PDB-4we7: Structure and receptor binding preferences of recombinant human A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4we7

タイトル

Structure and receptor binding preferences of recombinant human A(H3N2) virus hemagglutinins

要素

Hemagglutinin HA1 chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / HA1 / H3N2 / influenza virus

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Structure and receptor binding preferences of recombinant human A(H3N2) virus hemagglutinins.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.

履歴

登録	2014年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4we7.cif.gz	429.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4we7.ent.gz	357.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4we7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4we7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4we7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4we4C 4we5C 4we6C 4we8C 4we9C 4weaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4we6-1 4we6-2 2xtq-8 4qqk-d 3ev6-d 3ajb-d 2vzk-2 6g15-1 4px7-d 3c9m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA1 chain

C: Hemagglutinin HA1 chain

D: Hemagglutinin HA1 chain

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Hemagglutinin HA1 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hemagglutinin HA1 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Hemagglutinin HA1 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Hemagglutinin HA1 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.298, 214.898, 101.807
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1 chain

分子量: 31576.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Alberta/026/2012(H3N2) / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: U3N7S5

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M MES, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 67875 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 8.7

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.5→42.98 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2511	3431	5.05 %
R_work	0.2184	-	-
obs	0.2202	67875	97.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8512	0	196	119	8827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.264	12142
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.759	3324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1574

