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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wfe | ||||||
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タイトル | Human TRAAK K+ channel in a K+ bound conductive conformation | ||||||
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![]() | METAL TRANSPORT / Mechanosensitive ion channel / two-pore domain potassium ion channel / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() mechanosensitive potassium channel activity / TWIK related potassium channel (TREK) / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / sensory perception of temperature stimulus / temperature-gated cation channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / potassium channel complex / cellular response to alkaline pH / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity ...mechanosensitive potassium channel activity / TWIK related potassium channel (TREK) / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / sensory perception of temperature stimulus / temperature-gated cation channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / potassium channel complex / cellular response to alkaline pH / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / cellular response to temperature stimulus / outward rectifier potassium channel activity / cellular response to fatty acid / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / potassium ion transport / memory / cellular response to mechanical stimulus / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brohawn, S.G. / MacKinnon, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Physical mechanism for gating and mechanosensitivity of the human TRAAK K+ channel. 著者: Brohawn, S.G. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 545.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 451.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 501.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32569.650 Da / 分子数: 2 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 4分子 DFEG
#2: 抗体 | 分子量: 23038.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23474.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 200分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 50 mM Tris pH 8.8, 200 mM CaCl2, 27-30% (vol/vol) PEG400, 4% (vol/vol) polypropylene glycol PH範囲: 8-9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→48.2 Å / Num. obs: 69456 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4I9W 解像度: 2.5→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 24.206 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.526 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→48.2 Å
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拘束条件 |
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