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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uw9 | ||||||
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タイトル | The crystal structural of archaeal beta-phosphoglucomutase from hyper-thermophilic Pyrococcus sp. Strain ST 04 | ||||||
要素 | BETA-PHOSPHOGLUCOMUTASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / ARCHAEAL PHOSPHOGLUCOMUTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | PYROCOCCUS SP. ST04 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Park, K.-H. / Woo, E.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Features of Archaeal Beta-Phosphoglucomutase from Hyper-Thermophilic Pyrococcus Sp. Strain St 04 著者: Park, K.-H. / Jung, J.-H. / Park, C.-S. / Woo, E.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4uw9.cif.gz | 55.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4uw9.ent.gz | 43.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4uw9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4uw9_validation.pdf.gz | 422.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4uw9_full_validation.pdf.gz | 423.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4uw9_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4uw9_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/4uw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/4uw9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25991.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS SP. ST04 (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: I3RFR5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.7 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→31.22 Å / Num. obs: 16290 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 6.6 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 43.67 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.3→31.225 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.225 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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