	7.327
5	5.2837	-0.3927	0.2328	3.7572	-0.9939	0.2762	-0.3821	0.0538	0.2347	0.0141	0.4314	0.0118	0.0168	-0.1752	-0.0493	0.8604	0.0235	0.0048	0.9444	-0.0567	0.7747	92.149	-4.559	-4.801
6	5.542	1.6554	0.7995	1.6433	-0.6016	7.7276	0.2858	0.2164	0.8391	0.0015	-0.0466	-0.7626	-0.5874	0.7594	-0.2392	0.8941	-0.0648	0.2261	0.888	0.0763	1.1965	64.37	-2.727	5.524
7	4.575	-1.6509	0.0933	5.4796	-0.0977	5.4143	-0.1712	0.2636	0.567	-0.7595	-0.2459	0.2298	-0.7979	-0.2323	0.417	0.5515	0.0245	-0.2101	0.341	-0.0011	0.1507	14.178	16.476	27.064
8	3.5986	1.491	3.7852	3.9093	3.2339	6.4129	0.1254	0.4359	0.2907	-0.8054	-0.1908	0.0204	-0.3189	0.3357	0.0654	0.6264	0.1008	-0.1137	0.4297	0.0245	0.2992	12.927	46.387	46.137
9	3.3542	0.4256	2.6386	4.614	3.0868	6.1916	0.147	0.4807	0.3855	-0.4665	-0.182	0.1984	-0.4495	0.3999	0.035	0.6376	0.0391	-0.0742	0.4791	-0.0152	0.3145	13.411	47.46	46.114
10	3.9722	-0.5332	-0.1296	6.5826	3.3939	5.2459	-0.2109	-0.1768	0.3358	0.2058	0.0554	0.2425	-0.0066	0.3189	0.1555	0.1887	0.0219	-0.0454	0.3275	-0.0067	0.0487	24.936	6.527	45.274
11	1.2012	-1.5717	-1.3364	6.6112	2.9211	1.8082	0.0868	-0.2017	0.132	-0.2064	-0.0579	0.1603	-0.1959	0.1618	-0.0289	0.3358	0.0104	-0.1273	0.3973	-0.0421	0.0906	19.325	22.137	49.269
12	7.9259	-4.6451	-0.2532	4.7483	0.8198	1.8105	0.0002	-0.1787	0.0354	0.1592	0.0418	0.4895	-0.1269	-0.0426	-0.042	0.3828	-0.0476	-0.0119	0.387	-0.0731	0.4669	7.32	37.127	58.26
13	4.1251	-0.3933	0.3549	5.1859	-1.5935	2.4038	-0.0344	-0.2577	-0.3058	0.2316	0.0327	-0.0694	0.0579	0.207	0.0017	0.1792	0.0667	-0.0515	0.3582	0.0326	0.0723	29.728	-34.984	42.241
14	8.7649	3.9339	3.7259	5.3779	1.4561	3.6439	0.1516	0.7569	-0.7453	-0.4493	0.1386	-0.0797	0.5275	0.1602	-0.2902	0.5432	0.0916	-0.0575	0.4148	0.1458	0.7641	8.795	-63.207	43.936
15	2.3315	2.678	0.9083	3.2625	0.7658	2.4639	0.192	0.1643	-0.549	0.0633	0.1672	-0.2443	0.6696	0.0475	-0.3592	0.7827	0.0526	-0.0983	0.5351	0.0064	1.1123	11.876	-72.056	46.651
16	5.4125	2.1368	-0.6776	5.5298	-0.9346	3.0466	-0.0261	0.1704	-0.1106	-0.0607	0.0724	0.5926	0.0441	-0.0821	-0.0463	0.2073	0.0345	-0.0717	0.3498	0.0197	0.1135	11.773	-25.24	31.134
17	2.722	2.2744	-0.9705	3.4674	-0.838	1.1299	-0.0806	-0.1379	-0.661	-0.0061	0.019	0.14	0.231	-0.1537	0.0616	0.2416	0.0458	-0.0527	0.4405	0.0783	0.5199	5.005	-45.085	42.035
18	3.5716	-1.1242	1.5937	5.8076	-5.3601	7.5752	-0.3303	-0.3137	-0.1354	0.1354	0.14	0.214	0.3373	-0.4038	0.1903	0.3392	-0.0172	-0.0404	0.5033	0.0074	0.6431	-3.539	-55.617	50.52

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	149 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	220 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	28 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	176 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	198 - 284
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	106 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	158 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	81 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	138 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	F	1 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	106 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	189 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	1 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	17	G	81 - 172
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	173 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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