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- PDB-4wac: Crystal Structure of TarM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wac
タイトルCrystal Structure of TarM
要素Glycosyl transferase, group 1 family protein
キーワードTRANSFERASE / GT-4 / WTA-specific alpha-O-N-acetylglycosyltransferase / Rossmann fold / DUF1975
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(glycerol-phosphate) alpha-glucosyltransferase / poly(glycerol-phosphate) alpha-glucosyltransferase activity / dextransucrase activity / dextransucrase
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycosyl transferase family 1 / Glycosyl transferase, group 1 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Koc, C. / Stehle, T. / Xia, G. / Peschel, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Enzymatic Analysis of TarM Glycosyltransferase from Staphylococcus aureus Reveals an Oligomeric Protein Specific for the Glycosylation of Wall Teichoic Acid.
著者: Koc, C. / Gerlach, D. / Beck, S. / Peschel, A. / Xia, G. / Stehle, T.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Derived calculations
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / software / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3557
ポリマ－57,9371
非ポリマー4176
水1,56787
1
A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子

A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子

A: Glycosyl transferase, group 1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,06421
ポリマ－173,8123
非ポリマー1,25218
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area67480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.749, 124.749, 223.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-686-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycosyl transferase, group 1 family protein / TarM


分子量: 57937.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pBAD-TOPO-102a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: Q2FI41, UniProt: A0A0D6HUA0*PLUS, dextransucrase, poly(glycerol-phosphate) alpha-glucosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: imidazole, magnesium acetate, PEG 1000 / PH範囲: 7.7 - 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
Reflection数: 1276117 / Rmerge(I) obs: 0.297 / Χ2: 0.95 / D res high: 3.29 Å / D res low: 3.38 Å / Num. obs: 29958 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
14.714833410.042
10.414.7161110.045
8.4910.480710.056
7.368.4993610.097
6.587.36106310.149
6.016.58118710.202
5.566.01129010.226
5.25.56136810.22
4.95.2148010.204
4.654.9154210.19
4.444.65162610.191
4.254.44173110.266
4.084.25177410.348
3.934.08183510.513
3.83.93190810.63
3.683.8196210.801
3.573.68206010.905
3.473.57211811.144
3.383.47216811.603
3.293.38215812.191
反射解像度: 2.4→49 Å / Num. obs: 40713 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 47.58 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 14.79 / Num. measured all: 398620
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.460.5621.5811.6927790295429091.67298.5
2.46-2.530.6861.2782.1127499286928651.35199.9
2.53-2.60.7761.0392.5426211281728121.09999.8
2.6-2.680.8360.8413.2125961270927080.889100
2.68-2.770.8960.6943.9527581267426740.73100
2.77-2.870.9510.5365.0126593254825470.564100
2.87-2.980.9670.4066.4125646247724770.427100
2.98-3.10.980.3068.2424562239623960.322100
3.1-3.240.9880.21611.0823330230022990.228100
3.24-3.390.9940.15414.5821843220022000.162100
3.39-3.580.9960.1071920007210321030.114100
3.58-3.790.9970.08323.3418193200820020.08899.7
3.79-4.060.9980.07226.8817861187618760.076100
4.06-4.380.9990.05533.5118169175917590.058100
4.38-4.80.9990.04737.0916684165316530.049100
4.8-5.370.9990.05134.7514621147814780.054100
5.37-6.20.9990.05532.6712858134613460.058100
6.2-7.590.9980.0534.129661113811320.05399.5
7.59-10.7310.03244.7487159249240.034100
10.730.9980.03247.5348355705530.03497

