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- PDB-4wad: Crystal Structure of TarM with UDP-GlcNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wad
タイトルCrystal Structure of TarM with UDP-GlcNAc
要素Glycosyl transferase, group 1 family protein
キーワードTRANSFERASE / GT-B fold / GT-4 / retaining glycosyltransferase / DUF1975 / Rossmann fold / WTA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(glycerol-phosphate) alpha-glucosyltransferase / poly(glycerol-phosphate) alpha-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの / dextransucrase activity / dextransucrase
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / Glycosyl transferase family 1 / Glycosyl transferase, group 1 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Koc, C. / Stehle, T. / Xia, G. / Peschel, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Enzymatic Analysis of TarM Glycosyltransferase from Staphylococcus aureus Reveals an Oligomeric Protein Specific for the Glycosylation of Wall Teichoic Acid.
著者: Koc, C. / Gerlach, D. / Beck, S. / Peschel, A. / Xia, G. / Stehle, T.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / software / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7406
ポリマ－57,9371
非ポリマー8025
水81145
1
A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子

A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子

A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,21918
ポリマ－173,8123
非ポリマー2,40715
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area67690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.024, 124.024, 217.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-621-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl transferase, group 1 family protein / TarM


分子量: 57937.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pBAD-TOPO-102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: Q2FI41, UniProt: A0A0D6HUA0*PLUS, dextransucrase, poly(glycerol-phosphate) alpha-glucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Magnesium-chloride, PEG-8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 24904 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 57.67 Å2 / Rmerge F obs: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Rrim(I) all: 0.243 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 11.69 / Num. measured all: 326267
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.8-2.870.4792.2631.2724252182218222.355100
2.87-2.950.5331.6661.7724688180318021.73399.9
2.95-3.040.671.3792.123415172317231.435100
3.04-3.130.7281.0852.6622582167416731.12999.9
3.13-3.230.860.783.6521789162916280.81299.9
3.23-3.350.9260.5665.0421159159815970.58999.9
3.35-3.470.9450.4436.2619705152515240.46299.9
3.47-3.610.9690.3048.4618407147614750.31799.9
3.61-3.780.9740.24610.1316572142514220.25899.8
3.78-3.960.9880.22111.5916680136113380.2398.3
3.96-4.170.9950.1715.2517398131113080.17799.8
4.17-4.430.9950.12819.916773123512300.13399.6
4.43-4.730.9970.10223.815493116711620.10599.6
4.73-5.110.9970.10922.0214356109510900.11499.5
5.11-5.60.9960.12719.8113092101710110.13299.4
5.6-6.260.9960.12519.75116639369300.1399.4
6.26-7.230.9960.11320.490648238170.11899.3
7.23-8.850.9990.06631.8384627217040.06997.6
8.85-12.5210.04445.3372105815700.04598.1
12.5210.03745.2435073623400.03993.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.45
最高解像度最低解像度
Rotation48.13 Å3.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WAC

4wac


解像度: 2.8→48.132 Å / FOM work R set: 0.7521 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2939 1246 5 %
Rwork0.2518 23652 -
obs0.2539 24898 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.3 Å2 / Biso mean: 70.58 Å2 / Biso min: 24.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4074 0 49 45 4168
Biso mean--84.51 46.47 -
残基数----498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7995642
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1951605
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8003-2.91240.37831340.2992537267198
2.9124-3.04490.35571360.29225832719100
3.0449-3.20540.33361360.273225922728100
3.2054-3.40620.2891360.251325802716100
3.4062-3.66910.26361380.233326192757100
3.6691-4.03820.25671370.23392596273399
4.0382-4.62210.23651390.222726452784100
4.6221-5.82180.2851410.257926712812100
5.8218-48.13920.35241490.26552829297898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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