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- PDB-4v4e: Crystal Structure of Pyrogallol-Phloroglucinol Transhydroxylase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4e
タイトルCrystal Structure of Pyrogallol-Phloroglucinol Transhydroxylase from Pelobacter acidigallici complexed with inhibitor 1,2,4,5-tetrahydroxy-benzene
要素(Pyrogallol hydroxytransferase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Molybdenum binding enzyme / MGD-cofactors / DMSO-reductase family / 4Fe-4S-cluster / complex with inhibitor 1 / 2 / 4 / 5-tetrahydroxy benzene
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrogallol hydroxytransferase / pyrogallol hydroxytransferase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / outer membrane-bounded periplasmic space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pyrogallol hydroxytransferase large subunit-like, domain 1 / : / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase ...: / Pyrogallol hydroxytransferase large subunit-like, domain 1 / : / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM(IV) ION / BENZENE-1,2,4,5-TETROL / Chem-MGD / IRON/SULFUR CLUSTER / Pyrogallol hydroxytransferase large subunit / Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pelobacter acidigallici (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Messerschmidt, A. / Niessen, H. / Abt, D. / Einsle, O. / Schink, B. / Kroneck, P.M.H.
引用ジャーナル: PROC.NATL.ACAD.SCI.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of pyrogallol-phloroglucinol transhydroxylase, an Mo enzyme capable of intermolecular hydroxyl transfer between phenols
著者: Messerschmidt, A. / Niessen, H. / Abt, D. / Einsle, O. / Schink, B. / Kroneck, P.M.H.
履歴
登録2004年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1VLF, 1TI6
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 400THE COMPLETE CRYSTAL STRUCTURE IS REPRESENTED BY PDB STRUCTURES 1TI6 AND 1VLF

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
B: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
C: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
D: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
E: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
F: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
G: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
H: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
I: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
J: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
K: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
L: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
M: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
N: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
O: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
P: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
Q: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
R: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
S: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
T: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
U: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
V: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
W: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
X: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,601,923132
ポリマ－1,567,67224
非ポリマー34,251108
水181,78910091
1
A: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
B: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
D: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
F: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
H: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
J: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
L: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
N: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
P: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
Q: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
R: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
S: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
T: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
U: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
V: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
W: Pyrogallol hydroxytransferase large subunit
X: Pyrogallol hydroxytransferase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,49411
ポリマ－130,6392
非ポリマー2,8549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.575, 178.437, 179.665
Angle α, β, γ (deg.)63.83, 64.40, 65.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Pyrogallol hydroxytransferase ... , 2種, 24分子 ACEGIKMOQSUWBDFHJLNPRTVX

#1: タンパク質
Pyrogallol hydroxytransferase large subunit / Transhydroxylase alpha subunit


分子量: 99379.898 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pelobacter acidigallici (バクテリア) / 株: MaGal 2(DSM 2377) / 参照: UniProt: P80563, pyrogallol hydroxytransferase
#2: タンパク質
Pyrogallol hydroxytransferase small subunit / Transhydroxylase beta subunit


分子量: 31259.424 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pelobacter acidigallici (バクテリア) / 株: MaGal 2(DSM 2377) / 参照: UniProt: P80564, pyrogallol hydroxytransferase

-
非ポリマー , 6種, 10199分子

#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#5: 化合物
ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#6: 化合物
ChemComp-BTT / BENZENE-1,2,4,5-TETROL / 1,2,4,5-テトラヒドロキシベンゼン


分子量: 142.109 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O4
#7: 化合物...
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10091 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, sodium acetate, potassium phosphate, sodium dithionite, sodium cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月17日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 1122947 / Num. obs: 1084767 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1TI2

1ti2
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→24.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 5564441.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 108444 10 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.172 1084767 96.5 %-
all-1124111 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.7191 Å2 / ksol: 0.358571 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.38 Å20.83 Å2-0.45 Å2
2---1.43 Å20.3 Å2
3----0.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数55080 0 786 5063 60929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.55
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.722.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.293.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.333.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.524.9
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 17089 9.9 %
Rwork0.215 155604 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2SPECIAL_GROUPS_NEW.PARSPECIAL_GROUPS_THIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PYR_THIN_ACT_2.PARPYR_THIN_ACT_2.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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