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- PDB-4v3g: Crystal structure of CymA from Klebsiella oxytoca -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v3g
タイトルCrystal structure of CymA from Klebsiella oxytoca
要素CYMA PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / OUTER MEMBRANE CHANNEL CYCLODEXTRIN TRANSPORT BETA BARREL MONOMER
機能・相同性Cyclodextrin porin CymA / Putative cyclodextrin porin / import into cell / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / CymA protein
機能・相同性情報
生物種KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.513 Å
データ登録者van den Berg, B. / Bhamidimarri, S.P. / Kleinekathoefer, U. / Winterhalter, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: Outer-membrane translocation of bulky small molecules by passive diffusion.
著者: van den Berg, B. / Prathyusha Bhamidimarri, S. / Dahyabhai Prajapati, J. / Kleinekathofer, U. / Winterhalter, M.
履歴
登録2014年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22015年6月24日Group: Database references
改定 1.32018年2月21日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYMA PROTEIN
B: CYMA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,06312
ポリマ－79,9992
非ポリマー3,06410
水93752
1
A: CYMA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,75710
ポリマ－39,9991
非ポリマー2,7589
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYMA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3062
ポリマ－39,9991
非ポリマー3061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.594, 105.226, 111.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CYMA PROTEIN / CYMA


分子量: 39999.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CLONING REGION INCLUDING HEPTAHISTIDINE TAG AT N-TERMINUS
由来: (組換発現) KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア) / プラスミド: PB22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / Variant (発現宿主): DELTA CYOABCD / 参照: UniProt: Q48391
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE (C8E): MOST DETERGENT MOLECULES ARE ONLY PARTIALLY ORDERED
配列の詳細METHIONINES REPLACED BY SELENO-METHIONINES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: MOLECULAR DIMENSIONS MORPHEUS 1/35 OPTIMIZED, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32944 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 59.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.513→48.998 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 1989 6.1 %
Rwork0.1922 --
obs0.1958 32780 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.513→48.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5450 0 122 52 5624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1567704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6062145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5127-2.57550.29011280.2411996X-RAY DIFFRACTION91
2.5755-2.64520.30881480.22942199X-RAY DIFFRACTION98
2.6452-2.7230.26691440.22922168X-RAY DIFFRACTION98
2.723-2.81090.2781430.21152199X-RAY DIFFRACTION99
2.8109-2.91130.28011470.21862168X-RAY DIFFRACTION98
2.9113-3.02790.32621390.22022232X-RAY DIFFRACTION99
3.0279-3.16570.24081400.20752179X-RAY DIFFRACTION99
3.1657-3.33250.25381420.19522219X-RAY DIFFRACTION99
3.3325-3.54130.23651410.18162239X-RAY DIFFRACTION99
3.5413-3.81460.22591410.18822218X-RAY DIFFRACTION100
3.8146-4.19830.27261420.18692233X-RAY DIFFRACTION99
4.1983-4.80540.22311440.15892227X-RAY DIFFRACTION99
4.8054-6.05250.22661410.18022254X-RAY DIFFRACTION100
6.0525-49.00760.27581490.21142260X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1105-0.1247-0.44690.126-0.18650.76180.0560.3459-0.1842-0.51080.2636-0.3541-0.19860.5154-0.33910.4490.0133-0.04620.6285-0.07560.54180.782210.389616.8052
20.9876-0.289-0.14881.41570.42610.7901-0.1407-0.1368-0.05830.29720.0806-0.00940.05860.0240.05510.38070.0242-0.04630.4082-0.01840.4503-0.6502-10.215914.543
30.27710.49840.09970.89890.30451.4202-0.641-0.4577-0.29721.03340.28160.13890.6947-0.16980.24961.02160.00980.14480.9256-0.08860.8364-15.67012.782742.9289
41.538-0.43-0.47551.3278-0.17581.81910.0573-0.1791-0.02980.4733-0.01070.1642-0.31710.0488-0.00510.5767-0.03570.07410.4589-0.02350.4436-20.32117.539940.7189
51.48080.0229-0.60112.738-0.6291.31810.2069-0.09550.24830.3448-0.10590.0194-0.56320.0224-0.12470.6170.00720.0810.4791-0.04510.4546-28.721724.191336.8673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID -14 THROUGH 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 22 THROUGH 324 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID -14 THROUGH 21 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 22 THROUGH 297 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 298 THROUGH 324 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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