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- PDB-4w2e: Crystal structure of Elongation Factor 4 (EF4/LepA) bound to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w2e
タイトルCrystal structure of Elongation Factor 4 (EF4/LepA) bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 16S Ribosomal RNA
  • 23S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • E-site tRNA
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / EF4 / LepA / Translation / elogation / acylated P-site tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / translation elongation factor activity / positive regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit ...: / translation elongation factor activity / positive regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Elongation factor 4 / GTP-binding protein LepA, C-terminal / Elongation factor 4, domain IV / LepA, C-terminal domain superfamily / GTP-binding protein LepA C-terminus / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10 ...Elongation factor 4 / GTP-binding protein LepA, C-terminal / Elongation factor 4, domain IV / LepA, C-terminal domain superfamily / GTP-binding protein LepA C-terminus / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein S14, type Z / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHENYLALANINE / IRON/SULFUR CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHENYLALANINE / IRON/SULFUR CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Elongation factor 4 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gagnon, M.G. / Lin, J. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of elongation factor 4 bound to a clockwise ratcheted ribosome.
著者: Gagnon, M.G. / Lin, J. / Bulkley, D. / Steitz, T.A.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Structure summary
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
置き換え2014年12月10日ID: 4QJS, 4QJT
改定 1.32014年12月10日Group: Other
改定 1.42014年12月17日Group: Other
改定 1.52017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 2.02019年7月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_name_com.entity_id / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 3.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S Ribosomal RNA
B: 5S Ribosomal RNA
D: 50S ribosomal protein L2
E: 50S ribosomal protein L3
F: 50S ribosomal protein L4
G: 50S ribosomal protein L5
H: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L10
K: 50S ribosomal protein L11
N: 50S ribosomal protein L13
O: 50S ribosomal protein L14
P: 50S ribosomal protein L15
Q: 50S ribosomal protein L16
R: 50S ribosomal protein L17
S: 50S ribosomal protein L18
T: 50S ribosomal protein L19
U: 50S ribosomal protein L20
V: 50S ribosomal protein L21
W: 50S ribosomal protein L22
X: 50S ribosomal protein L23
Y: 50S ribosomal protein L24
Z: 50S ribosomal protein L25
0: 50S ribosomal protein L27
1: 50S ribosomal protein L28
2: 50S ribosomal protein L29
3: 50S ribosomal protein L30
4: 50S ribosomal protein L31
5: 50S ribosomal protein L32
6: 50S ribosomal protein L33
7: 50S ribosomal protein L34
8: 50S ribosomal protein L35
9: 50S ribosomal protein L36
x: E-site tRNA
a: 16S Ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein Thx
w: E-site tRNA
v: mRNA
y: 50S ribosomal protein L9, Elongation factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,339,375972
ポリマ－2,316,00357
非ポリマー23,373915
水17,457969
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)239.290, 272.850, 431.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 6分子 ABxwav

#1: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 947895.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#2: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 39494.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#33: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24645.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phenylalanine tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600
#34: RNA鎖 16S Ribosomal RNA


分子量: 493652.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#55: RNA鎖 mRNA


分子量: 5859.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT-Synthesized mRNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 DEFGHJKNOPQRSTUVWXYZ0123456789y

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60405
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 22712.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 18586.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8VVE3
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 15526.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP6
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60488
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / TL24


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60489
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60490
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60491
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60492
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / TL5


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60493
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60494
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80339
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P35871
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Ribosomal protein B


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80340
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#32: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHR2
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L9, Elongation factor 4 / EF-4 / Ribosomal back-translocase LepA


分子量: 75318.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: a chimeric protein made of residues 1-74 of ribosomal protein L9 and residues 5 -610 of Elogation factor 4
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rplI, TTHA0242, lepA, TTHA0741 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLQ1, UniProt: Q5SKA7

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#35: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380
#54: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
非ポリマー , 6種, 1884分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 906 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / 参照: UniProt: Q5SLQ1*PLUS
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#60: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#61: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#62: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→49.94 Å / Num. all: 624922 / Num. obs: 583500 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.988 % / Biso Wilson estimate: 62.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.89-2.970.0170.9717483134990176.1
2.97-3.050.0171.4423706238987187.1
3.05-3.130.0171.8923808338703188.8
3.13-3.230.0172.3622494238116190.1
3.23-3.340.0173.1423337337770191.9
3.34-3.450.0173.7722671437043193.2
3.45-3.580.0174.5721500936029194.1
3.58-3.730.0175.8220917735231195.3
3.73-3.90.0177.4620649434072196.1
3.9-4.090.0178.9319396232812196.8
4.09-4.310.01711.1819589931508197.7
4.31-4.570.01713.2318242229988198.2
4.57-4.890.01715.3116843728286198.3
4.89-5.280.01717.7216174826483198.8
5.28-5.780.01719.8614915324444198.9
5.78-6.460.01721.1513729322233199.1
6.46-7.460.01724.1211746419678199.2
7.46-9.140.01728.389987016758199.4
9.14-12.930.01734.47857213097199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49.76 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 29213 5.04 %
Rwork0.238 --
obs0.241 580034 93.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数50207 99987 948 969 152111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011163284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.634243297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.84875387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06930728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00813425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.9330.52097850.499914601X-RAY DIFFRACTION75
2.933-2.96750.518870.507816446X-RAY DIFFRACTION85
2.9675-3.00360.52678530.487116888X-RAY DIFFRACTION86
3.0036-3.04170.52128670.497817058X-RAY DIFFRACTION88
3.0417-3.08170.51899200.460817131X-RAY DIFFRACTION88
3.0817-3.12390.49879210.44517301X-RAY DIFFRACTION89
3.1239-3.16850.47749880.428117448X-RAY DIFFRACTION90
3.1685-3.21580.46459390.407817534X-RAY DIFFRACTION90
3.2158-3.2660.42729460.38117676X-RAY DIFFRACTION91
3.266-3.31960.43719780.356217994X-RAY DIFFRACTION92
3.3196-3.37680.40119480.34518074X-RAY DIFFRACTION93
3.3768-3.43820.41339710.336118142X-RAY DIFFRACTION93
3.4382-3.50430.4049400.312218372X-RAY DIFFRACTION94
3.5043-3.57580.38199700.309218389X-RAY DIFFRACTION94
3.5758-3.65350.36979520.282818480X-RAY DIFFRACTION95
3.6535-3.73850.340210130.252118744X-RAY DIFFRACTION96
3.7385-3.8320.31619600.242418706X-RAY DIFFRACTION96
3.832-3.93550.306910160.225118863X-RAY DIFFRACTION96
3.9355-4.05130.28879980.214118890X-RAY DIFFRACTION97
4.0513-4.1820.268910450.199119078X-RAY DIFFRACTION98
4.182-4.33140.281110380.190119092X-RAY DIFFRACTION98
4.3314-4.50470.265410020.181619196X-RAY DIFFRACTION98
4.5047-4.70950.25019830.173319329X-RAY DIFFRACTION98
4.7095-4.95760.240810270.1619332X-RAY DIFFRACTION99
4.9576-5.26790.225610690.15219381X-RAY DIFFRACTION99
5.2679-5.67410.226410100.14919482X-RAY DIFFRACTION99
5.6741-6.24420.226410350.15219557X-RAY DIFFRACTION99
6.2442-7.14540.229510500.153819626X-RAY DIFFRACTION99
7.1454-8.99380.226410450.167919789X-RAY DIFFRACTION99
8.9938-49.76430.225510570.203220222X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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