PDB-4uyj: Crystal structure of a Signal Recognition Particle Alu domain in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uyj

タイトル

Crystal structure of a Signal Recognition Particle Alu domain in the elongation arrest conformation

要素

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN
SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN
SRP RNA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / TRANSLATION / RNA FOLDING

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle receptor complex / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to ER / negative regulation of translational elongation / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

PYROCOCCUS HORIKOSHII OT3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Bousset, L. / Mary, C. / Brooks, M.A. / Scherrer, A. / Strub, K. / Cusack, S.

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of a Signal Recognition Particle Alu Domain in the Elongation Arrest Conformation.
著者: Bousset, L. / Mary, C. / Brooks, M.A. / Scherrer, A. / Strub, K. / Cusack, S.

履歴

登録	2014年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uyj.cif.gz	387 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uyj.ent.gz	314.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uyj_validation.pdf.gz	487.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uyj_full_validation.pdf.gz	493 KB	表示
XML形式データ	4uyj_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	4uyj_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/4uyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/4uyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uykC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c8m-d 4c8n-d 4cch-d 4ow0-d 3m8s-d 4dlg-d 6xg3-2 2w7o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN

B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN

C: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN

D: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN

R: SRP RNA

S: SRP RNA

117 kDa, 6 ポリマー
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1

C: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN

D: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN

S: SRP RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 3 ポリマー
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2

A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN

B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN

R: SRP RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.950, 108.600, 128.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN / SRP9 分子量: 10233.126 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-85 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEH9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49458
#2: タンパク質	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN / SRP14 / 18 KDA ALU RNA-BINDING PROTEIN 分子量: 12386.117 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEH14DELTAR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37108
#3: RNA鎖	SRP RNA 分子量: 35660.113 Da / 分子数: 2 / 断片: ALU DOMAIN, RESIDUES 1-89 AND RESIDUES 289-314 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PYROCOCCUS HORIKOSHII OT3 (古細菌) / 参照: GenBank: HG323574
Has protein modification	Y
配列の詳細	HUMAN SRP9 RESIDUES 1 TO 85 WERE EXPRESSED IN THIS WORK HUMAN SRP14 RESIDUES 1 TO 107 WERE ...HUMAN SRP9 RESIDUES 1 TO 85 WERE EXPRESSED IN THIS WORK HUMAN SRP14 RESIDUES 1 TO 107 WERE EXPRESSED IN THIS WORK THE P. HORIKOSHII SRP ALU RNA SEQUENCE HAS THE S-DOMAIN DELETED, AND REPLACED BY A TETRA LOOP. THE CCC (CYCLIC CYTIDINE), PRODUCED DURING IN-VITRO TRANSCRIPTION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 17.5% PEG 3350, 2.5% GLYCEROL, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M SODIUM ACETATE AT PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97935
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SINGLE SILICON (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 21235 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.026 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.21
反射シェル	解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 3.98 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SRP914 ALU134 MODEL

解像度: 3.35→82.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.841 / SU B: 65.401 / SU ML: 0.421 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23643	1087	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19229	-	-	-
obs	0.19455	20150	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.935 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→82.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2522	4722	0	0	7244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.014	7846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.943	1.496	11679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.014	3	11173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.886	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.214	24	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.708	15	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.837	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.887	7.629	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.878	7.629	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.199	11.44	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.199	11.439	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.719	7.402	6590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.718	7.402	6591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.869	11.079	10117
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.765	71.552	10002
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.765	71.553	10003
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.354→3.441 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	81	-
R_work	0.365	1396	-
obs	-	-	95.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.469	3.5534	-2.1903	7.8628	3.2018	10.7707	0.1609	0.3576	0.0977	0.4883	0.0882	-1.6158	-0.2563	0.7829	-0.2491	0.3184	-0.0056	-0.1027	0.4228	-0.0398	0.9517	25.3412	37.103	6.2302
2	1.6607	-1.3648	0.3288	3.5923	-0.0492	8.4772	0.0312	-0.1266	0.0295	0.9349	0.038	-1.0821	-0.0475	0.2254	-0.0692	0.5893	-0.0759	-0.2164	0.5288	-0.0324	0.631	18.9392	39.2451	14.0716
3	4.2171	-4.0028	2.5692	6.8184	-0.1831	3.6964	0.0782	-0.3514	-0.2078	0.0624	0.0294	0.2072	-0.2457	-0.8121	-0.1077	0.703	-0.0918	0.0197	0.6791	0.0096	0.3423	5.2862	45.9498	12.4171
4	8.6678	1.5172	1.1262	4.5882	-2.3649	6.623	-0.035	0.0339	0.942	0.2365	-0.1709	-0.1436	-0.6827	0.5996	0.2059	0.7366	0.0473	-0.0892	0.3294	-0.0826	0.2379	10.6715	49.769	12.0334
5	0.8859	-0.9296	1.3919	1.3571	-2.1504	6.1919	-0.1895	0.1844	-0.0156	0.2811	0.0437	-0.1737	-0.364	0.821	0.1458	0.1671	0.02	0.056	0.543	-0.1084	0.6424	40.4349	87.4617	2.9164
6	3.8529	2.1295	2.6158	4.0469	-2.7395	11.4519	0.0225	0.3366	-0.4405	0.7354	0.1422	-0.9618	-0.5352	0.9652	-0.1647	0.306	0.1423	-0.1688	0.2107	-0.0793	0.778	35.5395	89.4495	11.597
7	4.5154	-0.9401	3.8967	9.4204	-2.4602	9.86	-0.1766	-0.0367	-0.2734	0.6695	0.3661	0.0445	-0.5914	-0.6436	-0.1895	0.079	0.0458	-0.0156	0.1129	0.0443	0.0817	22.5474	97.1137	12.6303
8	6.8904	-0.1496	3.6155	9.4733	-2.1961	9.8801	0.1516	0.1672	0.6099	0.8399	-0.1644	-0.6384	-0.7372	0.8566	0.0128	0.2565	0.0337	-0.0782	0.1728	-0.0606	0.2321	28.1845	99.9123	11.9718
9	4.0098	-3.2193	3.5847	3.2527	-2.6742	3.4969	0.5056	-0.334	-0.8843	-0.188	0.2463	0.6105	0.2282	-0.3616	-0.7519	0.525	-0.0539	-0.1197	0.2333	0.0841	0.2632	-2.2827	26.2843	2.2197
10	4.554	-3.2259	2.1222	4.2739	-2.4087	1.8885	0.2373	0.0375	-1.1257	-0.149	0.2755	0.6052	0.3695	-0.2676	-0.5128	0.209	-0.1037	-0.113	0.1261	-0.0007	0.3148	12.058	78.94	1.9853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	51 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	26 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	51 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	R	6 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	S	6 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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