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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v82 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of cyanobacterial Photosystem II in complex with terbutryn | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / TRANSMEMBRANE ALPHA-HELIX (膜貫通型ドメイン) / PS II (光化学系II) / PS2 / ELECTRON TRANSPORT PHOTOSYSTEM / HERBICIDE RESISTANCE (除草剤) / PHOTOSYSTEM II (光化学系II) / REACTION CENTER / IRON (鉄) / METAL-BINDING / HEME (ヘム) / MANGANESE (マンガン) / MEMBRANE COMPLEX (生体膜) / THYLAKOID (チラコイド) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A. / Broser, M. / Guskov, A. / Kern, J. / Glockner, C. / Muh, F. / Saenger, W. / Zouni, A. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural basis of cyanobacterial photosystem II Inhibition by the herbicide terbutryn 著者: Broser, M. / Glockner, C. / Gabdulkhakov, A. / Guskov, A. / Buchta, J. / Kern, J. / Muh, F. / Dau, H. / Saenger, W. / Zouni, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v82.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v82.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/4v82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/4v82 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3bz1 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 AABAAVBV
#1: タンパク質 | 分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444 #16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386 |
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-Photosystem II ... , 16種, 32分子 ABBBACBCADBDAHBHAIBIAJBJAKBKALBLAMBMAOBOATBTAUBUAyByAXBXAYBYAZBZ
#2: タンパク質 | 分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1 #3: タンパク質 | 分子量: 50287.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8 #4: タンパク質 | 分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25 #7: タンパク質 | 分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4410.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3981.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7 #13: タンパク質 | 分子量: 26923.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3878.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0 #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5039.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4322.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6 #19: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) 株: BP-1 #20: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 AEBEAFBF
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9 |
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-糖 , 2種, 30分子
#28: 糖 | ChemComp-DGD / #32: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 15種, 164分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-CLA / #25: 化合物 | #26: 化合物 | #27: 化合物 | ChemComp-BCR / #29: 化合物 | ChemComp-LHG / #30: 化合物 | ChemComp-SQD / #31: 化合物 | ChemComp-LMG / #33: 化合物 | ChemComp-DMS / #34: 化合物 | ChemComp-PHO / #35: 化合物 | #36: 化合物 | ChemComp-HEM / #37: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-詳細
配列の詳細 | CHAIN Y:THE DEPOSITORS KNOW THE SEQUENCE. BUT THEY DON'T KNOW IF THE FIRST RESIDUE OF THE CHAIN IS ...CHAIN Y:THE DEPOSITORS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.14 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: Pipes, CaCl2, DMSO, PEG 2000, pH 7.0, batch, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月17日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 137557 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 110 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 7.76 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 5.07 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 12582 / Rsym value: 0.588 / % possible all: 90.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BZ1 3bz1 解像度: 3.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 7881267.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.0364 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 120.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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