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- PDB-4uw2: Crystal structure of Csm1 in T.onnurineus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uw2
タイトルCrystal structure of Csm1 in T.onnurineus
要素CSM1
キーワードIMMUNE SYSTEM / BACTERIAL IMMUNITY / CRISPR / CSM INTERFERENCE CSM1 / HD DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / HD domain profile. / HD domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...: / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / HD domain profile. / HD domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOCOCCUS ONNURINEUS NA1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.632 Å
データ登録者Jung, T.Y. / An, Y. / Park, K.H. / Lee, M.H. / Oh, B.H. / Woo, E.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Csm1 Subunit of the Csm Complex and its Single-Stranded DNA-Specific Nuclease Activity.
著者: Jung, T. / An, Y. / Park, K. / Lee, M. / Oh, B. / Woo, E.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Data collection
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSM1
B: CSM1
C: CSM1
D: CSM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,1504
ポリマ－356,1504
非ポリマー00
水10,989610
1
A: CSM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0381
ポリマ－89,0381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CSM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0381
ポリマ－89,0381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CSM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0381
ポリマ－89,0381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CSM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0381
ポリマ－89,0381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.894, 158.292, 299.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
CSM1


分子量: 89037.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOCOCCUS ONNURINEUS NA1 (古細菌)
プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 RIL / 参照: UniProt: B6YWB8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.2 M AMMONIUM CITRATE PH 7.0, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97918
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 78224 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 40.84
反射 シェル解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 4.67 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.632→30.657 Å / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: CHAIN C AND D CONTAINS ONLY A PARTIAL DOMAIN OF FULL STRUCTURE DUE TO SPONTANEOUS PARTIAL DIGESTION DURING CRYSTALLIZATION.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 2016 2.6 %
Rwork0.2035 --
obs0.2061 78224 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.632→30.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13698 0 0 610 14308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60818821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4575182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0232005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6343-2.70010.33681330.22295089X-RAY DIFFRACTION91
2.7001-2.7730.32051380.22415368X-RAY DIFFRACTION95
2.773-2.85450.27011430.21945346X-RAY DIFFRACTION95
2.8545-2.94660.30781390.21425456X-RAY DIFFRACTION96
2.9466-3.05170.28041400.21775457X-RAY DIFFRACTION96
3.0517-3.17370.36521410.2115458X-RAY DIFFRACTION97
3.1737-3.31790.25891420.20565470X-RAY DIFFRACTION97
3.3179-3.49250.25161430.1995528X-RAY DIFFRACTION97
3.4925-3.71080.21491430.19535476X-RAY DIFFRACTION97
3.7108-3.99650.25081480.19535532X-RAY DIFFRACTION97
3.9965-4.39710.24581470.17955508X-RAY DIFFRACTION97
4.3971-5.02990.24211460.17985477X-RAY DIFFRACTION96
5.0299-6.32360.23261400.22175566X-RAY DIFFRACTION97
6.3236-27.00240.24971460.22315442X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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