PDB-4v2s: Crystal structure of Hfq in complex with the sRNA RydC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v2s

タイトル

Crystal structure of Hfq in complex with the sRNA RydC

要素

RNA-BINDING PROTEIN HFQ
RYDC

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX / NATIVELY UNSTRUCTURED PROTEIN / PROTEIN-RNA RECOGNITION

機能・相同性

機能・相同性情報

sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / RNA folding chaperone / regulation of translation, ncRNA-mediated / bent DNA binding / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.48 Å

データ登録者

Dimastrogiovanni, D. / Frohlich, K.S. / Bruce, H.A. / Bandyra, K.J. / Hohensee, S. / Vogel, J. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Recognition of the small regulatory RNA RydC by the bacterial Hfq protein.
著者: Dimastrogiovanni, D. / Frohlich, K.S. / Bandyra, K.J. / Bruce, H.A. / Hohensee, S. / Vogel, J. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2014年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v2s.cif.gz	128.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v2s.ent.gz	96.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v2s_validation.pdf.gz	503.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v2s_full_validation.pdf.gz	527.5 KB	表示
XML形式データ	4v2s_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	4v2s_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/4v2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/4v2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rerS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1j1c-d 1j1b-d 3vth-1 2f1a-d 1hxk-d 5hjr-1 2fyv-d 1tqv-d 3d4y-d 5j72-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リシン (Ricin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#107 - 2008年11月
機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-BINDING PROTEIN HFQ

B: RNA-BINDING PROTEIN HFQ

C: RNA-BINDING PROTEIN HFQ

D: RNA-BINDING PROTEIN HFQ

E: RNA-BINDING PROTEIN HFQ

F: RNA-BINDING PROTEIN HFQ

Q: RYDC

87.8 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.940, 73.356, 137.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	SER	SER	A	A	4 - 69	4 - 69
2	1	GLY	GLY	SER	SER	B	B	4 - 69	4 - 69
1	2	GLY	GLY	SER	SER	A	A	4 - 69	4 - 69
2	2	GLY	GLY	SER	SER	C	C	4 - 69	4 - 69
1	3	GLY	GLY	HIS	HIS	A	A	4 - 71	4 - 71
2	3	GLY	GLY	HIS	HIS	D	D	4 - 71	4 - 71
1	4	GLN	GLN	HIS	HIS	A	A	5 - 70	5 - 70
2	4	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	5 - 70	5 - 70
1	5	GLY	GLY	HIS	HIS	A	A	4 - 70	4 - 70
2	5	GLY	GLY	HIS	HIS	F	F	4 - 70	4 - 70
1	6	LYS	LYS	SER	SER	B	B	3 - 69	3 - 69
2	6	LYS	LYS	SER	SER	C	C	3 - 69	3 - 69
1	7	ALA	ALA	SER	SER	B	B	2 - 69	2 - 69
2	7	ALA	ALA	SER	SER	D	D	2 - 69	2 - 69
1	8	GLN	GLN	SER	SER	B	B	5 - 69	5 - 69
2	8	GLN	GLN	SER	SER	E	E	5 - 69	5 - 69
1	9	ALA	ALA	SER	SER	B	B	2 - 69	2 - 69
2	9	ALA	ALA	SER	SER	F	F	2 - 69	2 - 69
1	10	LYS	LYS	SER	SER	C	C	3 - 69	3 - 69
2	10	LYS	LYS	SER	SER	D	D	3 - 69	3 - 69
1	11	GLN	GLN	SER	SER	C	C	5 - 69	5 - 69
2	11	GLN	GLN	SER	SER	E	E	5 - 69	5 - 69
1	12	LYS	LYS	SER	SER	C	C	3 - 69	3 - 69
2	12	LYS	LYS	SER	SER	F	F	3 - 69	3 - 69
1	13	GLN	GLN	HIS	HIS	D	D	5 - 70	5 - 70
2	13	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	5 - 70	5 - 70
1	14	ALA	ALA	HIS	HIS	D	D	2 - 70	2 - 70
2	14	ALA	ALA	HIS	HIS	F	F	2 - 70	2 - 70
1	15	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	5 - 70	5 - 70
2	15	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	5 - 70	5 - 70

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	RNA-BINDING PROTEIN HFQ / HF-1 / HOST FACTOR-I PROTEIN / HF-I / HFQ 分子量: 11179.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RNA-BINDING PROTEIN / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PEH-10-(HFQ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6X3
#2: RNA鎖	RYDC 分子量: 20699.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SMALL REGULATORY RNA 由来: (合成) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.5), 15% ISOPROPANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.48→24.47 Å / Num. obs: 9190 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 99.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 3.48→3.69 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RER

3rer

解像度: 3.48→24.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.7 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED CHAIN A 1-3 74- 102. CHAIN B 71-102. CHAIN C 1-2 71-102. CHAIN D 1 73-102. CHAIN E 1-4 72-102. CHAIN F ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28158	463	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21686	-	-	-
obs	0.21989	9190	97.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.089 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.48→24.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3238	1187	0	45	4470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.017	4624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.757	6538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.346	3	8869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.668	5	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.089	24.088	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.88	15	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.908	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3506	0.16
1	2	B	3506	0.16
2	1	A	3273	0.18
2	2	C	3273	0.18
3	1	A	3298	0.16
3	2	D	3298	0.16
4	1	A	3274	0.18
4	2	E	3274	0.18
5	1	A	3464	0.17
5	2	F	3464	0.17
6	1	B	3329	0.16
6	2	C	3329	0.16
7	1	B	3326	0.14
7	2	D	3326	0.14
8	1	B	3357	0.15
8	2	E	3357	0.15
9	1	B	3514	0.15
9	2	F	3514	0.15
10	1	C	3383	0.19
10	2	D	3383	0.19
11	1	C	3221	0.18
11	2	E	3221	0.18
12	1	C	3441	0.17
12	2	F	3441	0.17
13	1	D	3166	0.17
13	2	E	3166	0.17
14	1	D	3407	0.17
14	2	F	3407	0.17
15	1	E	3326	0.17
15	2	F	3326	0.17

LS精密化シェル

解像度: 3.477→3.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.437	22	-
R_work	0.295	587	-
obs	-	-	87.37 %

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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