PDB-4v3h: Crystal structure of CymA from Klebsiella oxytoca

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v3h

タイトル

Crystal structure of CymA from Klebsiella oxytoca

要素

CYMA PROTEIN

キーワード

MEMBRANE / OUTER MEMBRANE CHANNEL CYCLODEXTRIN TRANSPORT BETA BARREL MONOMER

機能・相同性

Cyclodextrin porin CymA / Putative cyclodextrin porin / import into cell / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / NITRATE ION / CymA protein

機能・相同性情報

生物種

KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

van den Berg, B. / Bhamidimarri, S.P. / Kleinekathoefer, U. / Winterhalter, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: Outer-membrane translocation of bulky small molecules by passive diffusion.
著者: van den Berg, B. / Prathyusha Bhamidimarri, S. / Dahyabhai Prajapati, J. / Kleinekathofer, U. / Winterhalter, M.

履歴

登録	2014年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.3	2018年2月21日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v3h.cif.gz	288.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v3h.ent.gz	236.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v3h_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v3h_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4v3h_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	4v3h_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d51C 4d5bC 4d5dC 4v3gSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4v3g-2 4d51-d 4d5b-1 4v3g-1 4d5d-1 4d5b-2 4d5d-2 4z12-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYMA PROTEIN

B: CYMA PROTEIN

ヘテロ分子

84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYMA PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYMA PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.211, 61.430, 108.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CYMA PROTEIN 分子量: 39905.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CLONING REGION INCLUDING HEPTAHISTIDINE TAG AT N-TERMINUS 由来: (組換発現) KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 DELTA CYOABCD / 参照: UniProt: Q48391
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 23% PEG2000 0.1 M TRIS PH 8 0.3 M MAGNESIUM NITRATE HEXAHYDRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 77325 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V3G

4v3g

解像度: 1.83→43.353 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	1753	2.6 %
R_work	0.1742	-	-
obs	0.175	67180	94.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→43.353 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5178	0	192	556	5926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5577
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	7474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.704	2144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	709
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	967

