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- PDB-4we6: The crystal structure of hemagglutinin HA1 domain from influenza ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4we6
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin HA1 domain from influenza virus A/Perth/142/2007(H3N2)
要素Hemagglutinin HA1 chain
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / HA1 / H3N2 / influenza virus
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Structure and receptor binding preferences of recombinant human A(H3N2) virus hemagglutinins.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
履歴
登録2014年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,61710
ポリマ－62,3642
非ポリマー1,2538
水10,449580
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8095
ポリマ－31,1821
非ポリマー6274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemagglutinin HA1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8095
ポリマ－31,1821
非ポリマー6274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.472, 50.567, 182.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 31182.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Perth/142/2007(H3N2) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G8HJ45, UniProt: B2VNP1*PLUS
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M MgCl2, 0.1 Tris-HCl, pH8.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 56707 / Num. obs: 56707 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 12.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.904→44.216 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 3023 5.06 %
Rwork0.1695 --
obs0.1711 56707 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.904→44.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 80 580 4954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.024486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6836074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.811656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.135662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9041-1.93380.30581290.26352482X-RAY DIFFRACTION93
1.9338-1.96560.27961410.22632513X-RAY DIFFRACTION99
1.9656-1.99940.22891440.20952624X-RAY DIFFRACTION99
1.9994-2.03580.23961400.18832604X-RAY DIFFRACTION99
2.0358-2.0750.23741410.17962581X-RAY DIFFRACTION100
2.075-2.11730.21861420.18252669X-RAY DIFFRACTION100
2.1173-2.16330.20231360.1742526X-RAY DIFFRACTION99
2.1633-2.21370.18691400.16042646X-RAY DIFFRACTION100
2.2137-2.2690.21371400.16762605X-RAY DIFFRACTION100
2.269-2.33040.1931200.16062645X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.39890.18641400.16682639X-RAY DIFFRACTION100
2.3989-2.47640.21281420.17342590X-RAY DIFFRACTION100
2.4764-2.56490.20151450.16642621X-RAY DIFFRACTION100
2.5649-2.66750.19141470.15742652X-RAY DIFFRACTION99
2.6675-2.78890.20951230.15772569X-RAY DIFFRACTION99
2.7889-2.93590.20621390.16182575X-RAY DIFFRACTION99
2.9359-3.11980.19611340.1642620X-RAY DIFFRACTION98
3.1198-3.36070.20871330.15892571X-RAY DIFFRACTION97
3.3607-3.69870.16481350.15232514X-RAY DIFFRACTION95
3.6987-4.23350.17111480.14892533X-RAY DIFFRACTION95
4.2335-5.33240.18671360.15422385X-RAY DIFFRACTION90
5.3324-44.22770.21691280.20622532X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5957-0.54350.6471.2202-1.22622.44730.0097-0.01770.07560.0277-0.03750.0140.21920.0538-0.0255-0.0205-0.01990.01360.05580.00970.069517.0786-16.785359.6331
21.0016-0.91420.56860.7153-0.1132.2178-0.048-0.16310.07140.35010.00920.0214-0.2403-0.3501-0.01180.1272-0.017-0.0270.0962-0.02970.049617.6122-12.535175.2773
30.3434-0.73530.08441.0686-0.66020.6120.1367-0.05110.0379-0.1765-0.0650.12870.0185-0.19940.00850.0169-0.02240.00720.05880.04640.0977.4286-9.305246.3813
40.69350.6281-0.69251.5865-1.21832.59070.04320.0082-0.0425-0.0456-0.05950.0275-0.36780.0665-0.0166-0.11590.0394-0.01040.02470.01130.0643-4.1285-31.347931.4802
50.69520.7484-0.5750.67250.00722.2417-0.03720.1376-0.0703-0.3663-0.009-0.00290.1963-0.3252-0.03420.0970.00960.01110.1085-0.010.0673-3.5471-35.587215.8347
60.21940.5654-0.05960.9222-0.56680.80060.14040.0315-0.03370.1688-0.05620.1439-0.057-0.17950.00040.04690.01640.00140.07760.04650.1122-13.7939-38.843244.7235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 135 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 136 through 207 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 270 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -2 through 135 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 136 through 207 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 208 through 270 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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