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5343	0.4125	114	0.3554	1901	X-RAY DIFFRACTION	72
2.5343-2.5705	0.4109	128	0.3142	2523	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5705-2.6088	0.3677	135	0.3103	2528	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6088-2.6496	0.3064	133	0.3005	2490	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6496-2.693	0.3296	125	0.3026	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
2.693-2.7394	0.3337	117	0.291	2579	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7394-2.7893	0.3658	131	0.2904	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7893-2.8429	0.3796	129	0.2967	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8429-2.9009	0.3604	156	0.2949	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9009-2.964	0.3583	139	0.2796	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.0329	0.334	152	0.275	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0329-3.1087	0.3239	143	0.26	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1087-3.1928	0.3199	141	0.2697	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1928-3.2867	0.2832	123	0.2578	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2867-3.3927	0.3497	123	0.2688	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3927-3.5139	0.3269	129	0.2653	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5139-3.6545	0.2956	155	0.239	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6545-3.8208	0.2686	133	0.2296	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8208-4.0221	0.2544	156	0.2061	2613	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0221-4.2738	0.2004	167	0.1889	2564	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2738-4.6035	0.2046	133	0.1679	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6035-5.0661	0.1793	141	0.163	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0661-5.7977	0.2056	133	0.1729	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7977-7.2986	0.2175	148	0.1994	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2986-42.9862	0.1964	147	0.1944	2608	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0004	-0.0006	0.0002	0.0031	0.0018	0.004	0.0034	-0.0206	-0.0118	0.045	0.0163	0.0524	-0.0046	-0.0146	0.0001	0.8063	-0.4649	0.0418	0.699	0.0267	0.5561	-12.4582	94.3886	92.8691
2	0.0017	0.0021	0.0078	0.0413	-0.0022	0.0232	0.018	-0.0429	-0.005	0.0495	-0.0379	0.0015	0.0229	-0.0117	-0.0543	0.6116	-0.4817	-0.0314	0.4593	0.0255	0.2892	1.401	107.9879	77.3915
3	0.0099	0.0069	0.0156	0.0223	0.0079	0.0404	0.0816	-0.083	-0.0766	0.0912	-0.082	-0.0093	0.1686	-0.0831	-0.0889	0.277	-0.4604	-0.0617	0.003	0.0287	0.1259	11.1742	108.0293	62.1391
4	0.0011	-0.0014	-0.002	0.0006	0.0019	0.0021	0.009	-0.0017	0.0182	0.008	0.0157	0.0215	-0.0215	-0.0165	0	0.5247	-0.094	0.0835	0.5686	0.0219	0.5272	-0.9101	122.2768	61.6565
5	0.003	0.0067	0.0038	0.0152	0.0088	0.0075	0.0133	0.0157	-0.0579	-0.0455	0.0167	-0.0208	0.0291	-0.006	-0.0035	0.4552	-0.1474	0.0797	0.1507	-0.0545	0.3276	7.3748	100.1244	59.6931
6	0.0149	-0.0098	-0.0446	0.013	0.0259	0.0997	0.024	-0.116	-0.0754	0.1361	-0.124	0.0856	0.1038	-0.1279	-0.0888	0.6236	-0.4548	0.0775	0.386	0.0048	0.3415	-4.9231	97.1864	81.6265
7	0.0074	0.0038	0.0037	0.0019	0.0017	0.0019	0.0217	-0.0038	0.0155	0.0113	0.0131	-0.0292	-0.0096	0.0006	-0.0004	0.6379	-0.3509	0.0218	0.5647	-0.0299	0.563	-16.4726	90.1562	83.902
8	0.0313	0.0351	0.0281	0.0768	0.0982	0.156	-0.0106	0.0239	0.0851	-0.0343	0.0701	-0.0324	-0.1041	0.0492	0.0094	0.0657	0.0061	0.0141	0.1624	0.014	0.1251	30.8226	149.1915	13.3762
9	0.0161	-0.0151	0.004	0.0151	-0.0062	0.0248	0.002	0.0066	0.0061	0.0103	0.0209	-0.0307	-0.0045	0.0213	0.0328	0.095	0.0743	-0.0053	0.2844	0.0245	0.2633	26.7132	139.1976	21.6235
10	0.0288	-0.0307	0.0439	0.0676	-0.0505	0.1158	0.0397	0.1221	0.0134	-0.0348	0.0316	0.1126	0.0166	-0.1582	0.1051	0.0108	0.0534	-0.0495	0.1852	-0.0152	0.1485	13.7216	133.8415	33.0909
11	0.0183	0.0269	-0.0194	0.0448	-0.0323	0.022	-0.0107	-0.025	-0.0046	0.0032	-0.0566	-0.0365	-0.0065	0.0558	-0.042	0.3131	-0.1057	-0.0745	0.2441	-0.0546	0.3259	21.9663	125.3156	32.3554
12	0.0072	0.0052	0	0.0045	0.0016	0.0112	-0.0179	0.0228	-0.0229	-0.0086	0.0034	0.0344	0.0387	-0.0455	-0.0056	0.1019	-0.0423	-0.0483	0.1887	-0.0359	0.1311	15.6571	127.905	21.6511
13	0.0058	0.0018	-0.0046	0.0022	-0.0019	0.0072	0.0057	0.0418	0.0001	-0.0096	0.0045	0.0006	0.002	-0.0136	0.0086	0.0499	-0.0049	-0.0164	0.1717	0.0087	0.0569	18.6873	137.1664	18.7813
14	0.0207	0.0175	0.0036	0.0217	0.0054	0.02	0.0252	0.0211	0.0237	-0.0153	0.017	-0.0002	-0.0173	0.0197	0.0293	0.0978	-0.0801	0.0338	0.2262	-0.0022	0.0603	39.6355	151.1338	3.2299
15	0.0019	-0.0018	-0.0006	0.0009	0	0.003	-0.0049	0.0167	-0.0112	0.0042	-0.0038	-0.006	0.0013	0.0051	-0.0001	0.3547	0.0135	0.0146	0.3795	0.0088	0.2005	39.718	142.2899	0.8995
