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- PDB-4wch: Structure of Isolated D Chain of Gigant Hemoglobin from Glossosco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wch
タイトルStructure of Isolated D Chain of Gigant Hemoglobin from Glossoscolex paulistus
要素Isolated Chain D of Gigant Hemoglobin from Glossoscolex Paulistus
キーワードOXYGEN STORAGE / Globin / D chain.
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Globin, extracellular / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Extracellular globin
類似検索 - 構成要素
生物種Glossoscolex paulistus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bachega, J.F.R. / Maluf, F.V. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Tabak, M. / Garratt, R.C. / Horjales, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The structure of the giant haemoglobin from Glossoscolex paulistus.
著者: Ruggiero Bachega, J.F. / Vasconcelos Maluf, F. / Andi, B. / D'Muniz Pereira, H. / Falsarella Carazzollea, M. / Orville, A.M. / Tabak, M. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Horjales Reboredo, E.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_nat ...diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Isolated Chain D of Gigant Hemoglobin from Glossoscolex Paulistus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7163
ポリマ－16,0671
非ポリマー6482
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Isolated Chain D of Gigant Hemoglobin from Glossoscolex Paulistus
ヘテロ分子

D: Isolated Chain D of Gigant Hemoglobin from Glossoscolex Paulistus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4316
ポリマ－32,1342
非ポリマー1,2974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_557-x,y,-z+21
Buried area4330 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.110, 63.150, 78.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-16-

ARG

21D-306-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isolated Chain D of Gigant Hemoglobin from Glossoscolex Paulistus


分子量: 16067.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glossoscolex paulistus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0M3KKZ2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→43.97 Å / Num. obs: 8521 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 36867 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.05-2.114.30.9772.528366570.6460.52499.3
8.94-43.973.80.018724951290.9990.0199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS0.3.8データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
GDAデータ収集
精密化解像度: 2.05→43.968 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 823 9.67 %
Rwork0.2068 7688 -
obs0.2096 8511 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.95 Å2 / Biso mean: 31.2173 Å2 / Biso min: 10.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→43.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1137 0 75 54 1266
Biso mean--25.26 32.65 -
残基数----140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9671661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.829423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.17850.32041330.30861259X-RAY DIFFRACTION99
2.1785-2.34670.33761250.25091262X-RAY DIFFRACTION99
2.3467-2.58280.26211420.21671278X-RAY DIFFRACTION100
2.5828-2.95640.25991480.22531260X-RAY DIFFRACTION99
2.9564-3.72450.22351510.20181265X-RAY DIFFRACTION99
3.7245-43.97830.17861240.16861364X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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