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing MADD res high: 2.9 Å / D res low: 48 Å / FOM acentric: 0.141 / FOM centric: 0.176 / Reflection acentric: 19772 / Reflection centric: 3953
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.94800197703953
ISO_22.9480.6390.605133723051
ANO_12.9480000
ANO_22.9480.2070133720
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_112.54-4800172186
ISO_19.02-12.5400360195
ISO_17.41-9.0200482204
ISO_16.44-7.4100586195
ISO_15.77-6.4400682198
ISO_15.27-5.7700756198
ISO_14.89-5.2700836197
ISO_14.57-4.8900904202
ISO_14.31-4.5700955195
ISO_14.09-4.31001029202
ISO_13.9-4.09001068186
ISO_13.74-3.9001150205
ISO_13.59-3.74001189203
ISO_13.46-3.59001229196
ISO_13.35-3.46001297200
ISO_13.24-3.35001337205
ISO_13.14-3.24001360188
ISO_13.06-3.14001429203
ISO_12.98-3.06001459190
ISO_12.9-2.98001490205
ANO_112.54-480000
ANO_19.02-12.540000
ANO_17.41-9.020000
ANO_16.44-7.410000
ANO_15.77-6.440000
ANO_15.27-5.770000
ANO_14.89-5.270000
ANO_14.57-4.890000
ANO_14.31-4.570000
ANO_14.09-4.310000
ANO_13.9-4.090000
ANO_13.74-3.90000
ANO_13.59-3.740000
ANO_13.46-3.590000
ANO_13.35-3.460000
ANO_13.24-3.350000
ANO_13.14-3.240000
ANO_13.06-3.140000
ANO_12.98-3.060000
ANO_12.9-2.980000
ISO_212.54-481.6031.106172186
ISO_29.02-12.541.5620.912360195
ISO_27.41-9.021.3940.929482204
ISO_26.44-7.411.3370.892586194
ISO_25.77-6.441.0060.692682198
ISO_25.27-5.770.8390.561756198
ISO_24.89-5.270.6350.392836197
ISO_24.57-4.890.4580.357904202
ISO_24.31-4.570.3880.285955195
ISO_24.09-4.310.320.2541029202
ISO_23.9-4.090.2920.2761068186
ISO_23.74-3.90.2540.211150205
ISO_23.59-3.740.2250.191189203
ISO_23.46-3.590.2020.1741229196
ISO_23.35-3.460.190.141297200
ISO_23.24-3.350.1480.11267790
ISO_23.14-3.240000
ISO_23.06-3.140000
ISO_22.98-3.060000
ISO_22.9-2.980000
ANO_212.54-481.73701720
ANO_29.02-12.541.63903600
ANO_27.41-9.021.32804820
ANO_26.44-7.410.92905860
ANO_25.77-6.440.61306820
ANO_25.27-5.770.46607560
ANO_24.89-5.270.40908360
ANO_24.57-4.890.32809040
ANO_24.31-4.570.23509550
ANO_24.09-4.310.168010290
ANO_23.9-4.090.12010700
ANO_23.74-3.90.085011500
ANO_23.59-3.740.062011890
ANO_23.46-3.590.047012290
ANO_23.35-3.460.042012970
ANO_23.24-3.350.03106750
ANO_23.14-3.240000
ANO_23.06-3.140000
ANO_22.98-3.060000
ANO_22.9-2.980000
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
12.54-480.8090.548172186
9.02-12.540.7250.435360195
7.41-9.020.6080.37482204
6.44-7.410.5270.38586195
5.77-6.440.4060.342682198
5.27-5.770.3580.256756198
4.89-5.270.2850.22836197
4.57-4.890.2260.176904202
4.31-4.570.180.2955195
4.09-4.310.1420.1561029202
3.9-4.090.1090.1461070186
3.74-3.90.0920.1061150205
3.59-3.740.0740.0711189203
3.46-3.590.0590.061229196
3.35-3.460.0480.0591297200
3.24-3.350.0190.0251337205
3.14-3.24001360188
3.06-3.14001429203
2.98-3.06001459190
2.9-2.98001490205

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.624 Å / FOM work R set: 0.8033 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 2036 5 %
Rwork0.2154 38672 -
obs0.2173 40708 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 226.42 Å2 / Biso mean: 67.56 Å2 / Biso min: 23.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4074 0 28 87 4189
Biso mean--63.97 47.57 -
残基数----498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3265606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0431591
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4003-2.45610.34581270.30772413254096
2.4561-2.51750.3491330.284925262659100
2.5175-2.58560.30571330.261325242657100
2.5856-2.66170.3151340.249925442678100
2.6617-2.74760.26611340.236525472681100
2.7476-2.84580.29771340.232625432677100
2.8458-2.95970.30221330.229725462679100
2.9597-3.09440.28471350.220625512686100
3.0944-3.25750.24481350.202225592694100
3.2575-3.46150.25021360.200225972733100
3.4615-3.72870.22811360.190325782714100
3.7287-4.10370.25211360.18525952731100
4.1037-4.69710.20031390.175726362775100
4.6971-5.91630.24091410.218226732814100
5.9163-48.63390.24381500.248428402990100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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