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.8795	0.2313	123	0.2056	4553	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8795-1.9348	0.221	126	0.189	4656	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9348-1.9973	0.1991	133	0.1656	4775	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9973-2.0686	0.1863	130	0.157	4859	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0686-2.1515	0.1965	135	0.1577	4955	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1515-2.2494	0.1814	136	0.1595	5065	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2494-2.368	0.1952	141	0.1716	5079	X-RAY DIFFRACTION	96
2.368-2.5163	0.2111	134	0.173	5103	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5163-2.7106	0.2207	146	0.1759	5174	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7106-2.9833	0.2185	133	0.1793	5235	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9833-3.4148	0.22	140	0.174	5269	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4148-4.3017	0.191	137	0.1631	5303	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3017-43.3654	0.2144	139	0.1911	5401	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1026	0.0843	0.0243	0.5514	0.3555	0.773	-0.0376	0.1187	-0.1442	-0.0175	0.0148	0.0398	0.0045	-0.0002	0.013	0.0803	0.0156	-0.0038	0.1469	-0.0131	0.2021	-25.1665	8.6165	-48.2256
2	2.1162	0.3053	-0.4339	0.2496	-0.1023	0.5697	0.0955	0.0562	0.0276	0.0827	0.0373	-0.1551	0.0608	0.035	-0.1322	0.0813	0.0124	-0.0107	0.1574	-0.0421	0.2161	-24.7158	4.8307	-41.5081
3	4.4652	-2.039	-0.4014	1.7011	0.356	0.8328	0.1011	0.1073	-0.1431	-0.0345	-0.075	0.0684	0.0741	-0.0413	-0.0632	0.1078	-0.0124	0.0075	0.1447	0.015	0.1904	-35.0377	7.6955	-35.3721
4	2.7196	-1.0988	-0.6461	1.4629	0.3172	0.6825	0.0753	0.1752	-0.4574	0.041	-0.1168	0.1399	0.0586	0.0392	0.0191	0.1017	-0.0051	-0.0376	0.1607	-0.0136	0.1616	-26.3435	8.1914	-35.3215
5	2.6559	-1.6499	0.6643	2.3183	-0.7199	0.9105	0.0993	0.1211	-0.2891	-0.0001	-0.0526	0.0993	0.078	0.0663	-0.0509	0.1	-0.0025	-0.004	0.1463	-0.0055	0.1369	-24.2027	11.0953	-31.8521
6	0.4937	-0.2888	0.2206	0.9337	-0.505	1.3437	0.0127	-0.0319	-0.0842	0.0657	0.0491	0.053	-0.014	-0.0587	-0.0844	0.0679	-0.016	-0.0006	0.1006	0.0183	0.1322	-23.6104	19.0857	-36.4544
7	0.1933	-0.0942	-0.2235	0.8079	-0.0077	0.4833	0.0394	-0.0632	0.0643	0.0089	-0.1119	0.0116	0.1289	0.0393	0.0722	0.1141	-0.0143	0.0142	0.1325	0.025	0.1801	-16.0756	18.6227	-38.2695
8	1.2591	-0.0949	-0.3126	1.0916	0.2825	0.7558	0.0663	0.0124	0.1111	-0.026	0.0696	-0.0987	-0.1376	0.0411	-0.118	0.1439	-0.037	0.0378	0.1193	-0.0176	0.1596	-41.481	28.3586	-13.7477
9	0.6243	-0.1678	0.4476	1.4024	0.1998	0.6586	-0.0335	0.1262	0.1563	-0.1946	0.0739	-0.0805	-0.2169	0.1102	0.0902	0.1986	-0.0729	0.0541	0.1499	-0.0004	0.1595	-44.5087	32.587	-19.4638
10	2.0882	0.9911	-0.0897	2.2023	-0.1907	0.8965	-0.0752	-0.0175	0.0511	-0.1947	-0.0089	-0.185	-0.1182	0.0691	0.0282	0.1585	-0.0246	0.0362	0.1254	0.0092	0.1493	-45.3931	36.6621	-19.9626
11	1.206	0.612	0.9811	2.0819	0.7241	1.1616	-0.1039	0.1905	0.3006	-0.1322	0.0856	0.0541	-0.1295	0.1251	0.0656	0.1647	-0.0185	0.0415	0.14	-0.0095	0.2085	-42.5008	44.3445	-16.2224
12	3.8819	0.8218	1.754	0.4353	0.7064	1.4386	0.0409	0.137	-0.463	-0.0211	0.0532	-0.0455	-0.0934	-0.0016	-0.0881	0.166	-0	0.018	0.1686	-0.0752	0.3456	-42.4874	45.6732	-10.1807
13	0.2229	0.0244	0.4316	0.9461	0.1713	1.3525	0.1061	0.2704	-0.4141	-0.0473	-0.0957	0.263	0.111	-0.1767	-0.087	0.1782	-0.0065	0.014	0.232	-0.119	0.455	-49.9916	42.6999	-9.1625
14	0.1777	-0.2868	0.3244	1.8232	0.3084	1.0731	0.0578	0.1768	-0.229	0.0925	-0.0392	0.1019	-0.0188	-0.0962	-0.0497	0.1464	-0.0055	0.0189	0.1856	-0.0692	0.2492	-44.1719	40.6298	-3.6632
15	0.7743	0.6889	0.1385	0.8277	-0.0798	0.2813	0.1017	0.1354	0.1588	0.0263	0.0383	-0.0957	-0.0423	-0.0331	-0.004	0.1415	0.0137	-0.0178	0.1687	-0.038	0.1376	-37.0298	32.5754	-4.1473
16	0.6322	0.5756	0.4757	1.2182	0.1533	0.4616	0.1364	-0.0009	0.2601	0.3162	-0.0389	0.1088	0.0329	-0.2069	-0.188	0.1763	-0.0018	0.0819	0.2153	0.0013	0.2154	-47.7796	33.6021	-1.0526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 11 THROUGH 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 124 THROUGH 146 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 147 THROUGH 165 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 166 THROUGH 187 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 188 THROUGH 230 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 231 THROUGH 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 298 THROUGH 324 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 18 THROUGH 82 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 83 THROUGH 103 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 104 THROUGH 146 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 147 THROUGH 187 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 188 THROUGH 206 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 207 THROUGH 230 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 231 THROUGH 277 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 278 THROUGH 297 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 298 THROUGH 324 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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