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- PDB-4v85: Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4v85
タイトルCrystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Peptide chain release factor 3
  • Viomycin
  • messenger RNA
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / typeII release factor binding with ribosome / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing ...regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / GDP binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal ...Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / : / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Viomycin / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 ...Viomycin / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / 50S ribosomal protein L7/L12 / 50S ribosomal protein L10 / 50S ribosomal protein L11 / 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 50S ribosomal protein L22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L15 / 50S ribosomal protein L36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS16 / 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L35 / 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Peptide chain release factor RF3 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhou, J. / Lancaster, L. / Trakhanov, S. / Noller, H.F.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of release factor RF3 trapped in the GTP state on a rotated conformation of the ribosome.
著者: Zhou, J. / Lancaster, L. / Trakhanov, S. / Noller, H.F.
履歴
登録2011年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3SFS, 3SGF
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22018年7月11日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S rRNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6 1
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12 1
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15 1
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
AV: messenger RNA
AW: Peptide chain release factor 3
AY: Viomycin
B0: 50S ribosomal protein L27
B1: 50S ribosomal protein L28
B2: 50S ribosomal protein L29
B3: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L32
B5: 50S ribosomal protein L33
B6: 50S ribosomal protein L34
B7: 50S ribosomal protein L35
B8: 50S ribosomal protein L36 1
BA: 23S rRNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L10
BI: 50S ribosomal protein L11
BJ: 50S ribosomal protein L7/L12
BK: 50S ribosomal protein L7/L12
BL: 50S ribosomal protein L7/L12
BM: 50S ribosomal protein L7/L12
BN: 50S ribosomal protein L13
BO: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L15
BQ: 50S ribosomal protein L16
BR: 50S ribosomal protein L17
BS: 50S ribosomal protein L18
BT: 50S ribosomal protein L19
BU: 50S ribosomal protein L20
BV: 50S ribosomal protein L21
BW: 50S ribosomal protein L22
BX: 50S ribosomal protein L23
BY: 50S ribosomal protein L24 1
BZ: 50S ribosomal protein L25 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,274,150553
ポリマ－2,261,64659
非ポリマー12,505494
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)257.600, 312.900, 328.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 AAAVBABB

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 496892.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 参照: GenBank: 323376397
#22: RNA鎖 messenger RNA


分子量: 8862.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#34: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: GenBank: 315134697
#35: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: GenBank: 323376397

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3TPN2, UniProt: P0A7V0*PLUS
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQX2, UniProt: P0A7V3*PLUS
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR62, UniProt: P0A7V8*PLUS
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR27, UniProt: P0A7W1*PLUS
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 1


分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SFQ7, UniProt: P02358*PLUS
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQS2, UniProt: P02359*PLUS
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR12, UniProt: P0A7W7*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SRY2, UniProt: P0A7X3*PLUS
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQT7, UniProt: P0A7R5*PLUS
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR57, UniProt: P0A7R9*PLUS
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12 1


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQR7, UniProt: P0A7S3*PLUS
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR52, UniProt: P0A7S9*PLUS
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR07, UniProt: P0AG59*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 1


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SSQ7, UniProt: P0ADZ4*PLUS
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SYP2, UniProt: P0A7T3*PLUS
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQY7, UniProt: P0AG63*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SFP7, UniProt: P0A7T7*PLUS
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQW2, UniProt: P0A7U3*PLUS
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3STZ7, UniProt: P68679*PLUS

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 33分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBW...

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SSG7, UniProt: P0A7L8*PLUS
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SME2, UniProt: P0A7M2*PLUS
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / 50S ribosomal subunit protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQY2, UniProt: P0A7M6*PLUS
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR32, UniProt: P0AG51*PLUS
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3TE02, UniProt: P0A7N4*PLUS
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SME7, UniProt: P0A7N9*PLUS
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SLL2, UniProt: P0A7P5*PLUS
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3T7Q2, UniProt: P0A7Q1*PLUS
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 1


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR47, UniProt: P0A7Q6*PLUS
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQV7, UniProt: P60422*PLUS
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQU2, UniProt: P60438*PLUS
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQU7, UniProt: P60723*PLUS
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR02, UniProt: P62399*PLUS
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR17, UniProt: P0AG55*PLUS
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 17736.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SIB7, UniProt: P0A7J3*PLUS
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SIC7, UniProt: P0A7J7*PLUS
#43: タンパク質
50S ribosomal protein L7/L12


分子量: 12309.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SIB2, UniProt: P0A7K2*PLUS
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SRX7, UniProt: P0AA10*PLUS
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQZ2, UniProt: P0ADY3*PLUS
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR37, UniProt: P02413*PLUS
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQX7, UniProt: P0ADY7*PLUS
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR72, UniProt: P0AG44*PLUS
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SR22, UniProt: P0C018*PLUS
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SYQ7, UniProt: P0A7K6*PLUS
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3T7Q7, UniProt: P0A7L3*PLUS
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SSG2, UniProt: P0AG48*PLUS
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 13082.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQW7, UniProt: P61175*PLUS
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQV2, UniProt: P0ADZ0*PLUS
#55: タンパク質 50S ribosomal protein L24 1


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3SQZ7, UniProt: P60624*PLUS
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L25 1


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CSH142 / 参照: UniProt: C3T3H7, UniProt: P68919*PLUS

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AWAY

#23: タンパク質 Peptide chain release factor 3 / RF-3


分子量: 59651.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
遺伝子: b4375, JW5873, miaD, prfC, Termination Release Factor 3, tos
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A7I4
#24: タンパク質・ペプチド Viomycin


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 703.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00633, Viomycin

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非ポリマー , 3種, 511分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#59: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tris Ac PH.7.0, 25-35 mM KCL, 6.1% PEG 20000, 1% glycerol, 50mM sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 433307 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→40 Å / σ(F): 1.99 / σ(I): 1.71 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.25 23871 RANDOM
Rwork0.21 --
obs0.22 433307 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22735 33002 137 2 55876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.89
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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