16	0.0001	-0.0001	-0.0002	-0.0004	0.0012	0.0017	0.017	0.0283	0.0186	-0.0462	0.0313	0.086	0.0092	-0.0265	0.0004	0.8972	0.4613	-0.0339	0.8312	-0.0409	0.6088	-12.5538	181.4878	6.1348
17	0.0001	-0.0052	0.0019	0.0014	-0.003	0.0071	0.0172	0.0433	-0.0167	-0.0409	-0.0271	0.0188	-0.0136	-0.0181	0.0013	0.5685	0.4889	0.0062	0.4058	-0.0033	0.2705	1.3088	167.9023	21.5319
18	0.0132	-0.0159	-0.0005	0.0198	-0.0159	0.0188	0.0935	0.0871	0.0234	-0.0859	-0.0588	-0.0181	-0.0761	-0.0233	0.076	0.3373	0.3745	0.0409	0.0822	0.0334	0.2143	11.7863	166.9846	34.8647
19	-0.0004	-0.0011	0.0011	0.0068	0.0002	-0.0003	0.0065	-0.0372	0.04	0.0216	-0.0209	-0.0004	-0.0142	-0.0083	-0	0.4287	0.1701	0.0611	0.2317	-0.0039	0.2993	7.131	172.7592	47.1275
20	0.0162	-0.0031	-0.0109	0.0048	0.0017	0.0131	0.0654	0.0019	-0.0009	0.0321	0.0382	0.0112	0.002	-0.0502	0.0013	0.6347	0.1904	-0.1119	0.3412	-0.0415	0.4995	3.9662	166.2972	38.5694
21	0.0169	0.0129	0.0476	0.0151	0.0212	0.0998	0.0345	0.1164	0.0306	-0.1408	-0.1219	0.1015	-0.0845	-0.1131	-0.0857	0.5888	0.459	-0.0129	0.3913	0.0144	0.3083	-5.0014	178.744	17.4116
22	0.0001	0	-0.0005	0.0002	-0.0004	0.001	0.0123	0	-0.0139	-0.0122	-0.0013	-0.0031	0.0227	-0.0118	-0	0.5678	0.3132	-0.0101	0.5495	-0.0172	0.4733	-16.8018	185.5759	15.0985
23	0.0032	-0.0154	-0.0188	0.1105	0.1372	0.1687	0.0295	-0.0324	-0.108	0.064	0.0689	-0.053	0.1472	0.0329	0.0033	0.1534	-0.0496	-0.0355	0.273	0.0319	0.2025	31.0108	126.5787	85.5805
24	0.0387	0.0338	0.0114	0.0286	0.0063	0.0415	0.0175	0.0032	-0.0311	0.0011	0.0073	-0.0668	0.0122	0.0611	0.0427	0.0563	-0.08	0.0016	0.2457	0.0157	0.2052	26.8383	136.5683	77.3462
25	0.0788	0.0233	0.0775	0.0665	-0.0353	0.1426	0.0265	-0.0906	-0.0016	0.0091	0.0076	0.0454	-0.0058	-0.1309	0.1199	-0.0025	-0.0219	0.0034	0.1194	-0.0234	0.1112	13.8376	141.9189	65.889
26	0.0054	-0.0075	-0.0034	0.0074	0.004	0.0021	0.0081	0.0019	0.0056	-0.0132	-0.0018	-0.0138	-0.0225	-0.0055	0.0002	0.2465	0.0333	0.0575	0.1725	-0.0597	0.2041	15.361	154.7005	72.5895
27	0.0024	-0.0024	-0.0009	0.0021	-0.0004	0.001	0.0013	0.0109	0.0013	-0.0155	-0.0012	-0.025	0.0079	0.0218	0	0.3206	0.1014	0.026	0.3652	0.0677	0.3986	30.7867	144.5979	59.0921
28	0.0115	-0.0129	-0.0244	0.0142	0.0252	0.0561	-0.0225	-0.0537	0.0111	0.0193	-0.0241	0.0336	-0.0313	-0.0348	-0.0211	0.1397	0.051	0.0341	0.264	-0.02	0.147	15.8672	147.8736	77.3398
29	0.0441	-0.0346	-0.0225	0.1192	0.0324	0.0172	-0.0232	-0.0945	0.0133	0.0587	0.0554	-0.0652	0.0361	0.0516	0.0424	0.0242	0.0274	-0.0118	0.2318	0.0214	0.0916	30.7678	130.8786	88.766
30	0.0001	-0	0.0005	-0.0002	-0.0001	0.0006	0.0043	-0.0113	-0.0003	-0.0006	0.0155	-0.0003	-0.0105	0.0042	0	0.1349	-0.0156	-0.0108	0.2837	0.0616	0.1402	40.128	133.3744	98.0961

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 174 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 175 through 188 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 189 through 207 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 208 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 270 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -1 through 49 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 50 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 83 through 155 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 156 through 188 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 189 through 207 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 208 through 229 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 230 through 258 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 259 through 270 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid -1 through 20 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 21 through 64 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 65 through 155 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 156 through 174 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 175 through 207 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 208 through 258 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 259 through 270 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid -1 through 49 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 50 through 82 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 83 through 155 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 156 through 174 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 175 through 188 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 189 through 207 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 208 through 258 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 259 through 270 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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