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- PDB-4uz8: The SeMet structure of the family 46 carbohydrate-binding module ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uz8
タイトルThe SeMet structure of the family 46 carbohydrate-binding module (CBM46) of endo-beta-1,4-glucanase B (Cel5B) from Bacillus halodurans
要素ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE (CELULASE B)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE-BINDING MODULE FAMILY 46 / CBM46 / CEL5B / BACILLUS HALODURANS / SEMET DERIVATIVE
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endoglucanase B, carbohydrate binding domain / Carbohydrate binding domain / Glycoside hydrolase, family 5, endoglucanase B / Carbohydrate binding X2 domain / Carbohydrate binding domain X2 / : / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-beta-1,4-glucanase (Celulase B)
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS HALODURANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Venditto, I. / Santos, H. / Ferreira, L.M.A. / Sakka, K. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Family 46 Carbohydrate-Binding Modules Contribute to the Enzymatic Hydrolysis of Xyloglucan and Beta-1,3-1,4-Glucans Through Distinct Mechanisms.
著者: Venditto, I. / Najmudin, S. / Luis, A.S. / Ferreira, L.M. / Sakka, K. / Knox, J.P. / Gilbert, H.J. / Fontes, C.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Overproduction, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of the Family 46 Carbohydrate-Binding Module (Cbm46) of Endo-Beta-1,4-Glucanase B (Celb) from Bacillus Halodurans
著者: Venditto, I. / Santos, H. / Ferreira, L.M.A. / Sakka, K. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年5月13日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE (CELULASE B)
B: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE (CELULASE B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1253
ポリマ－29,0292
非ポリマー961
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.850, 120.850, 76.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2009-

HOH

21A-2027-

HOH

31B-2002-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE (CELULASE B)


分子量: 14514.273 Da / 分子数: 2
断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE FAMILY 46, UNP RESIDUES 457-563
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONYLATED DERIVATIVE
由来: (組換発現) BACILLUS HALODURANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KF82
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SULFATE ION (SO4): FROM CRYSTALLISATION BUFFER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4,000, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→85.45 Å / Num. obs: 12870 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
FAST_DPデータスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→85.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.115 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. THE COORDINATE FILE WA REFINED BY PDB_REDO IN THE PENULTIMATE ROOUND OF REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25449 629 4.9 %RANDOM
Rwork0.20388 ---
obs0.20639 12230 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→85.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1662 0 5 59 1726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191741
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8091.922372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21233534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.6515219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47324.17691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.66815242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.522159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5271.945858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5271.946857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9312.9021071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1792.354875
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 54 -
Rwork0.266 857 -
obs--99.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.29530.53632.37923.51661.06564.7187-0.6871.27990.4906-0.28070.2024-0.0781-0.6450.71620.48450.2053-0.2153-0.17120.39070.15270.1821-15.650.349-20.02
24.69092.7306-0.236911.1611-0.9181.3014-0.610.2725-0.6741-2.06750.2557-0.34640.4204-0.00640.35430.5675-0.00570.17360.0339-0.02460.1887-1.405-19.04-10.573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A457 - 563
2X-RAY DIFFRACTION2B458 - 563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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