PDB-4v15: Crystal structure of D-threonine aldolase from Alcaligenes xyloso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v15

タイトル

Crystal structure of D-threonine aldolase from Alcaligenes xylosoxidans

要素

D-THREONINE ALDOLASE

キーワード

LYASE / DEGRADATION / VITAMIN B6- ENZYME FOLD-TYPE III / ALANINE RACEMASE- LIKE DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

D-threonine aldolase / D-threonine aldolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Uhl, M.K. / Oberdorfer, G. / Steinkellner, G. / Riegler, L. / Schuermann, M. / Gruber, K.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of D-Threonine Aldolase from Alcaligenes Xylosoxidans Provides Insight Into a Metal Ion Assisted Plp-Dependent Mechanism.
著者: Uhl, M.K. / Oberdorfer, G. / Steinkellner, G. / Riegler-Berket, L. / Mink, D. / Van Assema, F. / Schurmann, M. / Gruber, K.

履歴

登録	2014年9月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v15.cif.gz	311.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v15.ent.gz	256.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v15_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v15_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	4v15_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	4v15_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gwqS 3llxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vd9-d 4lus-2 2vd8-d 3e15-1 4lb0-d 1xql-d 6v82-d 1ftx-d 4ne2-2 2gev-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-THREONINE ALDOLASE

B: D-THREONINE ALDOLASE

ヘテロ分子

80.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.267, 84.278, 72.852
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D-THREONINE ALDOLASE 分子量: 39836.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS (バクテリア) 株: IFO 12669 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS AND CELL CULTURES (DSMZ) プラスミド: PBBVR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: A0A0J9X243*PLUS, D-threonine aldolase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 955 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % 解説: MOLECULAR REPLACEMENT WAS PERFORMED FOLLOWING THE PROTOCOL OF DIMAIO ET AL. EMPLOYING THE PROGRAMS PHASER AND ROSETTA.
結晶化	pH: 8.1 詳細: 13% (W/V) PEG-3350, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM TRIS/HCL, PH 8.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月16日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING
放射	モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.65 Å / Num. obs: 111114 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 12.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
AUTOMAR	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
PHASER	位相決定
Rosetta	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GWQ AND 3LLX

3gwq

3llx

解像度: 1.5→35.759 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 16.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1767	5551	5 %
R_work	0.1484	-	-
obs	0.1499	111114	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.759 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5489	0	66	955	6510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	6010
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.356	8234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.626	2236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	937
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1103

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.2338	193	0.2059	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5171-1.5349	0.2403	182	0.2023	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5536	0.2022	188	0.1925	3530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5733	0.2268	160	0.1778	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.2141	172	0.1775	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.2016	168	0.173	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.1972	166	0.1663	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.1974	181	0.1654	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6894	0.195	186	0.1618	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7171	0.1994	187	0.1617	3489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7467	0.2009	185	0.1628	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.1942	193	0.1556	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.1718	177	0.1503	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.1795	177	0.1497	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8898	0.1779	168	0.1528	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8898-1.9338	0.2137	182	0.1724	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9822	0.1991	201	0.164	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0357	0.1883	179	0.1548	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.0956	0.1841	219	0.1523	3521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0956-2.1633	0.1927	180	0.1531	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2406	0.1886	191	0.1431	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2406-2.3303	0.1566	193	0.1517	3489	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3303-2.4363	0.1724	193	0.1415	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4363-2.5647	0.1698	187	0.144	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5647-2.7254	0.1694	223	0.1529	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7254-2.9357	0.1788	193	0.1436	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9357-3.231	0.174	175	0.1374	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.231-3.6981	0.1512	185	0.1273	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6981-4.6576	0.1407	199	0.1197	3480	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6576-35.7693	0.1658	168	0.1451	3367	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7084	0.1056	0.38	0.1625	0.2296	1.2122	-0.0048	0.0436	-0.0005	0.0018	-0.0012	-0.0134	-0.0422	0.0806	0.01	0.0981	-0.0088	0.004	0.0525	0.0052	0.1068	38.795	41.4576	15.3514
2	0.9387	0.0084	0.283	0.6031	-0.3882	2.0697	0.0103	0.0063	-0.0647	-0.0564	-0.024	-0.0846	0.144	0.2751	0.0108	0.0895	0.0123	0.0016	0.1056	-0.0101	0.1148	50.2394	36.5863	38.2708
3	0.5999	0.1125	0.3553	0.3113	0.0091	0.6602	-0.0061	-0.086	-0.0298	0.0533	0.0234	-0.0166	0.0139	-0.038	-0.0162	0.0989	0.0166	0.0094	0.1192	0.0023	0.1139	33.5917	30.4047	56.5838
4	0.9261	-0.1007	0.0101	0.6198	-0.0165	1.8124	-0.0166	0.0152	-0.1147	-0.0507	0.0217	0.0537	0.2227	-0.0687	0.0056	0.0951	-0.0107	-0.0064	0.0526	0.0082	0.1068	25.5258	28.7399	30.9505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 7:263)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 264:379)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESID 8:268)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 269:379)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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