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万見
- PDB-4w9w: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with small... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w9w
タイトルCrystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with small molecule AZD-7762
要素BMP-2-inducible protein kinase
キーワードTRANSFERASE / kinase / small-molecule / catalytic domain / protein binding / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase regulator activity / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / regulation of bone mineralization / positive regulation of Notch signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...phosphatase regulator activity / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / regulation of bone mineralization / positive regulation of Notch signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BMP-2-inducible protein kinase, C-terminal / BMP-2-inducible protein kinase C-terminus / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. ...BMP-2-inducible protein kinase, C-terminal / BMP-2-inducible protein kinase C-terminus / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YDJ / BMP-2-inducible protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Elkins, J.M. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Williams, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Family-wide Structural Analysis of Human Numb-Associated Protein Kinases.
著者: Sorrell, F.J. / Szklarz, M. / Abdul Azeez, K.R. / Elkins, J.M. / Knapp, S.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22016年3月9日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BMP-2-inducible protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3928
ポリマ－34,3571
非ポリマー1,0357
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.220, 112.730, 163.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 BMP-2-inducible protein kinase / BIKe


分子量: 34356.570 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain, UNP residues 39-344 / 変異: K320A, K321A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Surface entropy mutant of BMP2K kinase domain (K320A, K321A)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP2K, BIKE, HRIHFB2017 / プラスミド: pNIC-ZB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2
参照: UniProt: Q9NSY1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-YDJ / 5-(3-fluorophenyl)-N-[(3S)-3-piperidyl]-3-ureido-thiophene-2-carboxamide / AZD-7762


分子量: 362.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19FN4O2S
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 4M sodium formate, freshly purified protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→33.34 Å / Num. obs: 41784 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 259371 / Scaling rejects: 31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.72-1.7560.8721317121900.810.38299.9
9.1-33.346.10.03442.520583350.9990.01498.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.72 Å33.34 Å
Translation1.72 Å33.34 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1682)精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→33.34 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 2054 4.92 %
Rwork0.1662 --
obs0.1677 41766 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.94 Å2 / Biso mean: 37.9443 Å2 / Biso min: 17.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→33.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2337 0 70 232 2639
Biso mean--38.79 47.04 -
残基数----306
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.30530.59131.14614.48860.73122.31420.08150.20490.6355-0.11660.1022-0.5715-0.49790.3668-0.08680.3498-0.0490.07990.222-0.03150.48621.349-9.412-43.0913
22.3925-0.66120.00623.36281.23171.92770.32120.60510.2783-0.4133-0.245-0.2184-0.5124-0.0285-0.0120.41940.07980.05270.30420.03980.3209-2.9488-16.9588-51.7401
31.1597-0.1821-0.2461.50080.72022.82450.00570.26590.0931-0.2126-0.06810.033-0.614-0.41190.01910.24530.0821-0.04140.2734-0.02430.1838-0.3245-30.6753-62.0754
42.431-0.3701-0.03911.91520.06223.1389-0.05210.3439-0.3361-0.0424-0.09580.04220.1438-0.26220.04410.1403-0.007-0.01330.2274-0.0790.22171.9236-44.3943-59.9251
50.43250.2115-0.4113.11060.29452.01790.0012-0.15660.1583-0.3996-0.19541.0182-0.0457-0.43130.28480.1873-0.0416-0.0460.3524-0.00020.4188-9.7698-58.8077-64.2949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 39:79)A39 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 80:148)A80 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 149:274)A149 - 274
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 275:329)A275 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 330:344)A330 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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