[日本語] English
万見
- PDB-4w84: Crystal structure of XEG5A, a GH5 xyloglucan-specific endo-beta-1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w84
タイトルCrystal structure of XEG5A, a GH5 xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase from ruminal metagenomic library, in the native form
要素Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase cell wall degrading enzyme GH5 family
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase / xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase activity / glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Santos, C.R. / Cordeiro, R.L. / Wong, D.W.S. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/13309-0; 2014/07135-1 ブラジル
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Xyloglucan Specificity and alpha-d-Xylp(1 6)-d-Glcp Recognition at the -1 Subsite within the GH5 Family.
著者: Dos Santos, C.R. / Cordeiro, R.L. / Wong, D.W. / Murakami, M.T.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1416
ポリマ－76,8482
非ポリマー2934
水8,413467
1
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5703
ポリマ－38,4241
非ポリマー1462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5703
ポリマ－38,4241
非ポリマー1462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.241, 97.241, 95.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase


分子量: 38423.809 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 92-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cow's rumen / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D2K7Z0, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, PEG400, magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 0.979, 0.932
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9321
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 190946 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 26.04 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.178 / Net I/σ(I): 11.95 / Num. measured all: 1056374
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obs
1.79-1.890.5215735831202300321.67896.3
1.89-2.020.80516895929198291850.91000.8182.31
2.02-2.190.90815708327052270460.4861000.4424.29
2.19-2.390.96714582425096250860.2921000.2657.1
2.39-2.680.98512509822620226070.18799.90.16910.45
2.68-3.090.99510575019904198950.1051000.09516.58
3.09-3.780.9988520016916168850.05899.80.05227
3.78-5.330.9996929112998129910.03999.90.03540.62
5.330.99941811724272190.03299.70.02946.51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SHELXDE位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.79→31.607 Å / FOM work R set: 0.8629 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 21.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2022 4805 5.02 %random
Rwork0.1783 181323 --
obs0.1796 190903 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.307 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 78.79 Å2 / Biso mean: 28.49 Å2 / Biso min: 14.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7248 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.7248 Å2-0 Å2
3----3.4495 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→31.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5385 0 42 467 5894
Biso mean--42.29 34.32 -
残基数----679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9787581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3141969
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7857-1.8060.38682620.3392520884
1.806-1.82720.33533270.321588699
1.8272-1.84950.34692860.31036165100
1.8495-1.87290.30763490.30566139100
1.8729-1.89760.33483120.28326043100
1.8976-1.92350.31833140.26595977100
1.9235-1.9510.28613130.25826118100
1.951-1.98010.25033060.2416178100
1.9801-2.01110.25963020.21666031100
2.0111-2.0440.2573440.21516046100
2.044-2.07933606107100
2.0793-2.11710.22192900.20416054100
2.1171-2.15780.23613200.20086085100
2.1578-2.20180.21383580.18646036100
2.2018-2.24970.2123560.18016069100
2.2497-2.3020.23373080.19516112100
2.302-2.35960.20652830.18556179100
2.3596-2.42330.23113240.18376039100
2.4233-2.49460.21723020.17926075100
2.4946-2.57510.21483240.17396103100
2.5751-2.66710.21653640.17396012100
2.6671-2.77380.18312720.17336171100
2.7738-2.90.20123380.17686032100
2.9-3.05280.21753260.17166035100
3.0528-3.24380.18143280.17246108100
3.2438-3.4940.19732850.1676054100
3.494-3.84510.16863210.15046093100
3.8451-4.40020.14733620.13276079100
4.4002-5.53890.15673160.14116016100
5.53890.1833280.16416073100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る