PDB-4uw8: Structure of the carboxy-terminal domain of the bacteriophage T5 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uw8

タイトル

Structure of the carboxy-terminal domain of the bacteriophage T5 L- shaped tail fiber with its intra-molecular chaperone domain

要素

L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / BACTERIAL VIRUSES / CAUDOVIRALES / SIPHOVIRIDAE / INFECTION

機能・相同性

機能・相同性情報

lipopolysaccharide-mediated virion attachment to host cell / virus tail, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROBACTERIA PHAGE T5 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Garcia-Doval, C. / Luque, D. / Caston, J.R. / Otero, J.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Boulanger, P. / van Raaij, M.J.

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2015
タイトル: Structure of the Receptor-Binding Carboxy-Terminal Domain of the Bacteriophage T5 L-Shaped Tail Fibre with and without Its Intra-Molecular Chaperone.
著者: Garcia-Doval, C. / Caston, J.R. / Luque, D. / Granell, M. / Otero, J.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Renouard, M. / Boulanger, P. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2014年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月16日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uw8.cif.gz	693.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uw8.ent.gz	575.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uw8_validation.pdf.gz	520.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uw8_full_validation.pdf.gz	549.6 KB	表示
XML形式データ	4uw8_validation.xml.gz	130 KB	表示
CIF形式データ	4uw8_validation.cif.gz	180.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/4uw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/4uw8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uw7SC 5aq5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j0w-1 6vy5-d 2j07-2 1ncd-d 3wy2-d 2quk-1 2bgh-d 1ncc-d 4mvy-d 6bs6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

B: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

C: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

D: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

E: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

F: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

G: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

H: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

I: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

416 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

B: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

C: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 3 ポリマー
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2

D: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

E: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

F: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 3 ポリマー
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3

G: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

H: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

I: L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	160.850, 99.290, 286.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	I-991- PHE
2	1	G-2003- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 989 - 1396 / Label seq-ID: 20 - 427

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	L-SHAPED TAIL FIBER PROTEIN 分子量: 45999.109 Da / 分子数: 9 断片: C-TERMINAL DOMAIN WITH INTRAMOLECULAR CHAPERONE, RESIDUES 970-1396 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE T5 (ファージ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13390
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 936 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SERINE 1264 WAS MUTATED TO ALANINE TO PREVENT AUTO- PROTEOLYTIC CLEAVAGE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4 詳細: 10 MM TRIS-HCL, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.0, 12.5 % (W/V) PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0972
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月8日詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR AND HORIZONTAL FOCUSING MIRROR ORTHOGONAL IN A KIRKPATRICK-BAEZ CONFIGURATION
放射	モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL-CUT DCM SI (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→95.4 Å / Num. obs: 150772 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 48.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.52→2.65 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UW7

4uw7

解像度: 2.52→95.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 9.808 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21311	2061	1.4 %	THIN SHELLS
R_work	0.18455	-	-	-
obs	0.18497	148385	98.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.689 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0 Å²	0.53 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→95.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27442	0	117	936	28495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	28393
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	26128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.944	38573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.1	3	60122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.808	5	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.486	23.362	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.996	15	4391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.046	15	207
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	32863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	6732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	5385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	25203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	13762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	14794
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.143	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.306	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.246	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.136	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.661	4.198	14452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.66	4.197	14451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.137	6.281	18043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.097	4.607	13941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.944	6.761	20511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20034	0.06
1	2	B	20034	0.06
2	1	A	19905	0.06
2	2	C	19905	0.06
3	1	A	20094	0.05
3	2	D	20094	0.05
4	1	A	19974	0.06
4	2	E	19974	0.06
5	1	A	19944	0.06
5	2	F	19944	0.06
6	1	A	19880	0.06
6	2	G	19880	0.06
7	1	A	19987	0.06
7	2	H	19987	0.06
8	1	A	19825	0.06
8	2	I	19825	0.06
9	1	B	19844	0.06
9	2	C	19844	0.06
10	1	B	19918	0.05
10	2	D	19918	0.05
11	1	B	19865	0.06
11	2	E	19865	0.06
12	1	B	19855	0.06
12	2	F	19855	0.06
13	1	B	19745	0.06
13	2	G	19745	0.06
14	1	B	19937	0.06
14	2	H	19937	0.06
15	1	B	19790	0.06
15	2	I	19790	0.06
16	1	C	19803	0.06
16	2	D	19803	0.06
17	1	C	19992	0.05
17	2	E	19992	0.05
18	1	C	19905	0.06
18	2	F	19905	0.06
19	1	C	19722	0.06
19	2	G	19722	0.06
20	1	C	19895	0.06
20	2	H	19895	0.06
21	1	C	19888	0.06
21	2	I	19888	0.06
22	1	D	19933	0.06
22	2	E	19933	0.06
23	1	D	19919	0.06
23	2	F	19919	0.06
24	1	D	19946	0.05
24	2	G	19946	0.05
25	1	D	19930	0.06
25	2	H	19930	0.06
26	1	D	19877	0.06
26	2	I	19877	0.06
27	1	E	19819	0.06
27	2	F	19819	0.06
28	1	E	19743	0.07
28	2	G	19743	0.07
29	1	E	19939	0.06
29	2	H	19939	0.06
30	1	E	19932	0.06
30	2	I	19932	0.06
31	1	F	19802	0.06
31	2	G	19802	0.06
32	1	F	19887	0.07
32	2	H	19887	0.07
33	1	F	19819	0.06
33	2	I	19819	0.06
34	1	G	19834	0.07
34	2	H	19834	0.07
35	1	G	19731	0.07
35	2	I	19731	0.07
36	1	H	19881	0.06
36	2	I	19881	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.518→2.654 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	312	-
R_work	0.278	21161	-
obs	-	-	96.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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