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Yorodumi- PDB-4we7: Structure and receptor binding preferences of recombinant human A... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4we7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure and receptor binding preferences of recombinant human A(H3N2) virus hemagglutinins | ||||||
Components | Hemagglutinin HA1 chain | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / HA1 / H3N2 / influenza virus | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationclathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Villanueva, J.M. / Stevens, J. | ||||||
Citation | Journal: Virology / Year: 2015Title: Structure and receptor binding preferences of recombinant human A(H3N2) virus hemagglutinins. Authors: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Villanueva, J.M. / Stevens, J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4we7.cif.gz | 429.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4we7.ent.gz | 357.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4we7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4we7_validation.pdf.gz | 493.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4we7_full_validation.pdf.gz | 522 KB | Display | |
| Data in XML | 4we7_validation.xml.gz | 43.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 4we7_validation.cif.gz | 58.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4we7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4we7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4we4C ![]() 4we5C ![]() 4we6C ![]() 4we8C ![]() 4we9C ![]() 4weaC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 31576.496 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/Alberta/026/2012(H3N2) / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: U3N7S5#2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.07 Å3/Da / Density % sol: 69.75 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 6 / Details: 0.2M Calcium acetate, 0.1M MES, 20% PEG 8000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 14, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 67875 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 3.4 % / Net I/σ(I): 8.7 |
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Processing
| Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8_1069) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Refinement | Resolution: 2.5→42.98 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 31.86 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→42.98 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Influenza A virus
X-RAY DIFFRACTION
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PDBj










Trichoplusia ni (cabbage looper)

